Khác biệt giữa bản sửa đổi của “Giới thiệu về virus”

[[Tập tin:HIV-budding-Color_cropped.jpg|trái|nhỏ| Bản [[Kính hiển vi điện tử quét|quét vi điện tử]] virus HIV-1, có màu xanh lục, đang "nảy chồi" từ [[Bạch huyết bào|tế bào lympho]] ]]

Năm 1884, nhà vi sinh học người Pháp [[Charles Chamberland]] phát minh ra [[bộ lọc Chamberland]] (hay bộ lọc Chamberland–Pasteur), chứa những chiếc lỗ có kích cỡ còn nhỏ hơn cả [[vi khuẩn]] . Sau đó, ông đổ dung dịch chứa vi khuẩn qua bộ lọc này loại bỏ hoàn toàn vi khuẩn. Đầu những năm 1890, nhà sinh vật học người Nga [[Dmitriy Iosifovich Ivanovskiy|Dmitri Ivanovsky]] sử dụng phương pháp này để nghiên cứu về thứ mà hiện nay được biết với tên [[virus khảm thuốc lá]]. Thí nghiệm của ông cho thấy rằng dung dịch chiết xuất từ lá cây nghiền nát của cây thuốc lá bị nhiễm bệnh vẫn có khả năng lây nhiễm sau khi lọc. <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref>

Trong khoảng thời gian đó, một số nhà khoa học khác phát hiện ra rằng mặc dù các "tác nhân" này (sau này được gọi là virus) khác với vi khuẩn và nhỏ hơn vi khuẩn khoảng một trăm lần, nhưng chúng vẫn gây bệnh. Năm 1899, nhà vi sinh học người Hà Lan [[Martinus Beijerinck]] quan sát thấy rằng "tác nhân" chỉ nhân lên khi tế bào chủ diễn ra hiện tượng [[phân bào]]. Ông gọi nó là "mầm sống có thể hòa tan" (tiếng Latin: ''[[contagium vivum fluidum]]''), vì ông không thể tìm thấy bất kỳ hạt vi trùng nào.<ref>{{Harvard citation no brackets|Collier|Balows|Sussman|1998}}</ref> Đầu thế kỷ 20, [[Vi khuẩn học|nhà vi khuẩn học]] người Anh [[Frederick Twort]] phát hiện ra virus lây nhiễm vi khuẩn. <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref> Nhà vi sinh học người Canada gốc Pháp [[Félix d'Herelle]] mô tả rằng: khi thêm "tác nhân" này vào đĩa thạch nuôi cấy vi khuẩn thì sẽ có hiện tượng hình thành vùng vi khuẩn bị chết. Tính toán diện tích những vùng này cho phép ông tính được số lượng virus trong dung dịch ban đầu. <ref>{{Chú thích tạp chí|vauthors=D'Herelle F|year=2007|title=On an invisible microbe antagonistic toward dysenteric bacilli: brief note by Mr. F. D'Herelle, presented by Mr. Roux. 1917|journal=Research in Microbiology|volume=158|issue=7|pages=553–54|doi=10.1016/j.resmic.2007.07.005|pmid=17855060}}</ref>

Phát minh [[kính hiển vi điện tử]] năm 1931 mở ra cách cổng rộng lớn cho ngành vi sinh học, cho ra những bức hình đầu tiên về virus. <ref>From ''Nobel Lectures, Physics 1981–1990'', (1993) Editor-in-Charge Tore Frängsmyr, Editor Gösta Ekspång, World Scientific Publishing Co., Singapore</ref> Năm 1935, nhà hóa sinh học và [[virus học]] người Mỹ [[Wendell Meredith Stanley]] nghiên cứu virus khảm thuốc lá và thấy được virus chủ yếu được làm từ [[protein]] . <ref>{{Chú thích tạp chí|vauthors=Stanley WM, Loring HS|year=1936|title=The isolation of crystalline tobacco mosaic virus protein from diseased tomato plants|url=|journal=Science|volume=83|issue=2143|page=85|bibcode=1936Sci....83...85S|doi=10.1126/science.83.2143.85|pmid=17756690}}</ref> Một thời gian ngắn sau, virus được chứng minh cấu tạo từ protein và [[RNA]] . <ref>{{Chú thích tạp chí|vauthors=Stanley WM, Lauffer MA|year=1939|title=Disintegration of tobacco mosaic virus in urea solutions|journal=Science|volume=89|issue=2311|pages=345–47|bibcode=1939Sci....89..345S|doi=10.1126/science.89.2311.345|pmid=17788438}}</ref> Một vấn đề mà nhà khoa học ban đầu gặp phải là họ không biết cách nuôi cấy virus ngoài môi trường động vật sống. Năm 1931, các [[Bệnh lý học|nhà bệnh ký học]] người Mỹ [[ Ernest William Goodpasture |Ernest William Goodpasture]] và [[ Alice Miles Woodruff |Alice Miles Woodruff]] nuôi cấy [[Cúm|bệnh cúm]] và một số loại virus khác trong trứng của gà được thụ tinh. Đây là bước đột phá vì là lần đầu tiên virus được nuôi cấy ở ngoài cơ thể sống đã trưởng thành.<ref name="pmid17810781">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Goodpasture EW, Woodruff AM, Buddingh GJ|date=October 1931|title=The Cultivation Of Vaccine and other Viruses In The Chorioallantoic Membrane of Chick Embryos|journal=Science|volume=74|issue=1919|pages=371–72|bibcode=1931Sci....74..371G|doi=10.1126/science.74.1919.371|pmid=17810781}}</ref> Tuy vậy một số virus không thể phát triển trong trứng gà. Vấn đề này đã được giải quyết vào năm 1949, khi [[John Franklin Enders]], [[ Thomas Huckle |Thomas Huckle Weller]] và [[Frederick Chapman Robbins]] phát triển [[virus bại liệt]] bằng phương pháp nuôi cấy tế bào động vật sống. <ref name="pmid15470207">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Rosen FS|date=October 2004|title=Isolation of poliovirus – John Enders and the Nobel Prize|journal=N. Engl. J. Med.|volume=351|issue=15|pages=1481–83|doi=10.1056/NEJMp048202|pmid=15470207}}</ref> Hiện nay, hơn 4.800 loài virus đã được mô tả chi tiết . <ref name="pmid29754305">{{Chú thích tạp chí|vauthors=King AM, Lefkowitz EJ, Mushegian AR, Adams MJ, Dutilh BE, Gorbalenya AE, Harrach B, Harrison RL, Junglen S, Knowles NJ, Kropinski AM, Krupovic M, Kuhn JH, Nibert ML, Rubino L, Sabanadzovic S, Sanfaçon H, Siddell SG, Simmonds P, Varsani A, Zerbini FM, Davison AJ|date=September 2018|title=Changes to taxonomy and the International Code of Virus Classification and Nomenclature ratified by the International Committee Taxonomy of Viruses (2018)|url=https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-01977332/file/King2018_Article_ChangesToTaxonomyAndTheInterna.pdf|journal=Archives of Virology|volume=163|issue=9|pages=2601–31|doi=10.1007/s00705-018-3847-1|pmid=29754305}}</ref>

