Năm 1565, vương thái hậu Munjeong qua đời, Minh Tông quyết đinh tự mình cai trị đất nước. Ông đã cho xử tử ngưới chú của mình là Yun Won-hyeong, cùng với bà vợ thứ hai của Yun là Jeong Nan-jeong, whongười toomà alsođã rosedựa tovào powerthế duelực tocủa herchồng closeđể friendshiplộng andhành và không những thế being 2nd sister-in-law to Queen Munjeong. Yun Won-hyeong allowed corruption to flourish in the government; while the kingdom was unstable, Jurchens, Japanese, and rebellious troops rampaged at will and threatened the government itself. Rebel leader Im Kkeok-jeong was arrested and executed in 1552, but outside invasion continued; the Joseon Dynasty had to re-mobilize its army and navy along to protect its borders.
