Có rất ít sự đồng thuận về phân loại gấu nâu. Một số hệ thống đề xuất nhiều tới 90 phân loài, trong khi phân tích ADN gần đây đã nhận dạng được chỉ 5năm nhánh.<ref>{{chú thích web |url=http://www.bearinfo.org/YESFedRegister.pdf |title=Endangered and Threatened Wildlife and Plants; Designating the Greater Yellowstone Ecosystem Population of Grizzly Bears as a Distinct Population Segment; Removing the Yellowstone Distinct Population Segment of Grizzly Bears From the Federal List of Endangered and Threatened Wildlife |accessdate=ngày 24 tháng 5 năm 2011 |author=Cục Cá và Động vật hoang dã Mỹ |date=ngày 17 tháng 11 năm 2006 |publisher=Federal Register / Vol. 70, No. 221 |pages=69854–69884 |format=PDF |archiveurl = http://web.archive.org/web/20060825042929/http://www.bearinfo.org/YESFedRegister.pdf |archivedate = ngày 25 tháng 8 năm 2006}}</ref> Phân tích ADN cho thấy các phân loài gấu nâu đã nhận dạng được, ở cả Á-Âu và Bắc Mỹ, về mặt di truyền là khá đồng nhất, và địa lý phát sinh chủng loài về mặt di truyền của chúng không tương ứng với phân loại truyền thống của chúng.<ref name="Waits">{{chú thích web |url=http://www.cnrhome.uidaho.edu/documents/Waits%20et%20al%201998%20cb.pdf&pid=78496&doc=1 |title=Mitochondrial DNA Phylogeography of the North American Brown Bear and Implications for Conservation|accessdate=ngày 24 tháng 5 năm 2011 |author=Lisette P. Waits, Sandra L. Talbot, R.H. Ward, G. F. Shields |year=1998 |month=tháng 4 |publisher=Conservation Biology |pages=408–417}}</ref> Vào thời điểm năm 2005, người ta công nhận 16 phân loài.<ref>{{MSW3 Wozencraft | pages = | id =14000970}}</ref> Các phân loài như sau:
