Khác biệt giữa bản sửa đổi của “Metagenomics”
Nội dung được xóa Nội dung được thêm vào
n using AWB |
|||
Dòng 14:
Việc giải trình tự theo kiểu truyền thống thường bắt đầu bằng việc nuôi cấy các tế bào giống hệt nhau để làm nguồn phân lập [[DNA]]. Các nghiên cứu metagenomic đã cho thấy vẫn còn rất nhiều nhóm vi sinh vật trong tự nhiên mà chúng ta không thể phân lập và nuôi cấy được, và vì vậy không thể giải trình tự của chúng được. Những nghiên cứu đầu tiên của metagenomic tập trung vào đoạn trình tự của rRNA 16S (16S [[ribosomal]] [[RNA]]), là đoạn trình tự tương đối ngắn, bảo thủ và đặc trưng cho mỗi loài. Từ đó người ta đã phát hiện ra rất nhiều đoạn trình tự rRNA 16S mới, không giống bất cứ một loài đã biết nào. Những khảo sát về gen trên rRNA thực hiện trực tiếp từ môi trường đã cho thấy, số lượng loài vi khuẩn và vi khuẩn cổ (archaea) đã tìm thấy trước đây bằng phương pháp giải trình tự theo kiểu truyền thống chỉ tương đương khoảng 1% số lượng thực của chúng trong môi trường.
Những nghiên cứu đầu tiên ở mức độ phân tử đã được thực hiên bởi [[Norman R. Pace]] và các cộng sự. Họ sử dụng [[PCR]] để khám phá ra sự đa dạng của các trình tự rRNA.<ref name="Lane1985" /> Với những kết quả của nghiên cứu này, vào năm 1985 Pace đã đề xuất ý tưởng nhân dòng DNA trực tiếp từ môi trường.<ref name="Pace1985" /> Tới năm 1991 ông và cộng sự tại Khoa Sinh học, trường đại học Indiana đã có báo cáo đầu tiên về nhân dòng một lượng lớn DNA từ môi trường. Nghiên cứu của họ đã khẳng định rằng không hề có lỗi trong quá trình thực hiện PCR và những loài mới trong quần xã vi sinh vật là thực sự tồn tại. Mặc dù chỉ thực hiện với đoạn trình tự bảo thủ và không mã hóa, công trình trên đã chứng minh và giải thích tại sao các nghiên cứu về đa dạng sinh học trước đây bằng phương pháp hình thái học thường mang lại nhiều kết quả hơn so với phương pháp phân tích qua phân lập và nuôi cấy. Ngay sau đó, vào năm 1995 Healy đã công bố kết quả phân lập metagenomic của các gen chức năng trong “thư viện động vật” xây dựng từ hệ sinh vật tự nhiên trên cỏ khô trong phòng thí nghiệm.<ref name="Healy1995" /> Sau khi rời phòng thí nghiệm của Pace, [[Edward DeLong]] tiếp tục nghiên cứu về lĩnh vực này và đã xuất bản công trình làm nền móng cho phân loại sinh vật môi trường dựa trên trình tự 16S, đó là thành lập thư viện trình tự của các mẫu lấy từ biển.<ref name="Stein1996" />
Vào năm 2002, Mya Breitbart, [[Forest Rohwer]] và các cộng sự đã sử dụng phương pháp shotgun sequencing để chứng minh rằng trong 200 lít nước biển có chứa trên 5000 loài virus khác nhau.<ref name="Breitbart20022" /> Nghiên cứu sau đó đã tìm ra khoảng hơn 1000 loài virus trong phân người và khoảng 1 triệu virus trong mỗi kilogam trầm tích biển, trong đó có rất nhiều thể thực khuẩn. Gene Tyson, Jill Banfield và cộng sự tại trường đại học California, Berkeley và Joint Genome Institute đã giải mã DNA t
Dòng 265:
| pages = 4–12
| url=http://md1.csa.com/partners/viewrecord.php?requester=gs&collection=ENV&recid=913954&q=Analyzing+natural+microbial+populations+by+rRNA+sequences&uid=790164755&setcookie=yes }}</ref>
<ref name="Healy1995">
{{cite journal
Hàng 309 ⟶ 292:
| pmc = 177699}}
</ref>
<ref name="
{{cite journal
| last = Breitbart
|
| coauthors = Salamon P, Andresen B, Mahaffy JM, Segall AM, Mead D, Azam F, Rohwer F
|
| title = Genomic analysis of uncultured marine viral communities
| journal = Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
|
|
|
|
|
| pmc = 137870|bibcode = 2002PNAS...9914250B }}</ref>
<ref name="Tyson2004">
{{cite journal
Hàng 357 ⟶ 320:
| pmid = 14961025
| issue = 6978 |bibcode = 2004Natur.428...37T }}{{subscription required}}</ref>
<ref name="Hugenholz2002">
{{cite journal
Hàng 413 ⟶ 362:
| pmid = 16549033
| pmc = 1483832}}</ref>
<ref name="Beja2000">
{{cite journal
| doi = 10.1046/j.1462-2920.2000.00133.x
| last1 = Beja
| first1 = O.
