Phát sinh loài
sửa
| Dựa trên giải phóng LTP dựa trên rRNA 16S 121[10]
|
Dombrowski et al. 2019,[11] Jordan et al. 2017[12] và Cavalier-Smith2020.[5]
|
|
|
|
Phát sinh loài thứ 3 do Annotree[13] và GTDB phát hành 05-RS95 (17 tháng 7 năm 2020).[14]
Xem thêm
sửa
Tham khảo
sửa
- ^ Woese CR, Kandler O, Wheelis ML (tháng 6 năm 1990). “Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 87 (12): 4576–9. Bibcode:1990PNAS...87.4576W. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. PMC 54159. PMID 2112744.
- ^ Anja Spang, Eva F. Caceres, Thijs J. G. Ettema: Genomic exploration of the diversity, ecology, and evolution of the archaeal domain of life. In: Science Volume 357 Issue 6351, eaaf3883, 11 Aug 2017, doi:10.1126/science.aaf3883
- ^ Sometines misspelled as Theinoarchaea: Catherine Badel, Gaël Erauso, Annika L. Gomez, Ryan Catchpole, Mathieu Gonnet, Jacques Oberto, Patrick Forterre, Violette Da Cunha: The global distribution and evolutionary history of the pT26‐2 archaeal plasmid family Lưu trữ 2020-06-20 tại Wayback Machine. In: environmental microbiology. sfam 10 Sep 2019. doi:10.1111/1462-2920.14800
- ^ Petitjean, C.; Deschamps, P.; López-García, P.; Moreira, D. (2014). “Rooting the domain Archaea by phylogenomic analysis supports the foundation of the new kingdom Proteoarchaeota”. Genome Biol. Evol. 7 (1): 191–204. doi:10.1093/gbe/evu274. PMC 4316627. PMID 25527841.
- ^ a b Cavalier-Smith, Thomas; Chao, Ema E-Yung (2020). “Multidomain ribosomal protein trees and the planctobacterial origin of neomura (Eukaryotes, archaebacteria)”. Protoplasma. 257 (3): 621–753. doi:10.1007/s00709-019-01442-7. PMC 7203096. PMID 31900730.
- ^ Castelle CJ, Banfield JF. (2018). “Major New Microbial Groups Expand Diversity and Alter our Understanding of the Tree of Life”. Cell. 172 (6): 1181–1197. doi:10.1016/j.cell.2018.02.016. PMID 29522741.Quản lý CS1: sử dụng tham số tác giả (liên kết)
- ^ Xem NCBI webpage on Euryarchaeota
- ^ C.Michael Hogan. 2010. Archaea. eds. E.Monosson & C.Cleveland, Encyclopedia of Earth. National Council for Science and the Environment, Washington DC.
- ^ Data extracted from the “NCBI taxonomy resources”. National Center for Biotechnology Information. Truy cập ngày 19 tháng 3 năm 2007.
- ^ 'The All-Species Living Tree' Project.“16S rRNA-based LTP release 121 (full tree)” (PDF). Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. Bản gốc (PDF) lưu trữ ngày 23 tháng 9 năm 2015. Truy cập ngày 9 tháng 8 năm 2017.
- ^ Nina Dombrowski, Jun-Hoe Lee, Tom A Williams, Pierre Offre, Anja Spang (2019). Genomic diversity, lifestyles and evolutionary origins of DPANN archaea. Nature.
- ^ Jordan T. Bird, Brett J. Baker, Alexander J. Probst, Mircea Podar, Karen G. Lloyd (2017). Culture Independent Genomic Comparisons Reveal Environmental Adaptations for Altiarchaeales. Frontiers.
- ^ Mendler, K; Chen, H; Parks, DH; Hug, LA; Doxey, AC (2019). “AnnoTree: visualization and exploration of a functionally annotated microbial tree of life”. Nucleic Acids Research. 47 (9): 4442–4448. doi:10.1093/nar/gkz246. PMC 6511854. PMID 31081040. Bản gốc lưu trữ ngày 23 tháng 4 năm 2021. Truy cập ngày 4 tháng 12 năm 2021.
- ^ “GTDB release 05-RS95”. Genome Taxonomy Database.
