Khác biệt giữa bản sửa đổi của “Tinh thể học tia X”

Nội dung được xóa Nội dung được thêm vào
Qbot (thảo luận | đóng góp)
n Bot: Adding {{Commonscat|X-ray diffraction}}
Qbot (thảo luận | đóng góp)
n Qbot: Việt hóa
Dòng 1:
[[HìnhTập tin:X ray diffraction.png|thumbnhỏ|200px|upright|Workflow for solving the structure of a molecule by X-ray crystallography]]
'''Tinh thể học tia X''' là ngành khoa học xác định sự sắp xếp của các [[nguyên tử]] bên trong một [[tinh thể]] dựa vào dữ liệu về sự phân tán của các [[tia X]] sau khi chiếu vào các [[electron]] của tinh thể. Sau khi xây dựng được hình ảnh 3 chiều của mật độ các electron bên trong tinh thể, vị trí của nguyên tử tính trung bình, các liên kết hóa học... có thể được thu thập.
 
Dòng 21:
==Lịch sử ==
===Sơ lược về tinh thể và tia X===
[[HìnhTập tin:Kepler conjecture 1.jpg|thumbnhỏ|Vẽ một hình vuông (Figure A, ở trên) và hình lục giác (Figure B, ở dưới) packing from [[Johannes Kepler|Kepler's]] work, ''Strena seu de Nive Sexangula'']]
Các tinh thể từ lâu đã nổi tiếng về tính sắp xếp theo qui luật và đối xứng, nhưng chưa được nghiên cứu một cách khoa học mãi cho tới thế kỉ 17. [[Johannes Kepler]] đã đưa ra giả thuyết trong cuốn ''Strena seu de Nive Sexangula'' (1611) rằng tính đối xứng lục giác của tinh thể bông tuyết là do sự đóng gói theo qui luật của các phân tử nước hình cầu<ref>{{cite book | last = Kepler | first = J | authorlink = Johannes Kepler | year = 1611 | title = Strena seu de Nive Sexangula | publisher = G. Tampach | location = Frankfurt}}</ref>.
 
[[HìnhTập tin:Snowflake8.png|thumbnhỏ|lefttrái|Được hiển thị bằng tinh thể học tia X, đối xứng lục giác của bông tuyết là do sự sắp xếp theo khối bốn mặt của liên kết hydro quanh phân tử nước. Các phân tử nước tạo thành một lưới kim cương, có tính đối xứng lục giác khi được nhìn dọc theo trục chính.]]
[[Nicolas Steno]] (1669) là người đầu tiên thử nghiệm tính đối xứng của tinh thể, ông đã cho thấy rằng các góc giữa 2 bề mặt tinh thể là luôn như nhau<ref>{{cite book | last = Steno | first = N | authorlink = Nicolas Steno | year = 1669 | title = De solido intra solidum naturaliter contento dissertationis prodromus | publisher = Florentiae}}</ref> và tiếp đến là [[René Just Haüy]] (1784), người đã khám phá ra rằng mỗi mặt của một tinh thể có thể được mô tả bởi 3 số nguyên nhỏ, gọi là [[chỉ số Miller]]. Điều này dẫn Haüy đến quan điểm đúng đắn là các tinh thể có cấu trúc mảng 3 chiều không thay đổi ([[lưới Bravais]]) các nguyên tử và phân tử; một phân tử [[tế bào đơn vị]] được lặp đi vô hạn định dọc theo 3 trục cơ bản đó (các trục này không nhất thiết là vuông góc nhau). Vào thế kỉ 19, tổng hợp mọi đối xứng có thể có của một tinh thể đã được đưa ra bởi [[Johann Hessel]]<ref>{{cite book | last = Hessel | first = JFC | year = 1831 | title = Kristallometrie oder Kristallonomie und Kristallographie | publisher = Leipzig}}</ref>, [[Auguste Bravais]]<ref>{{cite journal | last = Bravais | first = Auguste | authorlink = Auguste Bravais | year = 1850 | title = Mémoire sur les systèmes formés par des points distribués regulièrement sur un plan ou dans l'espace | journal = J. l'Ecole Polytech. | volume = 19 | pages 1&ndash;?}}</ref>, [[Yevgraf Fyodorov]]<ref>{{Cite journal|author=I. I. Shafranovskii and N. V. Belov|title=E. S. Fedorov|journal=50 Years of X-Ray Diffraction, ed. Paul Ewald (Springer)| |date=1962| id=ISBN 9027790299| url=http://www.iucr.org/iucr-top/publ/50YearsOfXrayDiffraction/fedorov.pdf | pages=pp 351-353 }}</ref>, [[Arthur Moritz Schönflies|Arthur Schönflies]]<ref>{{cite book | last = Schönflies | first = A | authorlink = Arthur Moritz Schönflies | year = 1891 | title = Kristallsysteme und Kristallstruktur | publisher = Leipzig}}</ref> và sau này là [[William Barlow]].
 