| last2 = Suzuki
| year = 2000
| first2 = MT
| last3 = Koonin
| first3 = EV
| last4 = Aravind
| first4 = L
| last5 = Hadd
| first5 = A
| last6 = Nguyen
| first6 = LP
| last7 = Villacorta
| first7 = R
| last8 = Amjadi
| first8 = M
| last9 = Garrigues
| first9 = C
| title = Construction and analysis of bacterial artificial chromosome libraries from a marine microbial assemblage
| url =
| journal = Environmental Microbiology
| volume = 2
| issue = 5| pages = 516–29
| pmid = 11233160 | display-authors = 9
}}
</ref>
<ref name="Allen2005">{{cite journal | last = Allen| first = EE |
coauthors = Banfield, JF | year = 2005 | title = Community genomics in microbial ecology and evolution | journal = Nature Reviews Microbiology | volume = 3 |
pages = 489–498 | doi = 10.1038/nrmicro1157 | pmid = 15931167 | issue = 6 }}
</ref>
<ref name="rodrigue2010">{{cite doi |10.1371/journal.pone.0011840}}</ref>
<ref name="schuster2008">{{cite doi |10.1038/nmeth1156}}</ref>
Hàng 475 ⟶ 458:
}}
</ref>
<ref name="Pace1991">
{{cite journal
| last = Pace
| first = NR
| authorlink = Norman R. Pace
| last2 = Delong
| year = 1991
| first2 = EF
| last3 = Pace
| first3 = NR
| title = Analysis of a marine picoplankton community by 16S rRNA gene cloning and sequencing
| journal = [[Journal of Bacteriology]]
| volume = 173
| issue = 14
| pages = 4371–4378
| pmid=2066334
| pmc = 208098}}</ref>
<ref name="Venter2004">
{{cite journal
| last = Venter
| first = JC
| coauthors = Remington K, Heidelberg JF, Halpern AL, Rusch D, Eisen JA, Wu D, Paulsen I, Nelson KE, Nelson W, Fouts DE, Levy S, Knap AH, Lomas MW, Nealson K, White O, Peterson J, Hoffman J, Parsons R, Baden-Tillson H, Pfannkoch C, Rogers Y, Smith HO
| year = 2004
| title = Environmental Genome Shotgun Sequencing of the Sargasso Sea
| journal = Science
| volume = 304
| pages = 66–74
| doi = 10.1126/science.1093857
| pmid = 15001713
| issue = 5667
| bibcode=2004Sci...304...66V
}}</ref>
<ref name='koonin2008'>{{cite doi |10.1128/MMBR.00009-08 }}</ref>
<ref name="yooseph2010">
{{Cite journal
| issn = 0028-0836
| volume = 468
| issue = 7320
| pages = 60–66
| last = Yooseph
| first = Shibu
| coauthors = Kenneth H. Nealson, Douglas B. Rusch, John P. McCrow, Christopher L. Dupont, Maria Kim, Justin Johnson, Robert Montgomery, Steve Ferriera, Karen Beeson, Shannon J. Williamson, Andrey Tovchigrechko, Andrew E. Allen, Lisa A. Zeigler, Granger Sutton, Eric Eisenstadt, Yu-Hui Rogers, Robert Friedman, Marvin Frazier, J. Craig Venter
| title = Genomic and functional adaptation in surface ocean planktonic prokaryotes
| journal = Nature
| date = 4 November 2010
| doi = 10.1038/nature09530
| pmid = 21048761
|bibcode = 2010Natur.468...60Y }}{{subscription required}}
</ref>
<ref name="MEGAN2011">
{{Cite journal
Hàng 555 ⟶ 586:
| pmid=21342551
| pmc = 3044276
}}
</ref>
<ref name="Zhu2010">
{{Cite journal
| doi = 10.1093/nar/gkq275
| volume = 38
| issue = 12
| pages = e132
| last = Zhu
| first = Wenhan
