Frederik Magle là con của [[nhà văn]] kiêm nữ [[diễn viên]] [[Mimi Heinrich]] và [[nhạc sĩ]] chơi đàn organ, [[họa sĩ]] kiêm [[điêu khắc gia]] [[Christian Reesen Magle]] (1925-1996). Anh là cháu gọi [[nhà soạn nhạc]] [[Emil Reesen]] (1887-1964) bằng ông cậu (anh/em của bà anh). Anh được coi là [[thần đồng]] [[âm nhạc]], đã xuất hiện trên [[truyền hình]] và các [[phương tiện truyền thông]] từ khi lên 9 tuổi..<ref>{{chú thích báo|title=Frederik er en gave |newspaper=[[Berlingske Tidende]] |date=ngày 29 tháng 3 năm 1987 | author=|language=Đan Mạch}}</ref><ref>{{chú thích báo|title=9-årig komponist i TV|newspaper=[[B.T. (tabloid)|B.T.]] |author= | date=ngày 27 tháng 3 năm 1987 |language=Đan Mạch}}</ref>
Frederik Magle học [[lý thuyết âm nhạc|nhạc lý]] và [[sáng tác nhạc|sáng tác]] với [[Leif Thybo]], học chơi đàn [[organ (nhạc cụ)|organ]] với [[Ib Bindel]], sau đó vào học ở [[Nhạc viện hoàng gia Đan Mạch]]. Cuộc trình diễn trước công chúng các sáng tác nhạc đầu tiên của anh diễn ra vào buổi sáng [[lễ Phục Sinh]] 7.4.1985 tại nhà thờ Stubbekøbing.
Cha của Magle từ trần năm 1996, ngay trước buổi trình diễn đầu tiên bản cantata lễ Giáng Sinh ''A newborn child, before eternity, God!'' của Magle, được hiến tặng cho ông.<ref>{{chú thích web|url=http://www.magle.dk/bio-more.html|title=Biography and timeline of Frederik Magle|publisher=magle.dk|accessdate = ngày 28 tháng 4 năm 2012}}</ref>
