Đang trong giai đoạn đỉnh cao của sự nghiệp, sức khỏe Schubert dần giảm sút. Những năm cuối thập niên thập niên 20 thế kỷ XIX, sức khỏe Schubert ngày càng đi xuống, ông đã tâm sự với một vài người bạn rằng ông sợ ông đã sắp cận kề cái chết. Giữa hè năm 1828, Schubert gặp nhà Vật Lý Ernst Rinna, có lẽ cũng chính là người đã xác nhận những nghi ngờ của Schubert về căn bệnh của mình, rằng ông đang mắc căn bệnh nan y và có khả năng sẽ chết sớm. Những triệu cho thấy rằng ông bị ngộ độc [[Thủy ngân|thủy ngân]] (ngày xưa thủy ngân thường được dùng như là một bài thuốc phô biến để trị bệnh [[Giang mai|giang mai]], căn bệnh mà chính Schubert cũng đã từng mắc phải). Đầu tháng 11, ông lại bị ốm, đau đầu, sốt, sưng khớp và nôn mửa. Thậm chí ông cũng không thể ăn được thức ăn dạng rắn cũng như tình trạng ngày càng chuyển biến xấu. 5 ngày trước khi mất, bạn của ông là nghệ sĩ violin [[Karl Holz]] và nhóm tứ tấu đến thăm và chơi đàn cho ông nghe. Tác phẩm âm nhạc cuối cùng mà ông muốn nghe chính là bản [[String Quartet No. 14 in C-sharp minor, Op. 131]] của [[Ludwig van Beethoven|Beethoven]]. Holz sau đó đã nói: "The King of Harmony has sent the King of Song a friendly bidding to the crossing".
