Ở cácnhững vùng ít nhiều trung thành với chính quyền Việt Nam Cộng hòa,sựkhông bảokiểm vệsoát chốngđược lạichặt cácchẽ thì lực lượng chủ lực hoặc du kích [[quân Giải phóng]] thườnghoạt kémđộng hiệumạnh. quả,Lực nhữnglượng quancộng chứcsản địatiến phương bịhành ám sát, xử bắn các công chức địa phương, những người trung thành với chính quyềnphủ SàiViệt GònNam Cộng hòa, và những người có liên quan với Mỹ bị xử bắn.
Lấy ví dụRiêng năm 1969, hơn 6.000 người bị giết, hơn 1.200 người bị ám sát, và 15.000 người bị thương. Trong số những người thiệt mạng có 90 viên chức xã và xã trưởng, 240 quanviên chức ấp và ấp trưởng, 229 người tản cư và 4.350 thường dân.<ref>Trang 5, biên bản ghi lại phát biểu của [[William E. Colby]] tại phiên điều trần trước Quốc hội Hoa Kỳ ngày 17/02/1970 http://homepage.ntlworld.com/jksonc/docs/phoenix-scfr-19700217.html truy cập ngày 22/11/2009</ref>
BởiVới hệ thống [[Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam]] nằm vùng là một đối thủ có kinh nghiệm và tổ chức chặt chẽ, chính phủ Việt Nam Cộng hòa cần phải có các chuyên gia chiến tranh chính trị (''political warfare'') để đối phó. Trong hai năm 1967 và 1968, nỗ lực phối hợp tình báo (dựa chủ yếu vào các hoạt động của CIA) chống lại các cơ sở cách mạng được chủ trì bởi Tư lệnh quân đội viễn chinh Mỹ - tướng [[William Westmoreland]]. Đây là chương trình hợp tác quân sự và dân sự mang tên "Phối hợp và Khai thác tình báo" (Intelligence Coordination and Exploitation – ICEX) với nhiệm vụ là giúp đỡ và hỗ trợ chính phủ Miền Nam đương đầu với các mạng lưới cơ sở cộng sản này. Lúc đầu, chương trình này (ICEX) nhận được rất ít chú ý và ủng hộ của chính quyền Nam Việt Nam. Chỉ khoảng vài chục đối tượng của Mặt trận Dân tộc nằm vùng bị bắt giữ mỗi tháng bởi các hành động đột kích và bắt bớ chủ yếu do các đơn vị CIA.
