Cuối đời, ông bị bệnh [[gan]], [[thận]] và [[tiểu đường]]. Tuy nhiên, ông vẫn cố gắng sáng tác những ca khúc mới trong những năm cuối đời mình.
Ông mất tại [[Thành phố Hồ Chí Minh]] vì bệnh tiểu đường lúc 12 giờ 45 ngày [[1 tháng 4]] năm 2001 (tức ngày 8 tháng 3 năm Tân TỵTị),<ref>Sách Trịnh Công Sơn Một người thơ ca Một cõi đi về trang 357</ref> hàng ngàn người đã đến viếng tang và "có thể nói, chưa có nhạc sĩ nào mất đi lại được công chúng thương tiếc như Trịnh Công Sơn".<ref>[http://giaitri.vnexpress.net/tin-tuc/gioi-sao/trong-nuoc/sai-gon-tien-dua-trinh-cong-son-ve-noi-cuoi-cung-1869512.html Sài Gòn tiễn đưa Trịnh Công Sơn về nơi cuối cùng] H.N, [[VnExpress]] 04/04/01 14:33 GMT+7</ref> Ông được an táng tại Nghĩa trang chùa Quảng Bình (phường Bình Chiểu - quận Thủ Đức). Từ đó hàng năm giới hâm mộ đều lấy ngày này làm ngày tưởng niệm.<ref>'''2002''': {{Chú thích thông cáo báo chí |
