[[File:Iron hydroxide precipitate in stream.jpg|thumb|right|Metagenomics allows the study of microbial communities like those present in this stream receiving acid drainage from surface coal mining.]]
'''Metagenomics''' là nghiên cứu về '''metagenomes''', nhằm thu vật liệu di truyền trực tiếp từ các mẫu trong môi trường. Lĩnh vực rộng lớn này có thể được hiểu là '''di truyền học môi trường''',''' di truyền học sinh thái''' hay '''di truyền học quần xã'''. Nếu như di truyền học và vi sinh vật học truyền thống, việc giải trình tự bộ gen (genome sequencing) của vi sinh vật và di truyền học đều dựa trên mẫu là các mẫu dòng đã nuôi cấy, thì ngay từ những nghiên cứu đầu tiên, di truyền học môi trường đã nhân dòng các đoạn trình tự gen đặc hiệu (thường là gen 16S rRNA) để xây dựng dữ liệu về đa dạng sinh học của các mẫu môi trường. Chỉ vớiVới những nghiên cứu bước đầu đó, người ta đã nhận ra rằng nếu chỉ tiếp tục nghiên cứu theo kiểu truyền thống thì sẽ không thể tìm hiểu về sự đa dạng sinh học của vi sinh vật được.<ref name="Hugenholz1998"/> Những nghiên cứu metagenomics mớigần đây thường thực hiện bằng phương pháp Sanger ("shotgun" [[chain termination method|Sanger sequencing]]), hoặc song song với phương pháp [[pyrosequencing]] để có các mẫu của tất cả các gen từ mỗi cá thể trong quần xã mẫu.<ref name="Eisen2007"/> Chính vì vai trò quan trọng trong việc khám phá đa dạng vi sinh vật mà metagenomics có thể được coi như một lăng kính giúp ta hiểu hơn về thế giới của các sinh vật nhỏ bé, đóng góp vào hiểu biết của nhân loại về toàn bộ thế giới sống.<ref name="MarcoD2011"/>
==Nguồn gốc từ==
TheThuật termngữ "metagenomics" wasđược firstgiới usedthiệu bybởi [[Jo Handelsman]], [[Jon Clardy]], [[Robert M. Goodman]],andvà othersmột số người khác, andvà xuất hiện lần đầu trong firstmột appearedbài inbáo publicationvào innăm 1998.<ref name="Handelsman1998"/> TheThuật termngữ metagenome referencedcho thethấy ideaý thattưởng avề collectionbộ ofsưu genestầm sequencedcác fromgen theđược environmentgiải couldmã betrực analyzedtiếp intừ amôi waytrường analogousvới tocách thetương studytự ofnhư anghiên singlecứu về từng [[genome]]. Recently, Kevin Chen and [[Lior Pachter]] (researchers at the [[University of California, Berkeley]]) definedđã định nghĩa metagenomics aslà "theapplicationviệc ofứng moderndụng genomicscác techniqueskỹ tothuật thedi studytruyền ofhiện communitiesđại oftrong microbialnghiên organismscứu directlyvề inquần theirxã naturalvi environments,sinh bypassingvật themột needcách fortrực isolationtiếp andtrong labmôi cultivationtrường oftự individualnhiên speciescủa chúng mà không cần phải phân lập và nuôi cấy chúng trong phòng thí nghiệm". <ref name="Chen2005"/>