| coauthors = Lomsadze Alex and Borodovsky Mark
| title = Ab initio gene identification in metagenomic sequences
| journal = Nucleic Acids Research
| year = 2010
| pmid = 20403810
| pmc = 2896542
}}
</ref>
Hàng 574 ⟶ 621:
| pmc = 2533590
}}</ref>
<ref name="simon2011">{{Cite doi|10.1128/AEM.02345-10}}
</ref>
<ref name="simon2011">{{cite doi|10.1128/AEM.02345-10}}</ref>
<ref name="segata2013">
{{Cite journal
| doi = 10.1038/msb.2013.22
| volume = 9
| issue = 666
| last = Nicola
| first = Segata
| coauthors = Daniela Boernigen, Timothy L Tickle, Xochitl C Morgan, Wendy S Garrett, Curtis Huttenhower
| title = Computational meta’omics for microbial community studies
| journal = Molecular Systems Biology
| year = 2013
| pmid = 23670539
| url = http://www.nature.com/msb/journal/v9/n1/full/msb201322.html
}}
</ref>
<ref name="werner2011">
Hàng 593 ⟶ 655:
| pmc = 3053989
|bibcode = 2011PNAS..108.4158W }}
</ref>
<ref name="segata2012">
{{Cite journal
| doi = 10.1038/nmeth.2066
| volume = 9
| issue = 8
| pages = 811–814
| last = Nicola
| first = Segata
| coauthors = Levi Waldron, Annalisa Ballarini, Vagheesh Narasimhan, Olivier Jousson, Curtis Huttenhower
| title = Metagenomic microbial community profiling using unique clade-specific marker genes
| journal = Nature Methods
| year = 2012
| pmid = 22688413
| url = http://www.nature.com/nmeth/journal/v9/n8/full/nmeth.2066.html
}}
</ref>
<ref name="mcinerney2009">
Hàng 612 ⟶ 690:
</ref>
<ref name="kiltgord2011">{{Cite doi|10.1016/j.copbio.2011.04.018}}</ref>
<ref name="leininger2006">{{cite doi|10.1038/nature04983}}</ref>
<ref name= Kristensen>
Hàng 627 ⟶ 704:
| issue = 1
| pmc = 3293453 }}
</ref>
<ref name="zimmer2010">{{cite news|last=Zimmer|first=Carl|title=How Microbes Defend and Define Us|url=http://www.nytimes.com/2010/07/13/science/13micro.html?_r=2&pagewanted=all|accessdate=29 December 2011|newspaper=New York Times|date=13 July 2010}}</ref>
Hàng 717 ⟶ 763:
{{chú thích sách |author= George I|year=2010|chapter=Application of Metagenomics to Bioremediation |title=Metagenomics: Theory, Methods and Applications|publisher=Caister Academic Press|isbn= 978-1-904455-54-7|author-separator= |author2= and others|displayauthors= 1}}
</ref>
<ref name="simon2009a">{{cite doi|10.1007/s00253-009-2233-z}}</ref>
<ref name="booklet2007">{{Cite conference | publisher = The National Academies Press | last = Committee on Metagenomics: Challenges and Functional Applications, National Research Council | title = Understanding Our Microbial Planet: The New Science of Metagenomics | year = 2007 | url = http://dels-old.nas.edu/dels/rpt_briefs/metagenomics_final.pdf }}</ref>
<ref name="wong2010">{{chú thích sách
Hàng 740 ⟶ 787:
| date = June 2003
| url = http://handelsmanlab.sites.yale.edu/sites/default/files/Biotechnological%20prospects%20from%20metagenomics.pdf
}}
</ref>
Hàng 787 ⟶ 818:
| url = http://www.biotechnologyforbiofuels.com/content/4/1/9
| issue=1
}}
</ref>
| |||