Mặc dù Choibalsan được coi là đã không duy trì chính sách đối ngoại độc lập, song ông là một nhà dân tộc chủ nghĩa Mông Cổ và chưa từng từ bỏ hy vọng về việc thống nhất toàn bộ người Mông Cổ dưới quyền của Cộng hòa Nhân dân Mông Cổ. Cho đến năm 1945 ông cẫnvẫn còn khuyến khích một cuộc nổi dậy mang tính dân tộc tại miền đông [[Tân Cương]] (với sự trợ giúp của Stalin), với mục đích tăng cường ảnh hưởng của Cộng hòa Nhân dân Mông Cổ trong khu vực và mở rộng tới Tân Cương, [[Cam Túc]] và [[Thanh Hải]]. Vào tháng 8 năm 1945, CHND Mông Cổ tuyên bố chiến tranh với Nhật Bản và tham gia vào các hành động đánh chiếm vùng [[Nội Mông]]. Choibalsan hy vọng có thể tận dụng cơ hội này để giành lấy Nội Mông từ tay Trung Quốc. Nhưng đến tháng 8 năm 1945 Stalin đã ký kết một hiệp định với Trung Quốc, theo đó bảo đảm các lợi ích quan trọng của Liên Xô tại Viễn Đông, cũng như nền độc lập của Mông Cổ. Stalin đã khước từ giấc mơ Liên Mông Cổ của Choibalsan để ổn định mối quan hệ Xô-Trung và đảm bảo vị trí tại Trung Quốc sau năm 1945. Choibalsan chấp nhận điều này, song ông vẫn tiếp tục thỉnh cầu Stalin về vấn đề Nội Mông cho đến năm 1949. Nhượng bộ lớn nhất của Liên Xô là để cho Choibalsan thi hành các hoạt động tuyên truyền "kín" tại Nội Mông về quyền tự quyết dân tộc.
