Vào [[thời Lý]], vua [[Lý Thần Tông]] (1128-1138) cho lập ở vị trí này một cung điện mang tên cung Từ Hoa để công chúa [[Từ Hoa]] cùng các cung nữ trồng [[dâu]], [[nuôi tằm]], [[dệt vải]] nằm bên trong khu vực có tên là Trại Tằm Tang. Khi [[công chúa]] qua đời, trên nền cũ của cung điện dựng lên một ngôi chùa.
Sang [[thời Trần]], trại Tằm Tang đổi thành phường Tích Liên và chùa được mang tên Đống Long. Đến [[thời Lê]] chùa mang tên Đại Bi. Tấm bia trong chùa dựng thời vua [[Lê Nhân Tông]] ghi rõ: "năm Thái Hòa thứ nhất (tức năm 1443) dựng chùa, gọi là chùa Đại Bi".
Năm 1771 đời Lê Cảnh Hưng chùa được trùng tu, sửa chữa lớn và mang tên Kim Liên Tự (chùa Kim Liên).
