Khác biệt giữa bản sửa đổi của “KEGG”

Nội dung được xóa Nội dung được thêm vào
Tạo trang cơ bản
 
nKhông có tóm lược sửa đổi
Dòng 1:
{{infobox biodatabase|title=KEGG|logo=[[File:KEGG database logo.gif|175px]]|description=BioinformaticsNguồn resourcelực fortin decipheringsinh thehọc genome.để nghiên cứu hệ gen|scope=hundal|organism=AllTất cả|center=[[KyotoĐại Universityhọc Kyoto]]|laboratory=[http://kanehisa.jp/ Kanehisa Laboratories]|author=|pmid=10592173|released=1995|standard=|format=|url={{URL|http://www.kegg.jp/}}|download=|webservice=[[REST]] see [http://www.kegg.jp/kegg/rest/ KEGG API]|sql=|sparql=|webapp=[http://www.kegg.jp/kegg/mapper.html KEGG Mapper]|standalone=|license=|versioning=|frequency=|curation=|bookmark=|version=}}'''KEGG''' ('''Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes''') là một tập hợp các cơ sở dữ liệu đề cập đến các vấn đề như [[bộ gen]], [[con đường sinh học]], [[Bệnh|bệnh tật]], [[ma túy]] và các [[Hóa chất|chất hóa học]]. KEGG được sử dụng cho nghiên cứu và giảng dạy [[tin sinh học]], bao gồm phân tích dữ liệu về [[hệ gen học]], [[Metagenomics|metagenomic]], [[hệ chuyển hóa học]] và nghiên cứu hệ thống khác, mô hình hóa và mô phỏng trong [[hệ thống [[sinh học]] và phát triển các phương thức chữa bệnh mới.
 
== Lịch sử ==
Dự án cơ sở dữ liệu KEGG được khởi xướng vào năm 1995 bởi [[Minoru Kanehisa]], Giáo sư tại Viện Nghiên cứu Hóa học, [[Đại học Kyoto]], lúc [[dự án bản đồ gen người]] đang diễn ra ở Nhật Bản đang diễn ra.<ref name="pmid10592173">{{cite journal|vauthors=Kanehisa M, Goto S|title=KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes|journal=Nucleic Acids Res|year=2000|volume=28|issue=1|pages=27–30|pmid=10592173|doi=10.1093/nar/28.1.27|pmc=102409}}</ref><ref name="pmid9287494">{{cite journal|author=Kanehisa M|title=A database for post-genome analysis|journal=Trends Genet|year=1997|volume=13|issue=9|pages=375–6|pmid=9287494|doi=10.1016/S0168-9525(97)01223-7}}</ref> Nắm bắt được nhu cầu về một tài nguyên vi tính hóa có thể được sử dụng để giải thích sinh học về dữ liệu chuỗi bộ gen, ông bắt đầu phát triển cơ sở dữ liệu KEGG PATHWAY. Đây là một bộtập sưu tậphợp các bản đồcon đường dẫnchuyển KEGGhóa được vẽ thủ công nhằm thể hiện kiến ​​thức thực nghiệm về sựchuyển trao đổi chấthóa và các chức năng khác của [[tế bào]][[sinh vật]]. Mỗi bản đồ đườngnhư dẫnvậy chứa một mạng lưới các tương tác cũng như phản ứng phân tử và được thiết kế để liên kết các gen trong bộhệ gen với các sản phẩm gen (chủ yếu là các [[protein]]) trong con đường. Điều này đã cho phép phân tích được gọi là ánh xạ đường dẫn KEGG, nhờ đó nội dung gen trong bộhệ gen được so sánh với cơ sở dữ liệu KEGG PATHWAY để kiểm tra các đường dẫn và hàm liên quan nào có khả năng được mã hóa trong hệ gen.
 
Theo các nhà phát triển, KEGG là một "đại diện máy tính" của [[hệ thống sinh học]]. <ref name="pmid16381885">{{cite journal|vauthors=Kanehisa M, Goto S, Hattori M, Aoki-Kinoshita KF, Itoh M, Kawashima S, Katayama T, Araki M, Hirakawa M|title=From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG|journal=Nucleic Acids Res|year=2006|volume=34|issue=Database issue|pages=D354–7|pmid=16381885|doi=10.1093/nar/gkj102|pmc=1347464}}</ref> Nó tích hợp các khối xây dựng và sơ đồ nối dây của hệ thống - cụ thể hơn, các khối xây dựng di truyền của [[gen]] và [[protein]], các khối xây dựng hóa học từ các phân tử nhỏ và phản ứng, và sơ đồ tương tác phân tử và mạng lưới phản ứng. Khái niệm này được thực hiện trong các cơ sở dữ liệu sau này của KEGG, được phân loại thành các hệ thống, thông tin về [[gen]], hóa học và sức khỏe.<ref name="pmid24214961">{{cite journal|vauthors=Kanehisa M, Goto S, Sato Y, Kawashima M, Furumichi M, Tanabe M|title=Data, information, knowledge and principle: back to metabolism in KEGG|journal=Nucleic Acids Res|year=2014|volume=42|issue=Database issue|pages=D199–205|pmid=24214961|doi=10.1093/nar/gkt1076|pmc=3965122}}</ref>
Dòng 8:
* Thông tin hệ thống
 
PATHWAY - bản đồ đườngcác dẫncon đường cho các chức năng của tế bào và sinh vật
 
MODULE - mô-đun hoặc đơn vị chức năng của gen
Dòng 20:
GENES - gen và protein trong bộ gen hoàn chỉnh
 
ORTHOLOGY - [[ổ gen tiến hóa thẳng]] trong bộ gen hoàn chỉnh
 
* Thông tin hóa học
Dòng 28:
REACTION, RPAIR, RCLASS - phản ứng hóa học
 
ENZYME - danh pháp [[Enzym|enzyme]]
 
* Thông tin sức khỏe