Trong [[Cải cách ruộng đất tại miền Bắc Việt Nam|Cải cách ruộng đất]] của hồHồ chíChí minhMinh , ông bị đội cải cách ruộng đất ở xã [[Đồng Liên]], huyện [[Phú Bình]], tỉnh [[Thái Nguyên]], Thiều Chửu bị quy là [[địa chủ]] và bị đội xỉa xói mắng nhiếc nhiều giờ, vu cho đủ các tội ác, dùng những lời nói khinh bỉ hà khắc. Bị vu cáo, cộng với sự thương cảm cho nhiều [[nông dân]] bị hàm oan trong Cải cách ruộng đất mà cảm thấy mình bất lực, ông đã tự trầm vào ngày 16 tháng 6 năm [[Giáp Ngọ]] (ngày [[15 tháng 7]] năm [[1954]]) tại sông [[sông Cầu (Thái Nguyên)|Cầu]] chỗ đập [[Thác Huống]], thuộc xóm Đồng Tâm, xã [[Vạn Thắng, Phú Bình|Vạn Thắng]], huyện Phú Bình, tỉnh Thái Nguyên. Trước khi mất, Thiều Chửu thức trắng đêm viết thư tuyệt mệnh gửi [[Hồ Chí Minh]], thư dặn dò các học trò mình phấn đấu theo Kháng chiến chống [[Pháp]] đến cùng, và viết lời kết bản Tự Bạch (cũng gửi Hồ chủ tịch) như sau:
"Cái án "mạc tu hữu" (tức vu cáo, ông viết chữ Nho) mà ông Nhạc Phi phải chịu đời phong kiến còn có lẽ; ai ngờ đời nay chính bản thân tôi lại bị, thì tôi còn biết van vỉ làm sao được nữa".