[[HìnhTập tin:3D model hydrogen bonds in water.jpg|thumbnhỏ|Tinh thể học tia X cho thấy sự sắp xếp của một phân tử nước trong đá, tiết lộ cho thấy liên kết hydro tạo ra đối xứng lục giác]]
Tia X được khám phá ra bởi [[Wilhelm Conrad Röntgen]] năm 1895. Nó là sóng điện từ, hay một dạng khác của ánh sáng.
 
===Phân tích tia X của các tinh thể ===
[[HìnhTập tin:Bragg diffraction.png|thumbnhỏ|trái|Chùm tia đi vào (từ phía trên bên trái) gây ra cho mỗi phát tán tỏa ra lại một phần nhỏ năng lượng dưới dạng sóng cầu. Nếu các phát tán được sắp xếp đối xứng với với khoảng phân cách ''d'', thì những sóng cầu này sẽ đồng bộ chỉ theo hướng mà sự chênh lệch chiều dài đường đi là 2 ''d'' sin θ bằng với gấp số nguyên lần [[bước sóng]] λ. Trong trường hợp đó, một phần của chùm tia đi vào bị làm lệch một góc 2θ, tạo ra một điểm nhiễu xạ trong mẫu nhiễu xạ.]]
Các tinh thể là các mảng cố định của các nguyên tử và tia X có thể được xem là các sóng điện từ. Các nguyên tử làm phân tán tia X, chủ yếu dựa vào các electron của nguyên tử; nó cũng giống như sóng biển đánh vào một ngọn hải đăng có các gờ đá bao quanh thì tạo ra một làn sóng nhỏ khác tỏa ra theo mọi hướng từ ngọn hải đăng đó, thì tia X đánh vào một electron bao quanh nguyên tử cũng tạo ra một sóng cầu tỏa ra từ electron đó. Hiện tượng này gọi là tán xạ (''scatterer''). Một mảng không thay đổi các tán xạ tạo ra một mảng cố định các sóng cầu. Mặc dù các sóng này triệt tiêu nhau theo hầu hết các hướng, chúng vẫn cộng lẫn nhau theo một vài hướng, tuân theo [[định luật Bragg]].
 
Dòng 41:
 
===Phát triển từ 1912 đến 1920===
[[HìnhTập tin:Diamond and graphite.jpg|thumbnhỏ|Mặc dù [[kim cương]] (trên bên trái) và [[than chì]] (trên bên phải) là giống nhau về thành phần hóa học — đều hoàn toàn [[carbon]] — tinh thể học tia X cho thấy sự sắp xếp các nguyên tử (bên dưới), dẫn đến sự khác nhau về tính chất giữa chúng. Trong kim cương, các nguyên tử cácbon được sắp xếp theo khối tứ diện và được giữa với nhau bằng liên kết cộng hóa trị đơn, tạo cho nó kết nối mạnh theo mọi hướng. Ngược lại, than chì tạo bơi các lớp chồng lên nhau, trong đó nguyên tử cácbon liên kết lục giác bằng các liên kết đơn và đội, không có liên kết cộng hóa trị giữa các lớp.]]
Sau nghiên cứu tiên phong của von Laue, lĩnh vực này phát triển nhanh chóng, nổi tiếng nhất là hai nhà vật lý [[William Lawrence Bragg]] và cha của ông [[William Henry Bragg]]. Năm 1912-1913, Bragg trẻ đã phát triển ra [[định luật Bragg]], liên kết tán xạ quan sát được với sự phản xạ từ các mặt phẳng có khoảng cách đều nhau bên trong tinh thể<ref>{{cite journal | author = Bragg WL | authorlink = William Lawrence Bragg | date = 1912 | title = The Specular Reflexion of X-rays | journal = Nature | volume = 90 | pages = 410 | doi = 10.1038/090410b0 <!--Retrieved from CrossRef by DOI bot-->}}<br />{{cite journal | author = Bragg WL | authorlink = William Lawrence Bragg | date = 1913 | title = The Diffraction of Short Electromanetic Waves by a Crystal | journal = Proceedings of the Cambridge Philosophical Society | volume = 17 | pages = 43&ndash;57}}<br />{{cite journal | author = Bragg WL | authorlink = William Lawrence Bragg | date = 1914 | title = Die Reflexion der Röntgenstrahlen | journal = Jahrbuch der Radioaktivität und Elektronik | volume = 11 | pages = 350}}</ref>.
 
