Ông đã cho phép nhiều Hội Dòng khác nhau đến hoạt động truyền giáo trong Ðịa Phận như Dòng Mến Thánh Giá Huế, Dòng Kim Ðôi Huế, Tu Hội Tận Hiến Saigon, Tu Hội Nhà Chúa Saigon và Dòng Thánh Gioan Thiên Chúa Biên Hòa ra Ðà Nẵng trông coi bệnh viện An Bình.
Phạm Ngọc Chi tiếp tục tư tưởng chống Cộng cuồng nhiệt của mình và bày tỏ sự ủng hộ đối với quân đội Hoa Kỳ trong [[chiến tranh Việt Nam]]. Năm 1967, ông ta gửi thư phản đối Hồng y Cardin khi Hồng y Cardin bày tỏ ý muốn yêu cầu phía Hoa Kỳ tôn trọng quyền dân tộc tự quyết của Việt Nam và rút quân khỏi Việt Nam.<ref>Trần Tam Tỉnh. ''Thập Giá và Lưỡi Gươm''. Chương III: Giáo hội trong cơn bão bùng. Mục 6: Giáo hội đối diện với vấn đề hòa bình</ref> Trong một chuyến công du Hoa Kỳ tháng 12 năm 1969, Phạm Ngọc Chi lại bày tỏ sự ủng hộ đối với sách lược ''[[Việt Nam hóa chiến tranh]]'' của Nixon và khước từ sự liên hiệp với phía Việt Nam Dân chủ Cộng hòa.<ref>Trần Tam Tỉnh. ''Thập Giá và Lưỡi Gươm''. Chương III: Giáo hội trong cơn bão bùng. Mục 7: Nỗi hăm dọa của hòa bình</ref>
Sau năm 1975, ông đi học tập cải tạo tư tưởng một mình với Ông Phó Trưởng Ty Công An Tỉnh Quảng Nam Ðà Nẵng là ông Lê Lực trong vòng hai tháng trời. Ngày 10-7-1984, Tòa Giám Mục An Thượng bị công an tỉnh đến bao vây với lệnh "nội bất xuất ngoại bất nhập". Kể từ 20-7-1984, ông được đưa đi giam lỏng tại [[Trà Kiệu]] cho đến ngày qua đời.
