Các mối quan hệ của các nematode và họ hàng gần của chúng trong nhóm [[protostome|protostomia]] [[động vật|Metazoa]] vẫn chưa được giải quyết. Thông thường, chúng được xếp vào một nhánh riêng của chúng nhưng trong thập niên 1990 chúng được đề xuất tách ra tạo thành một nhóm [[Ecdysozoa]] cùng với [[moulting]], như [[arthropoda]]. Danh tính của các họ hàng còn sinh tồn của Nematoda luôn được xem là đã giải quyết rõ ràng. Đặc điểm hình dạng và phát sinh loài nguyên tử phù hợp với việc xếp giun tròn là một cấp phân loài ngang hàng với giun ký sinh (Nematomorpha); cùng với nhóm này chúng tạo thành [[Nematoida]]. Cùng với nhóm [[Scalidophora]] (trước đây là Cephalorhyncha), Nematoida tạo thành [[Introverta]]. Không có sự phân biệt rõ ràng liệu Introverta có quan hệ gần gũi với [[Gastrotricha]] hay không; nếu có, chúng được xem là một nhánh [[Cycloneuralia]],nhưng bất đồng lại xảy ra khi cả hai dạng dữ liệu hình thái và phân tử. Cycloneuralia hay Introverta thường được xếp thành một liên ngành.<ref name = "ToL_2002_Bilateria">{{chú thích web | publisher = [[Tree of Life Web Project]] (ToL) | year = 2002 | title = Bilateria | date = 2002-01-01 | url = http://tolweb.org/Bilateria/2459/2002.01.01 | accessdate = ngày 2 tháng 11 năm 2008}}</ref>
