Hầu hết Trout Mask Replica được thu âm vào tháng 3 năm 1969 tại Whitney Studios ở Los Angeles, California. Các thành viên của the Magic Band vào thời kỳ này là Bill Harkleroad và Jeff Cotton chơi guitar, Mark Boston chơi guitar bass, Victor Hayden chơi bass clarinet, và John French chơi trống và bộ gõ. Beefheart hơi nhiều nhạc cụ đồng và nhạc cụ hơi khác nhau (gồm saxophone, musette, và kèn săn), và hoàn thành hầu hết các phần hát, tuy Zappa và các thành viên ban nhạc thỉnh thoảng có giúp đỡ phần này. The Magic Band thu âm phần nhạc cụ cho tất cả các track[a 1] của Trout Mask Replica trong một buổi thâu kéo dài sáu tiếng; giọng hát và phần kèn của Van Vliet được thêm vào trong các ngày tiếp theo. Khi được phát hành tại Mỹ, Trout Mask Replica có doanh thu rất thấp và không vào được bảng xếp hạng. Nó thành công hơn ở Anh, nơi nó có mặt ở vị trí #21 trong một tuần.[3]
Hiện nay, Trout Mask Replica được coi là kiệt tác trong sự nghiệp âm nhạc của Van Vliet, cũng như một trong những album rock hay nhất từng được thu âm. Phong cách âm nhạc khác thường của album, thêm việc sử dụng phức điệu (polyrhythm), giọng hát đa quãng tám (multi-octave) và không theo điệu thức (atonality) khiến album này trở thành một trong các album có nhiều ý kiến trái chiều nhất từ thính giả trong thế kỷ XX. Nó được xếp ở #58 trên danh sách 500 album vĩ đại nhất, vị trí #60 trên phiên bản làm lại năm 2012 của Rolling Stone, và cũng có mặt trên nhiều danh sách tương tự. Steve Huey của Allmusic viết rằng "tính truyền cảm hứng của nó [Trout Mask Replica] giúp ta hình dung nên thứ có thể nhạc rock đã đặt nền móng cho vô số những sự thử nghiệm trong tương lai, đặc biệt trong thời kỳ punk/new wave."[1]
Beefheart và the Magic Band thường có những mối quan hệ khó khăn với hãng đĩa. A&M phát hành đĩa đơn đầu tiên của nhóm, một bản hát lại (cover) "Diddy Wah Diddy" của Bo Diddley, nhưng bỏ rơi ban nhạc sau khi hai đĩa đơn tiếp theo không trở thành hit. Buddah Records phát hành album đầu tay của ban nhạc (và hãng đĩa), Safe as Milk (1967). Không lâu sau Buddah bắt đầu chuyên hóa về "bubblegum pop", một phong cách mà Captain Beefheart and His Magic Band không có chỗ, và ban nhạc lần nữa lại lại trở nên vô-hãng đĩa. Cuối 1967 và xuân 1968, nhóm nhạc có những đợt thu âm mà sau đó sẽ trở thành các album Strictly Personal và Mirror Man, nhưng do bảng hợp đồng không rõ ràng họ không chắc các nhạc phẩm có được phát hành hay không. Vào thời gian này, Frank Zappa, bạn chung trường trung học của Van Vliet, thành lập hai hãng đĩa riêng, Bizarre và Straight, và cho phép Captain Beefheart thu âm với tự do nghệ thuật hoàn toàn. Kết quả là Trout Mask Replica.
Drumbo (John French) – trống, nhạc cụ bộ gõ, kỹ thuật (không được ghi lại trong lần phát hành đầu)
Antennae Jimmy Semens (Jeff Cotton) – guitar, "steel appendage guitar" (slide guitar dùng slide kim loại), hát chính trong "Pena" và "The Blimp", "kèn thịt" (hát với tay bụm quanh miệng) trong "Ella Guru", nói trong "Old Fart at Play"
Zoot Horn Rollo (Bill Harkleroad) – guitar, "glass finger guitar" (slide guitar dùng slide kính), sáo trong "Hobo Chang Ba"
