50 đội được chia vào 10 bảng đấu, thi đấu hai lượt (lượt đi và lượt về) trên sân khách và sân nhà. 10 đội đứng đầu mỗi bảng sẽ giành vé trực tiếp dự UEFA Euro 2004, 10 đội đứng nhì mỗi bảng sẽ tham dự hai lượt trận play-off để chọn ra 5 đội cuối cùng dự UEFA Euro 2004 cùng với 10 đội đầu bảng và nước chủ nhà Bồ Đào Nha.[1]
Số bàn thắng ghi được giữa các đội bằng điểm khi đối đầu với nhau.
Số bàn thắng ghi được trên sân khách giữa các đội bằng điểm khi đối đầu với nhau.
Nếu hai hoặc nhiều đội vẫn có thứ hạng bằng nhau thì sẽ áp dụng lại từ tiêu chí (1) đến tiêu chí (4), nếu vẫn chưa xác định được thứ hạng thì sẽ áp dụng tiêu chí (6) và tiêu chí (7).
Lễ bốc thăm diễn ra vào ngày 25 tháng 11 năm 2002 tại Santa Maria da Feira, Bồ Đào Nha[2][3]. 50 đội được chia thành 5 nhóm hạt giống dựa trên Hệ số các đội tuyển quốc gia của UEFA (Hệ số UEFA) được công bố vào năm 2001. Hệ số UEFA được tính dựa trên số điểm mỗi trận của các đội tại Vòng loại EUFA 2000 và Vòng loại Giải vô địch bóng đá thế giới 2002 (khu vực châu Âu)[4]. Danh sách các đội hạt giống có một số sự thay đổi nhỏ:
Pháp (hạng 11) được xếp vào nhóm hạt giống thứ nhất với tư cách là đội đương kim vô địch. Do đó, các đội xếp trên Pháp (từ 1 đến 10) tự động lùi xuống một bậc trên bảng xếp hạng.
Bồ Đào Nha (hạng 4) không được xếp hạng hạt giống do đã vượt qua vòng loại với tư cách đội chủ nhà. Do đó, các đội xếp dưới Bồ Đào Nha đều thăng hạng cao hơn một bậc so với vị trí xếp hạng của họ.
10 bảng đấu được bốc thăm từ mỗi đội trong từng nhóm hạt giống (từ nhóm A đến nhóm E).
Các đội được in đậm tham dự VCK UEFA 2004 trực tiếp, các đội được in đậm nghiêng tham dự giải sau khi vượt qua vòng play-off và các đội được in nghiêng không được tham dự giải sau khi đã thất bại ở vòng play-off.
Note: Hệ số UEFA đã tự động tính đến thứ hạng của các đội khi một số đội chỉ tham dự một trong hai giải đấu vòng loại trước đó. Do Bỉ và Hà Lan tham dự Giải vô địch bóng đá châu Âu 2000 với tư cách là đồng chủ nhà (không tham dự Vòng loại) nên Hệ số UEFA chỉ tính đến thành tích tại Vòng loại Giải vô địch bóng đá thế giới 2002 của họ. Pháp cũng tự động đủ điều kiện tham dự Giải vô địch bóng đá thế giới 2002 với tư cách là Nhà vô địch Giải vô địch bóng đá thế giới 1998, nghĩa là Hệ số chỉ sử dụng kết quả tại Vòng loại UEFA Euro 2000 cho Pháp.
Ermin Šiljak (9 bàn thắng)
Bồ Đào Nha
Pháp
Cộng hòa Séc[B]
Thụy Điển
Bulgaria
Đan Mạch
Đức[C]
Hy Lạp
Anh
Ý
Thụy Sĩ
Croatia
Latvia
Hà Lan
Tây Ban Nha
Nga[D]
