Vào ngày 1 tháng 12 năm 2011, Lindelöf đã ký hợp đồng với câu lạc bộ [[S.L. Benfica|Benfica]] của Bồ Đào Nha<ref name="Victor">{{cite news|url=http://www.aftonbladet.se/sportbladet/fotboll/internationell/ovrigaligor/article14017555.ab|title=Storklubb värvar svensk 17–åring|publisher=Sportbladet|date=2011-12-01}}</ref> và vào ngày 8 tháng 6 năm 2015 hợp đồng được gia hạn đến năm 2020.<ref>{{cite web |url=http://www.slbenfica.pt/noticias/detalhedenoticia/tabid/2788/ArticleId/42058/language/pt-PT/.aspx |title=Victor Lindelöf renova contrato |language=PortugueseBồ Đào Nha |trans-title=Victor Lindelöf renews contract |date=8 June 2015 |publisher=[[S.L. Benfica]] |access-date=9 June 2015}}</ref> Trong [[Primeira Liga 2012-13|mùa giải 2012-13]], anh chơi cho đội trẻ và vô địch giải U19 Bồ Đào Nha.<ref name="uefa">{{cite web |url=http://pt.uefa.com/under21/news/newsid=2260709.html |title=Lindelöf preparado para travar Bernardo Silva |language=PortugueseBồ Đào Nha |trans-title=Lindelöf prepared to stop Bernardo Silva |date=23 June 2015 |publisher=UEFA |access-date=3 July 2015}}</ref> Vào ngày 19 tháng 10 năm 2013, anh ra mắt đội một trong chiến thắng 1-0 trước [[CD Cinfães]]. Trong [[Primeira Liga 2013-14|mùa giải 2013-14]], anh ghi 2 bàn trong 33 trận cho Benfica B. [[Primeira Liga 2015-16|Mùa giải 2015-16]],<ref>{{cite news|url=https://www.foradejogo.net/match.php?match=2016154700197020101&language=2|title=Taça da Liga - 3ª Fase|publisher=ForaDeJogo.net}}</ref> anh trở lại đội một trong chiến thắng 1-0 trước [[C.D. Nacional|Nacional]] ở [[Taça da Liga]]. Ngày 16 tháng 2 năm 2016, anh đã thi đấu cả trận trong chiến thắng 1-0 trên sân nhà trước [[F.K. Zenit Sankt Peterburg|Zenit Sankt Peterburg]] trong trận đầu tiên của vòng 16 [[UEFA Champions League 2015-16|UEFA Champions League]].<ref>{{cite news |date=16 February 2016 |title=Jonas strikes late to earn Benfica narrow win |url=http://www.uefa.com/uefachampionsleague/season=2016/matches/round=2000635/match=2015763/index.html |website=UEFA.com |access-date=19 February 2016}}</ref> Bốn ngày sau, anh ghi bàn thắng đầu tiên cho Benfica, trong chiến thắng 3-1 trước [[Paços de Ferreira]].<ref>{{cite news |date=20 February 2016 |title=Benfica: Lindelof celebra primeiro golo pela equipa principal |trans-title= |url=http://www.maisfutebol.iol.pt/liga/victor-lindelof/benfica-lindelof-celebra-primeiro-golo-pela-equipa-principal |language=PortugueseBồ Đào Nha |website=Maisfutebol |access-date=22 February 2016}}</ref>
