Thời Nguyễn Văn Thoại sinh ra và lớn lên lúc [[chúa Trịnh|Trịnh]] và [[chúa Nguyễn|Nguyễn]] đánh nhau liên miên, tiếpiếp theo nữa là phong trào [[Nhà Tây Sơn|Tây Sơn]] nổi dậy ([[1771]]). Vì thế, mẹ ông phải dẫn ông và hai em <ref>Nguyễn Văn Thoại là anh cả, kế tiếp là Nguyễn Thị Định (em gái) và Nguyễn Văn Ngoạt (em trai út). Theo Lê Duy Anh (''Kỷ yếu'', tr. 202), ông Thoại vào Nam năm [[1775]], tức lúc ấy ông 14 tuổi.</ref> chạy nạn vào [[Miền Nam (Việt Nam)|Nam]], cuối cùng định cư ở làng Thới Bình trên cù lao Dài, nằm giữ sông Bang Tra và [[sông Cổ Chiên]]; nay thuộc địa phận huyện [[Vũng Liêm]], tỉnh [[Vĩnh Long]].