[[File:Baeyer.jpg|thumb|left|upright|Cha đẻ Adolf von Baeyer, Trung tá Phổ, Johann Jacob Baeyer, nhà địa chất học nổi tiếng]]
Baeyer sinh ra ở Béc-lin là con trai của nhà địa chất nổi tiếng và ông cũng là trung tướng trong Quân đội Phổ quân Hoàng gia Johann Jacob Baeyer (1794-1885<ref name=":1" />) và vợ ông ấy Eugenie Baeyer née Hitzig (1807–1843).<ref>{{citeChú thích web|url=https://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1905/baeyer-bio.html |titletiêu đề=Adolf von Baeyer - Biographical |publishernhà xuất bản=Nobelprize.org |datengày=1917-08-20 |accessdatengày truy cập=2013-12-09}}</ref> Cả hai cha mẹ của ông là Lutherans vào thời điểm ông chào đời và ông được nuôi dạy theo tôn giáo Lutheran.<ref>[https://www.deutsche-biographie.de/sfz7302.html Baeyer, Adolf Ritter von] in ''Deutsche Biographie''</ref><ref name=":1">{{CiteChú thích web|url=http://www.findagrave.com/cgi-bin/fg.cgi?page=gr&GSln=Baeyer&GSfn=Johann&GSmn=Jacob&GSbyrel=all&GSdyrel=all&GSob=n&GRid=115866487&df=all&|titletiêu đề=Johann Jacob Baeyer (1794 - 1885) - Find A Grave Memorial|website=www.findagrave.com|access-date=2016-07-17}}</ref> Mẹ của ông là con gái của Julius Eduard Hitzig và là một thành viên của gia đình Itzig gốc gác Do Thái, và đã chuyển đổi sang Cơ đốc giáo trước khi kết hôn với cha ông, người không thuộc dòng dõi Do Thái. Baeyer có bốn chị em gái: Clara (1826-) Emma (1831-), Johanna (Jeanette) (1839-), Adelaide († 1843) và hai anh em: Georg (1829-), Edward (1832-). Baeyer mất mẹ khi còn trẻ khi mà mẹ ông sinh ra chị gái Adelaide.<ref>{{Cite book|url=https://books.google.com/books?id=XewbBAAAQBAJ|title=Brücken aus Papier: Atlantischer Wissenstransfer in dem Briefnetzwerk des deutsch-amerikanischen Ehepaars Francis und Mathilde Lieber, 1827-1872|last=Schnurmann|first=Claudia|date=2014-10-15|publisher=LIT Verlag Münster|others=Note 1445|isbn=9783643126788|location=Germany|pages=371|language=de|via=}}</ref>
Mặc dù tên khai sinh của ông là Johann Friedrich Wilhelm Adolf Baeyer, ông đã được biết đến đơn giản là "Adolf Baeyer", suốt phần lớn cuộc đời của ông. Nhà thơ Adelbert von Chamisso và nhà thiên văn học Friedrich Wilhelm Bessel là người đỡ đầu của ông. Vào ngày sinh nhật lần thứ 50 của mình, ông đã được phong tước hiệu dòng dõi quý tộc bởi vua Louis Ludwig II của Bavaria, trao cho ông ta sự phân biệt trong tên là "von"<ref name=":0">{{Cite book|url=https://books.google.com/books?id=uPRB-OED1bcC|title=Encyclopedia of World Scientists|last=Oakes|first=Elizabeth H.|publisher=Infobase Publishing|year=2007|isbn=9781438118826|location=NY, USA|pages=39|via=}}</ref>
