Năm 1565, vương thái hậu Văn Định qua đời, Minh Tông quyết đinhđịnh tự mình cai trị đất nước. Ông đã cho xử tử ngưới cậu của mình là Doãn Nguyên Hành, cùng với bà vợ thứ hai của Doãn là [[Jeong Nan-jeong]], người mà đã dựa vào thế lực của chồng để lộng hành và không những thế, còn nuôi ý định trở thành một vương thái hậu Văn Định thứ 2. Doãn Nguyên Hành đã làm lây lan sự tham nhũng trong lúc đất nước không được ổn định; [[Nữ Chân]], [[Nhật Bản]] cùng quân phiến loạn vẫn đang là mối đe dọa của triều đình. Thủ lĩnh quân nổi loạn là Im Kkeok-jeong bị bắt và xử tử vào năm 1552, nhưng các quốc gia ở bên ngoài đang có ý định dòm ngó [[Triều Tiên]]; Vương triều Lý đã phải huy động lại quân đội và hải quân của mình dọc theo bờ biển để bảo vệ biên giới.