Dòng 48:
==Phương pháp==
===Tinh thể hóa===
[[HìnhTập tin:Protein crystal.jpg|thumbnhỏ|Một tinh thể protein được nhìn qua [[kính hiển vi]]. Tinh thể dùng trong tinh thể hóa tia X thường có bề ngang nhỏ hơn 1 [[millimeter]]]]
{{further|[[Tinh thể hóa]]}}
 
===Thu thập dữ liệu===
====Treo tinh thể lên====
[[HìnhTập tin:Kappa goniometer faster smaller.gif|frame|trái|Minh hoạc cho thấy chuyển động của máy đo góc kết kappa 4 chu kì. Việc quay quanh một trong 4 góc bất kì φ, κ, ω và 2θ giúp đưa rõ tinh thể ra trước chùm tia X (màu cam), và đổi hướng cho phép nhiều không gian tương hỗ được quan sát. Cuối cùng, bộ nhận dạng (màu tía với màn hình đen) có thể điều chỉnh gần hoặc xa tinh thể, cho phép có thể chỉnh độ phân giải cao (nếu gần) hoặc nhìn thấy tốt hơn các đỉnh Bragg (nếu ở xa).]]
Vì cả tinh thể và chùm tia là rất nhỏ, nên tinh thể phải đặt ở giữa chùm tia với độ chính xác trong khoảng 25 microns, nhờ sự hỗ trợ của một camera được hội tụ ở tinh thể. Loại đo góc kế phổ dụng nhất là "kappa goniometer", loại thường có 3 góc xoay: góc ω , xoay quanh trục gần như vuông góc với chùm tia; góc κ , quay quanh trục vào khoảng 50° so với trục ω ; và góc φ quay quanh trục mao dẫn (''loop/capillary axis''). Khi góc κ là zero, thì các trục ω và φ trùng khớp.
 
Dòng 60:
Nguồn tia X sáng nhất và hữu ích nhất là [[Xincrotron]]; độ sáng cao cho phép tạo ra độ phân giải cao. Nó cũng dễ điều chỉnh bước sóng của tia xạ. Các máy Xincrotron là tài sản quốc gia, mỗi thiết bị tương ứng với một dòng tia nơi dữ liệu được thu thập liên tục.
 
[[HìnhTập tin:X Ray Diffractometer.JPG|thumbnhỏ|Nhiễu xạ kế]]
Các nguồn tia X nhỏ hơn và yếu hơn thì thường được dùng trong các phòng TN để kiểm tra chát lượng tinh thể trước khi đem đến các máy Xinchrotron.
 
====Ghi lại các nhiễu xạ====
[[HìnhTập tin:X-ray diffraction pattern 3clpro.jpg|thumbnhỏ|Một mẫu nhiễu xạ tia X của một enzyme được tinh thể hóa. Mẫu tạo bởi các chấm đen (gọi là nhiễu xạ) có thể được dùng để xây dựng lại cấu trúc của enzyme đó.]]
Khi một tinh thể được treo lên máy đo góc và được chiếu vào bằng chùm tia X cực mạnh ở phía trước, nó sẽ làm phát tán chùm tia X đó và tạo ra mẫu các điểm đen hay là nhiễu xạ mà có thể được quan sát thông qua màn hình nằm phía sau tinh thể. Cường độ mạnh yếu khác nhau của tia phản xạ có thể cho ta biết được sự sắp xếp của các phân tử bên trong tinh thể ở mức nguyên tử. Cường độ này được đo đạc dựa vào [[phim nhiếp ảnh]], một bộ nhận dạng diện tích (''area detector'') hay thiết bị cảm ứng hình cảnh '''charge-coupled device''' (CCD). Đỉnh có góc nhỏ sẽ tương ứng với dữ liệu có độ phân giải thấp, trong khi đỉnh (''peak'') có góc cao sẽ cho ra dữ liệu có độ phân giải cao.