Thay cho hạt bột truyền thống, [[thạch dừa]] hoặc thạch [[konjac]] còn được dùng để làm trà trân châu. Thạch được cắt thành viên nhỏ, hình [[khối lập phương|lập phương]] hoặc [[hình hộp]], có độ dẻo và dai. Trà trân châu có thể pha chế thành trà trân châu thập cẩm, khi có cả trân châu và thạch. Có nhiều loại thạch khác như thạch [[vải (thực vật)|vải]], thạch [[cà phê]], thạch cầu vồng{{cần chú thích}} và thạch trái cây hỗn hợp.
Hạt trân châu trong trà sữa bày bán nhiều nơi có khả năng được làm từ vỏ lốp xe cũ và đế giày da. Bình thường, nếu dùng bột củ quả để làm trân châu thì những viên trân châu này sẽ dễ dàng được tiêu hóa ngay khi vào thành ruột. Hiện tại, trân châu được tiêu thụ ở thị trường Trung Quốc chỉ có một loại, nhưng thành phần làm ra những hạt trân châu này thì không biết rõ. Chúng có tính kết dính và co giãn rất mạnh. Nếu như tích tụ trong dạ dày, những hạt trân châu này sẽ khó có thể tiêu hóa, thậm chí dồn ứ ở đó<ref>http://vov.vn/kinh-te/tra-sua-tran-chau-co-the-lam-tu-de-giay-sam-lop-448554.vov</ref>
Thực chất món trà sữa trân châu này chẳng có trà, chẳng có sữa, mà chủ yếu được tạo thành từ các chất phụ gia và trân châu giả, làm từ mảnh bỉm của trẻ con. Sở dĩ giá thành của một ly trà rẻ do hầu hết các quán không dùng sữa, trà hay hoa quả mà chỉ sử dụng các loại chất tạo màu, tạo mùi, cộng với hạt trân châu giả làm từ bột sắn và một loại bột hóa học chuyên dùng làm bỉm trẻ em để tạo độ giòn và màu sắc bắt mắt<ref>http://www.tienphong.vn/the-gioi/hai-hung-tra-sua-tran-chau-lam-tu-de-giay-va-bim-tre-em-929896.tpo</ref>.
