Năm [[1811]], [[kinh thành Huế]] được làm xong thì Gia Định kinh được đổi thành Gia Định thành (cao hơn cấp trấn) và trở thành thị sở của quan Tổng trấn Nam Kỳ.
Đến đời vua Minh Mạng, năm [[1830]], [[Lê Văn Duyệt]] cho sửa thành Bát Quái. Tiếc thay việc sửa thành, cộng thêm tư thù khi còn trẻ với Lê Văn Duyệt (Lê Văn Duyệt đã cho xử chém Huỳnh Công Lý, cha đẻ một quíquý phi được vua Minh Mạng sủng ái<ref name=tuoitre>[http://www.tuoitre.com.vn/tianyon/Index.aspx?ArticleID=266385&ChannelID=10 Dân không thờ sai ai bao giờ!] bài viết về vở kịch của Tả quân Lê Văn Duyệt</ref>), vua [[Minh Mạng]] đã vu cho ông tội nhị tâm (''hai lòng'') cho quân san bằng mồ mả sau khi Lê Văn Duyệt mất<ref name=tuoitre/> làm [[Lê Văn Khôi]], con nuôi của Lê Văn Duyệt, nổi loạn, đánh chiếm lấy thành Bát Quái và biến nơi đây thành căn cứ chính cho [[cuộc nổi dậy Lê Văn Khôi|cuộc nổi dậy của mình từ năm 1833 đến 1835]]. Sau khi đánh bại Lê Văn Khôi rồi, vua Minh Mạng đã cho phá thành Bát Quái để lập [[Thành Gia Định (1836-1859)|thành Gia Định mới]] năm [[1837]]. Chính vì sự phá hủy này mà thành Bát Quái còn bị gọi ''Gia Định phế thành''.<ref name=vnthuquan/>
