Wikipedia

Khác biệt giữa bản sửa đổi của “Metagenomics”

Duyệt lịch sử tương tác
← Thay đổi trướcThay đổi sau →
Nội dung được xóa Nội dung được thêm vào
Trực quanMã wiki
Không có tóm lược sửa đổi
dịch mục dự đoán gen
Dòng 87:
{{Main|Gene prediction}}
 
Dự đoán gen của phân tích metagenomic sử dụng hai hướng tiếp cận trong việc chú thích (annotation) vùng mã hóa trong các contig đã được ghép nối trước đó.<ref name="koonin2008" /> Hướng tiếp cận đầu tiên để phát hiện gen dựa trên sự tương đồng với các trình tự trong ngân hàng gen, thông thường bằng cách tìm kiếm BLAST. Hướng tiếp cận thứ hai là ''ab initio'', dựa trên những đặc điểm bên trong mỗi đoạn trình tự để dự đoán vùng mã hóa dựa trên đơn vị gen đã biết của những sinh vật họ hàng. Có thể kể đến một số chương trình như MEGAN4 <ref name="MEGAN2011" /> phục vụ cho hướng thứ nhất và các GeneMark<ref name="Zhu2010" /> và GLIMMER phục vụ cho hướng thứ hai. Ưu điểm đầu tiên của dự đoán ''ab initio'' là nó cho phép dò các vùng mã hóa không có homolog tương đồng trên ngân hàng dữ liệu, tuy nhiên để phương pháp này thật chính xác thì cần có những đoạn DNA đủ lớn để so sánh.<ref name="wooley2010" />  
Metagenomic analysis [[Pipeline (software)|pipelines]] use two approaches in the annotation of coding regions in the assembled contigs.<ref name='koonin2008' /> The first approach is to identify genes based upon [[Homology (biology)|homology]] with genes that are already publicly available in [[sequence database]]s, usually by simple [[BLAST]] searches. This type of approach is implemented in the program [[MEGAN]]4.
<ref name="MEGAN2011" /> The second, ''[[ab initio]]'', uses intrinsic features of the sequence to predict coding regions based upon gene training sets from related organisms. This is the approach taken by programs such as [[GeneMark]]<ref name="Zhu2010" /> and [[GLIMMER]]. The main advantage of ''ab initio'' prediction is that it enables the detection of coding regions that lack homologs in the sequence databases; however, it is most accurate when there are large regions of contiguous genomic DNA available for comparison.<ref name="wooley2010" />
 
===Species diversity===
Lấy từ “https://vi.wikipedia.org/wiki/Metagenomics”