- ^ NCBI: Candidatus Poseidoniia (class)
Đọc thêm
sửa
Tạp chí khoa học
sửa
- Cavalier-Smith, T. (tháng 1 năm 2002). “The neomuran origin of archaebacteria, the negibacterial root of the universal tree and bacterial megaclassification”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 52 (Pt 1): 7–76. doi:10.1099/00207713-52-1-7. ISSN 1466-5026. PMID 11837318.
- Stackebrandt, E. (1 tháng 5 năm 2002). “Report of the ad hoc committee for the re-evaluation of the species definition in bacteriology”. INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY. 52 (3): 1043–1047. doi:10.1099/ijs.0.02360-0. PMID 12054223.[liên kết hỏng]
- Christensen, H.; Bisgaard, M.; Frederiksen, W.; Mutters, R.; Kuhnert, P.; Olsen, J. E. (tháng 11 năm 2001). “Is characterization of a single isolate sufficient for valid publication of a new genus or species? Proposal to modify recommendation 30b of the Bacteriological Code (1990 Revision)”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 51 (Pt 6): 2221–2225. doi:10.1099/00207713-51-6-2221. ISSN 1466-5026. PMID 11760965.
- Gürtler, V.; Mayall, B. C. (tháng 1 năm 2001). “Genomic approaches to typing, taxonomy and evolution of bacterial isolates”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 51 (Pt 1): 3–16. doi:10.1099/00207713-51-1-3. ISSN 1466-5026. PMID 11211268.
- Dalevi, D.; Hugenholtz, P.; Blackall, L. L. (tháng 3 năm 2001). “A multiple-outgroup approach to resolving division-level phylogenetic relationships using 16S rDNA data”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 51 (Pt 2): 385–391. doi:10.1099/00207713-51-2-385. ISSN 1466-5026. PMID 11321083.
- Keswani, J.; Whitman, W. B. (tháng 3 năm 2001). “Relationship of 16S rRNA sequence similarity to DNA hybridization in prokaryotes”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 51 (Pt 2): 667–678. doi:10.1099/00207713-51-2-667. ISSN 1466-5026. PMID 11321113.
- Young, J. M. (tháng 5 năm 2001). “Implications of alternative classifications and horizontal gene transfer for bacterial taxonomy”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 51 (Pt 3): 945–953. doi:10.1099/00207713-51-3-945. ISSN 1466-5026. PMID 11411719.
- Christensen, H.; Angen, O.; Mutters, R.; Olsen, J. E.; Bisgaard, M. (tháng 5 năm 2000). “DNA-DNA hybridization determined in micro-wells using covalent attachment of DNA”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 50 Pt 3: 1095–1102. doi:10.1099/00207713-50-3-1095. ISSN 1466-5026. PMID 10843050.
- Xu, H. X.; Kawamura, Y.; Li, N.; Zhao, L.; Li, T. M.; Li, Z. Y.; Shu, S.; Ezaki, T. (tháng 7 năm 2000). “A rapid method for determining the G+C content of bacterial chromosomes by monitoring fluorescence intensity during DNA denaturation in a capillary tube”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 50 Pt 4: 1463–1469. doi:10.1099/00207713-50-4-1463. ISSN 1466-5026. PMID 10939651.
- Young, J. M. (tháng 7 năm 2000). “Suggestions for avoiding on-going confusion from the Bacteriological Code”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 50 Pt 4: 1687–1689. doi:10.1099/00207713-50-4-1687. ISSN 1466-5026. PMID 10939677.
- Hansmann, S.; Martin, W. (tháng 7 năm 2000). “Phylogeny of 33 ribosomal and six other proteins encoded in an ancient gene cluster that is conserved across prokaryotic genomes: influence of excluding poorly alignable sites from analysis”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 50 Pt 4: 1655–1663. doi:10.1099/00207713-50-4-1655. ISSN 1466-5026. PMID 10939673.
- Tindall, B. J. (tháng 7 năm 1999). “Proposal to change the Rule governing the designation of type strains deposited under culture collection numbers allocated for patent purposes”. International Journal of Systematic Bacteriology. 49 Pt 3: 1317–1319. doi:10.1099/00207713-49-3-1317. ISSN 0020-7713. PMID 10490293.
