Sau khi giải phóng, isopren được chuyển đổi bởi các gốc tự do tồn tại trong thời gian ngắn (như gốc hydroxyl) và ở mức độ thấp hơn bởi [[ozone]] thành nhiều loài khác nhau, như [[aldehyd]], [[hydroperoxide]], nitrat hữu cơ và [[epoxit]], hòa vào các giọt nước và giúp tạo [[aerosol]] và [[khói mù]].
Trong khi hầu hết các chuyên gia thừa nhận rằng phát thải isopren ảnh hưởng đến sự hình thành aerosol, liệu isoprene tăng hay giảm sự hình thành aerosol vẫn còn được tranh luận. Một tác dụng chính thứ hai của isopren đối với khí quyển là với sự hiện diện của [[NOx|nitric oxides (NO<sub>x</sub>)]] nó góp phần vào sự hình thành [[tầng đối lưu]] ([[tầng khí quyển]]), một trong những chất gây [[ô nhiễm không khí]] hàng đầu ở nhiều quốc gia. Bản thân '''Isoprene''' thường không được coi là một chất gây ô nhiễm, vì nó là một sản phẩm thực vật tự nhiên. Sự hình thành của tầng đối lưu chỉ có thể xảy ra khi có nồng độ NO<sub>x</sub> cao, hầu như chỉ xuất phát từ các hoạt động công nghiệp. '''Isoprene''' có thể có tác dụng ngược lại và làm dịu sự hình thành ozone dưới mức NO<sub>x</sub> thấp.
