Tình hình trong thời kỳ quân quản (1963-1967) sau khi nền Đệ nhất Cộng hòa sụp đổ vẫncó nhiều biến động liên tục. Tướng [[Dương Văn Minh]] lên làm quốc trưởng nhưng đến Tháng Giêng năm [[1964]] thì tướng [[Nguyễn Khánh]] làm cuộc chỉnh lý nắm quyền tối cao. Tướng Nguyễn Khánh vốn có cảm tình với [[đảng Đại Việt]] lên nắm quyền và gửi thông điệp mời Nguyễn Tôn Hoàn về làm thủ tướng.<ref name=obit/> Chủ ý của Nguyễn Khánh là dùng thế lực của Đại Việt làm hậu thuẫn nhưng không thành.<ref name=k355/> Trong khi đó Nguyễn Tôn Hoàn cũng thất bại, không lập được Nội các<ref name=s2367/> vì đảng Đại Việt đã phân hóa thành nhiều nhóm, không thống nhất được nhân sự để tham chính. Có thành phần thì không tòng phục một lãnh tụ cũ nay đột nhiên về nước nắm quyền.<ref name=k355/> Tướng Khánh, nhân danh chủ tịch [[Hội đồng Quân nhân Cách mạng (Việt Nam, 1963)|Hội đồng Quân nhân Cách mạng]] mới tự giao cho mình chức thủ tướng còn Nguyễn Tôn Hoàn làm Đệ nhất Phó Thủ tướng, đảm nhiệm chương trình bình định nông thôn và quản nhiệm năm bộ, trong đó có Bộ Nội vụ và Bộ Quốc phòng. Trong những công việc chính của Nguyễn Tôn Hoàn là tổ chức lại hệ thống [[Ấp Chiến lược]] cũ thành "Ấp Đời mới".<ref name=k355>Karnow, p. 355.</ref><ref name=s2367>Shaplen, pp. 236–237.</ref>
Nguyễn Tôn Hoàn cũng có nhiều công trong việc thành lập Bộ Phát triển Sắc tộc, mở cuộc thanh lọc chống tham nhũng và tìm cách chuyển giao sang chính phủ dân sự. Trong khi đó [[Chiến tranh Việt Nam|chiến cuộc]] càng mãnh liệt, thu hút toàn sự chú ý của Hoa Kỳ và [[Hội đồng Quân lực (Việt Nam, 1964)|Hội đồng Quân lực]] nên Nguyễn Tôn Hoàn dần bị loại khỏi chức vụ bình định nông thôn.<ref name=obit/><ref name=s245>Shaplen, p. 245.</ref> Địa vị của Nguyễn Tôn Hoàn càng bị lu mờ trong khi tướng Nguyễn Khánh được sự ủng hộ đắc lực hơn của [[đồng minh]] HOoa Kỳ.<ref>Blair, p. 132.</ref>
