Cửa Ba Lạt cho đến thế kỷ 18 là nhánh sông nhỏ trong khi nhánh sông chính là sông Sò (Ngô Đồng) với hai cửa Lân và cửa Hà Lạn. Năm 1787 nhân một cơn lũ lớn dâng nước mớingập và khai thông cửa Ba Lạt thành cửa lớn trong khi sông Sò bị bồi lấp dần. Thời điểm đó sử ghi là ''Ba Lạt phá hội'' với nhiều ruộng vườn biến mất trong khi dải đất mới hiện ra gây ra những vụ tranh chấp đất đai.<ref>[http://www.vawr.org.vn/index.aspx?aac=CLICK&aid=ARTICLE_DETAIL&ari=2420&lang=1&menu=khoa-hoc-cong-nghe&mid=995&parentmid=982&pid=1&storeid=0&title=bien-dong-cua-ba-lat-cua-ha-lan-trong-thoi-ky-can-dai-va-anh-huong-cua-chung-toi-dien-bien-boi-tu-xoi-lo-khu-vuc-hai-hau---nam-dinh "Biến động cửa Ba Lạt, cửa Hà Lạn trong thời kỳ cận đại và ảnh hưởng của chúng tới diễn biến bồi tụ xói lở khu vực Hải Hậu - Nam Định"]</ref>
Ba Lạt cũng được nhắc đến trong [[Hòa ước Nhâm Tuất]] 1862 khi người Pháp ép triều đình Huế phải mở sông Hồng thông thương và cho phép tàu thuyền Pháp và [[I Pha Nho]] ra vào cửa Ba Lạt.<ref>Trần Trọng Kim. ''Việt Nam Sử lược''. Tr 261</ref>
