Có ấtrất ít sự đồng thuận về phân loại gấu nâu. Một số hệ thống đề xuất nhiều tới 90 phân loài, trong khi phân tích ADN gần đây đã nhận dạng được chỉ 5 nhánh<ref>{{chú thích web |url=http://www.bearinfo.org/YESFedRegister.pdf |title=Endangered and Threatened Wildlife and Plants; Designating the Greater Yellowstone Ecosystem Population of Grizzly Bears as a Distinct Population Segment; Removing the Yellowstone Distinct Population Segment of Grizzly Bears From the Federal List of Endangered and Threatened Wildlife |accessdate=24-5-2011 |author=Cục Cá và Động vật hoang dã Mỹ |date=17-11-2006 |publisher=Federal Register / Vol. 70, No. 221 |pages=69854–69884 |format=PDF |archiveurl = http://web.archive.org/web/20060825042929/http://www.bearinfo.org/YESFedRegister.pdf |archivedate = 25-8-2006}}</ref>. Phân tích ADN cho thấy các phân loài gấu nâu đã nhận dạng được, ở cả Á-Âu và Bắc Mỹ, về mặt di truyền là khá đồng nhất, và địa lý phát sinh chủng loài về mặt di truyền của chúng không tương ứng với phân loại truyền thống của chúng<ref name="Waits">{{chú thích web |url=http://www.cnrhome.uidaho.edu/documents/Waits%20et%20al%201998%20cb.pdf&pid=78496&doc=1 |title=Mitochondrial DNA Phylogeography of the North American Brown Bear and Implications for Conservation|accessdate=24-5-2011 |author=Lisette P. Waits, Sandra L. Talbot, R.H. Ward, G. F. Shields |year=1998 |month=tháng 4 |publisher=Conservation Biology |pages=408–417}}</ref>. Vào thời điểm năm 2005, người ta công nhận 16 phân loài<ref>{{MSW3 Wozencraft | pages = | id =14000970}}</ref>. Các phân loài như sau:
* ''Ursus arctos arctos'' — Gấu nâu Á Âu. Phân bố tại châu Âu, Kavkaz, Siberi (trừ phía đông) và Mông Cổ<ref name="soviet">''Mammals of the Soviet Union'' Quyển II Phần 1a, SIRENIA AND CARNIVORA (Sea cows; Wolves and Bears), V.G Heptner và N.P Naumov (chủ biên), Science Publishers, Inc. USA. 1998. ISBN 1-886106-81-9</ref>.
