Vị viavua tương lại được sinh ra với cái tên Ye Htut ({{my|ရဲထွတ်}}, {{IPA-my|jɛ́ tʰʊʔ|IPA}}) vào ngày 16 tháng 1 năm 1516. Ông là con của [[Mingyi Swe]] và [[Shin Myo Myat]]. Không có nhiều điều được biết đến về tổ tiên của ông. Không có bất cứ tài liệu đương thời nào đề cập đến tổ tiên của ông, kế cả cuốn biên niên sử đồ sộ [[Hanthawaddy Hsinbyushin Ayedawbon]] viết về triều đại của ông được viết hai năm trước khi ông mất.<ref name=utk-102-103>Thaw Kaung 2010: 102–103</ref> Chỉ đến năm 1724, tức là 143 năm sau khi nhà vua băng hà, cuốn biên niên sử chính thức ''[[Maha Yazawin]]'' của triều Toungoo mới lần đầu tiên đề cập đến gia phả của ông. Theo cuốn Maha Yazawin, ông được sinh ra trong một gia đình quý tộc ở Toungoo (Taungoo), lúc bấy giờ vốn là chư hầu của triều Ava. Ông là hậu duệ của Phó vương xứ Taungoo [[Tarabya của Toungoo|Tarabya]] (cai trị từ 1440-1446) và [[Minkhaung I của Toungoo|Minkhaung I]] (cai trị 1446-1451) theo bên nội và là hậu duệ của vua [[Thihathu|Thihathu xứ Pinya]] (cai trị 1310-1325) cùng hoàng hậu Mi Saw U theo bên ngoại.<ref name=utk-118-119>Thaw Kaung 2010: 118–119</ref> Ngoài ra, Ye Htut còn là họ hàng xa của [[Mingyinyo|Mingyi Nyo]], nhà cai trị xứ Toungoo lúc bấy giờ, và con trai ông ta [[Tabinshwehti]] thông qua tổ tiên chung là Tarabya xứ Pakhan.<ref group=note>(Hmannan Vol. 2 2003: 171): Mingyi Nyo's maternal grandmother Min Hla Htut, Princess of Pyakaung, was a daughter of Minye Kyawswa and Saw Min Hla, daughter of Tarabya of Pakhan.</ref> Các tại liệu đời sau đều gần như ghi chép y hệt cuốn ''Maha Yazawin''.<ref name=utk-102-103/> Nói chung, mọi cuốn biên niên sử đều chỉ ra sự liên kết giữa ông và tất cả các triều đại đã từng tồn tại ở vùng Thượng Miến Điện như triều [[Vương quốc Ava|Ava]], [[Vương quốc Sagaing|Sagaing]], [[Vương quốc Myinsaing|Myinsaing]]-[[Vương quốc Pinya|Pinya]] và [[Vương quốc Pagan|Pagan]].
Theo truyền thuyết, Bayinnaung là con trai của một cặp vợ chống làm nghề chế mật mía nhà ở gần Pagan. Lúc nhỏ ông có tên là '''[[Tên người Miến|Shin]] Ye Htut''' ({{lang|my|ရှင်ရဲထွတ်}}). Ye Htut trong tiếng Myanma có nghĩa là "con mối", vì lúc sinh ở vườn nhà ông có một tổ mối. Ngay sau khi ông ra đời thì đến lượt Hoàng tử Mintaya chào đời. Mẹ Ye Htut được gọi đến Taungoo làm nhũ mẫu cho Hoàng tử Mintaya. Ở Taungoo, Ye Htut và Hoàng tử Mintaya lớn lên cùng nhau và trở thành bạn của nhau. Khi trưởng thành, Ye Htut được làm quan nhỏ trong triều. Vì dám có quan hệ yêu đương với công chúa con vua, nên Ye Htut đáng lẽ đã bị tống vào ngục, nhưng may nhờ một vị sư xin giúp mà thoát tội. Sau đó, Hoàng tử Mintaya lên ngôi vua, tức là Vua [[Tabinshweti]] [[triều Taungoo|nhà Taungoo]], vào năm 1531. Nhờ là bạn của vua thuở nhỏ, Ye Htut được vua yêu mến, gả em mình cho và được vua mới gọi bằng '''Bayinnaung Kyawhtin Nawrahta''' (Bayinnaung nghĩa là "hoàng nghĩa đệ").
