Trong [[Cải cách ruộng đất tại Việt Nam|CcảiCải cách ruộng đất]], do sai lầm của đội cải cách ruộng đất ở xã Đồng Liên, huyện Phú Bình, tỉnh Thái Nguyên, Thiều Chửu bị quy là địa chủ và bị đội xỉa xói mắng nhiếc nhiều giờ, vu cho đủ các tội ác, dùng những lời nói rất khinh bỉ hà khắc. Bị vu cáo, cộng với sự thương cảm cho nhiều nông dân bị hàm oan trong [[Cải cách ruộng đất tại Việt Nam|cải cách ruộng đất ở miền Bắc Việt Nam]] mà cảm thấy mình bất lực, ông đã tự vẫn ngày 16 tháng 6 năm [[Giáp Ngọ]] (ngày [[15 tháng 7]] năm [[1954]]) trên dòng sông Cầu chỗ đập Thác Huống, tại xóm Đồng Tâm, xã Vạn Thắng, huyện [[Phú Bình]], tỉnh [[Thái Nguyên]]. Trước khi mất, Thiều Chửu thức trắng đêm viết thư tuyệt mệnh gửi Hồ chủ tịch, thư dặn dò các học trò mình phấn đấu theo Kháng chiến chống Pháp đến cùng, và viết lời kết bản Tự Bạch (cũng gửi Hồ chủ tịch) như sau:
"Cái án "mạc tu hữu" (tức vu cáo, ông viết chữ Nho) mà ông Nhạc Phi phải chịu đời phong kiến còn có lẽ; ai ngờ đời nay chính bản thân tôi lại bị, thì tôi còn biết van vỉ làm sao được nữa".
