Người Rô-ma sau thời kỳ này đã nổi dậy chống lại Giáo hoàng và ông đã phải sống lưu vong ở Anagni và xin Hoàng đế Friedrich II giúp đỡ chống lại các công dân của thành phố năm 1232.
Năm 1241, FriedrickHoàng đế Friedrich II lại bị Giáo hoàng Gregorius IX phạt vạ tuyệt thông một lần nữa khi ông này ngăn cản việc triệu tập công đồng tại Roma, bằng cách phục kích bắt cóc một lúc cả đoàn xe trở các [[tổng giám mục]] và [[giám mục]] tới dự công đồng, và giam giữ tại [[Napoli]]. Ông đã bị [[Công đồng Lyon 1250]] phế truất rồi chết năm 1250. Từ lúc này bắt đầu giai đoạn khuyết ngôi, nước [[Đức]] không có hoàng đế nào cho đến năm 1273.
Ông cùng xung đột với hoàng đếvua [[Henry III của Anh|Henry III]] của [[Anh Quốc]], và những cuộc xung đột của ông với vua nước [[Pháp]] là [[LuiLouis IX của Pháp|Louis IX]] đã đẩy vua đến chỗ viết Chỉ Dụ (Pragmatique sanction). Tuy nhiên, người ta cho rằng văn bản này có sau rất xa thậm chí còn là một văn bản giả mạo của thế kỷ XIV.