- Tindall, B. J. (tháng 7 năm 1999). “Proposal to change Rule 18a, Rule 18f and Rule 30 to limit the retroactive consequences of changes accepted by the ICSB”. International Journal of Systematic Bacteriology. 49 Pt 3: 1321–1322. doi:10.1099/00207713-49-3-1321. ISSN 0020-7713. PMID 10425797.
- Tindall, B. J. (tháng 7 năm 1999). “Misunderstanding the Bacteriological Code”. International Journal of Systematic Bacteriology. 49 Pt 3: 1313–1316. doi:10.1099/00207713-49-3-1313. ISSN 0020-7713. PMID 10425796.
- Tindall, B. J. (tháng 7 năm 1999). “Proposals to update and make changes to the Bacteriological Code”. International Journal of Systematic Bacteriology. 49 Pt 3: 1309–1312. doi:10.1099/00207713-49-3-1309. ISSN 0020-7713. PMID 10425795.
- Palys, T.; Nakamura, L. K.; Cohan, F. M. (tháng 10 năm 1997). “Discovery and classification of ecological diversity in the bacterial world: the role of DNA sequence data”. International Journal of Systematic Bacteriology. 47 (4): 1145–1156. doi:10.1099/00207713-47-4-1145. ISSN 0020-7713. PMID 9336922.
- Euzéby, J. P. (tháng 4 năm 1997). “List of Bacterial Names with Standing in Nomenclature: a folder available on the Internet”. International Journal of Systematic Bacteriology. 47 (2): 590–592. doi:10.1099/00207713-47-2-590. ISSN 0020-7713. PMID 9103655.
- Clayton, R. A.; Sutton, G.; Hinkle, P. S.; Bult, C.; Fields, C. (tháng 7 năm 1995). “Intraspecific variation in small-subunit rRNA sequences in GenBank: why single sequences may not adequately represent prokaryotic taxa”. International Journal of Systematic Bacteriology. 45 (3): 595–599. doi:10.1099/00207713-45-3-595. ISSN 0020-7713. PMID 8590690.
- Murray, R. G.; Schleifer, K. H. (tháng 1 năm 1994). “Taxonomic notes: a proposal for recording the properties of putative taxa of procaryotes”. International Journal of Systematic Bacteriology. 44 (1): 174–176. doi:10.1099/00207713-44-1-174. ISSN 0020-7713. PMID 8123559.
- Winker, S.; Woese, C. R. (1991). “A definition of the domains Archaea, Bacteria and Eucarya in terms of small subunit ribosomal RNA characteristics”. Systematic and Applied Microbiology. 14 (4): 305–310. doi:10.1016/S0723-2020(11)80303-6. ISSN 0723-2020. PMID 11540071.
- Woese, C. R.; Kandler, O.; Wheelis, M. L. (tháng 6 năm 1990). “Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 87 (12): 4576–4579. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. ISSN 0027-8424. PMID 2112744.
- Achenbach-Richter, L.; Woese, C. R. (1988). “The ribosomal gene spacer region in archaebacteria”. Systematic and Applied Microbiology. 10: 211–214. doi:10.1016/s0723-2020(88)80002-x. ISSN 0723-2020. PMID 11542149.
- McGill, T. J.; Jurka, J.; Sobieski, J. M.; Pickett, M. H.; Woese, C. R.; Fox, G. E. (1986). “Characteristic archaebacterial 16S rRNA oligonucleotides”. Systematic and Applied Microbiology. 7: 194–197. doi:10.1016/s0723-2020(86)80005-4. ISSN 0723-2020. PMID 11542064.
- Woese, C. R.; Gupta, R.; Hahn, C. M.; Zillig, W.; Tu, J. (1984). “The phylogenetic relationships of three sulfur dependent archaebacteria”. Systematic and Applied Microbiology. 5: 97–105. doi:10.1016/s0723-2020(84)80054-5. ISSN 0723-2020. PMID 11541975.
- Woese, C. R.; Fox, G. E. (tháng 11 năm 1977). “Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: the primary kingdoms”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 74 (11): 5088–5090. doi:10.1073/pnas.74.11.5088. ISSN 0027-8424. PMC 432104. PMID 270744.
Sách khoa học
sửa
Liên kết ngoài
sửa
