Phần lớn khu vực sinh thái Indomalaya nguyên thủy được che phủ bởi rừng, chủ yếu là các rừng ẩm ướt lá bản rộng nhiệt đới và cận nhiệt đới, trong đó rừng khô lá bản rộng nhiệt đới và cận nhiệt đới chiếm đa số ở Ấn Độ và một phần của Đông Nam Á. Các rừng ẩm nhiệt đới của Indomalaya chủ yếu là các loài cây thuộc họ Dầu (Dipterocarpaceae).
Malesia là một tiểu khu vực thực vật nằm trên ranh giới giữa Indomalaya và Australasia. Nó bao gồm cả bán đảo Mã Lai và các đảo miền tây Indonesia (gọi là Sundaland), Philipin, các đảo miền đông Indonesia và New Guinea. Trong khi khu vực này có nhiều điểm chung về hệ thực vật với cả khu sinh thái Indomalya thì lại rất khác về hệ động vật; Sundaland chia sẻ hệ động vật với châu Á đại lục, trong khi các đảo phía đông của đường Wallace hoặc là không có các động vật có vú như đất liền hoặc là quê hương của các động vật đất liền có nguồn gốc từ Australia, bao gồm cả các loài thú có túi và các loài chim thuộc bộ chim chạy.
Indomalaya có ba họ chim đặc hữu, là các họ Chim xanh (Irenidae), họ Cu rốc (Megalaimidae) và Rhabdornithidae (sẻ Philipin). Các loài gà lôi (họ Phasianidae), chim đuôi cụt (họ Pittidae), khướu (họ Timaliidae) và chim sâu (họ Dicaeidae) cũng là đặc trưng của khu vực sinh thái này.
Hệ thực vật của Indomalaya là sự hỗn hợp các thành phần từ các siêu lục địa cổ là Laurasia và Gondwana. Các thành phần thuộc Gondwana được đưa tới từ Ấn Độ, khi tiểu lục địa này tách ra khỏi Gondwana khoảng 90 triệu năm trước, mang theo cùng với nó các hệ thực-động vật có nguồn gốc Gondwana về phía bắc, trong đó bao gồm cả cá rô phi (Cichlidae) và các họ thực vật có hoa như họ Lôi (Crypteroniaceae) và có thể là cả họ Dầu (Dipterocarpaceae). Tiểu lục địa này va chạm với châu Á khoảng 30-45 triệu năm trước và dẫn tới sự trao đổi các loài. Muộn hơn, khi mảng kiến tạo Australia-New Guinea trôi dạt về phía bắc, sự va chạm giữa các mảng kiến tạo Australia và châu Á đã làm nổi lên các đảo Wallacea, cách biệt với nhau chỉ bằng các eo biển hẹp, cho phép có sự trao đổi thực vật giữa Indomalaya và Australasia. Các loài thực vật rừng mưa châu Á khi đó như các loài dầu, vượt qua Wallacea tới New Guinea, và một số loài trong các họ thực vật của Gondwana, bao gồm kim giao (họ Podocarpaceae) và bách tán (chi Araucaria), đã từ Australia-New Guinea chuyển sang phía tây vào miền tây Malesia và Đông Nam Á.
