Vào tháng 5 năm 1984 tại Băng Cốc, Giáo hoàng đã tới gặp giáo trưởng tối cao của Phật giáo Thái Lan tại tu viện của ông. Gioan Phaolô II bỏ giày ra và bước nhẹ nhàng đến bục nơi Vasana Jara, 86 tuổi đang an tọa trong tư thế thiền.
Tuy nhiên, một số phát biểu về Phật giáo của Giáo hoàng Gioan Phaolô II đã gây ra nhiều tranh cãi và chỉ trích. Ví dụ, trong tác phẩm ''[[Bước qua ngưỡng cửa hi vọng]]'', Giáo hoàng đã chỉ trịchtrích đạo Phật là "thờ ơ với cuộc sống", "tiêu cực", "vô thần". Nhận định này đã vấp phải sự phản đối dữ dội từ cộng đồng Phật giáo. [[Tanaka Ken]], giáo sư tại [[Học viện Phật học]] đã cho rằng Giáo hoàng "''chưa chịu làm bài tập''", còn Lạt Ma [[Ole Nydahl]] thì nhận xét Giáo hoàng "''sẽ không thể tận hưởng cuộc sống ở kiếp sau''". Linh mục [[Thomas Hand]], một chức sắc Công giáo nghiên cứu [[thiền]] tại Medical Retreat Center cho rằng ý kiến của Gioan Phaolô II về sự "vô thần" và "tiêu cực" trong đạo Phật là hoàn toàn sai lầm và Giáo hoàng không thể nhận xét bừa bãi về một tôn giáo thâm thúy như đạo Phật mà không hiểu gì về nó. Một số nhân sĩ Phật giáo bình luận rằng, nguyên nhân của phát biểu trên bắt nguồn từ những lo ngại của Gioan Phaolô II về các nỗ lực truyền bá ảnh hưởng của đạo Phật ra ngoài châu Á.<ref>Don Lattin [http://www.sfgate.com/news/article/Buddhists-Critical-of-Pope-s-Comments-Pontiff-3048805.php Buddhists Critical of Pope's Comments / Pontiff writes of `atheistic' faith] San Francisco Chronicle, ngày 12 tháng 1 năm 1995.</ref> Trong một buổi họp mặt, các nhà sư tại [[Sri Lanka|Tích Lan]] đã quyết định yêu cầu Giáo hoàng phải xin lỗi<ref>[http://www.nytimes.com/1994/12/30/world/world-news-briefs-buddhist-monks-demand-apology-by-the-pope.html World News Briefs; Buddhist Monks Demand Apology by the Pope]</ref>. Trước các phản ứng này, Gioan Phaolô II đã thanh minh rằng ông luôn bày tỏ sự kính trọng sâu sắc đến các tín đồ Phật giáo và không có ý xúc phạm Phật giáo.