Chỗ nào có sự sống, chỗ đấy có virus. Virus có lẽ đã tồn tại kể từ khi các tế bào sống đầu tiên có khả năng phát triển. Nguồn gốc của chúng vẫn chưa rõ ràng vì virus không thể tồn tại dưới dạng [[hóa thạch]], vì vậy [[Sinh học phân tử|kỹ thuật sinh học phân tử]] là cách tốt nhất để đưa ra [[giả thuyết]] về sự phát sinh. Những kỹ thuật này dựa trên sự sẵn có của đoạn DNA hoặc RNA virus cổ đại, nhưng hầu hết virus bảo quản và lưu trữ trong phòng thí nghiệm đều ít hơn 90 năm tuổi. <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref> <ref>{{Harvard citation no brackets|Collier|Balows|Sussman|1998}}</ref> Như vậy các phương pháp sinh học phân tử chỉ thành công trong việc truy tìm nguồn gốc của virus phát triển trong thời gian từ thế kỷ 20. <ref name="pmid15476878">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Liu Y, Nickle DC, Shriner D, Jensen MA, Learn GH, Mittler JE, Mullins JI|date=November 2004|title=Molecular clock-like evolution of human immunodeficiency virus type 1|journal=Virology|volume=329|issue=1|pages=101–08|doi=10.1016/j.virol.2004.08.014|pmid=15476878}}</ref> Chủng virus mới liên tục xuất hiện ở tất cả các giai đoạn quá trình [[Tiến hóa|tiến hóa của sự sống]]. <ref name="NRM_Krupovic2019">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Krupovic M, Dooja W, Koonin EV|date=2019|title=Origin of viruses: primordial replicators recruiting capsids from hosts.|url=https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-02557191/file/Krupovic_NRMICRO-19-022_MS_v3_clean.pdf|journal=Nature Reviews Microbiology|volume=17|issue=7|pages=449–58|doi=10.1038/s41579-019-0205-6|pmid=31142823}}</ref> Có ba [[Lý thuyết khoa học|giả thuyết]] chính giải thích về nguồn gốc của virus: <ref>{{Harvard citation no brackets|Collier|Balows|Sussman|1998}}</ref>

: Giả thuyết này cho rằng virus có thể đã từng là những tế bào nhỏ [[ký sinh]] trên các tế bào lớn hơn. Trải qua thời gian, những gen không cần thiết cho sự ký sinh này mất đi. Vi khuẩn ''[[Rickettsia]]'' và ''[[Chlamydiae|Chlamydia]]'' là những tế bào sống và chỉ có thể sinh sản bên trong tế bào chủ (một đặc điểm giống như virus). Hiện tượng trên đã củng cố độ tin cậy đối với giả thuyết này: do quá phụ thuộc vào đời sống ký sinh, các đoạn gen từng cho phép chúng sống một mình sẽ dần dần bị biến mất. <ref>{{Harvard citation no brackets|Collier|Balows|Sussman|1998}}</ref>

: Theo giả thuyết này, một số virus có thể đã tiến hóa từ các mảnh DNA hoặc RNA "thoát ra" (''escaped'') khỏi bộ gen của sinh vật lớn hơn. DNA thoát ra có thể là từ những [[plasmid]] (những đoạn DNA trần mà có thể di chuyển giữa những tế bào) hoặc từ những [[transposon]] (những phân tử DNA mà nhân lên và di chuyển quanh những vị trí khác nhau bên trong bộ gen của tế bào). <ref>{{Harvard citation no brackets|Collier|Balows|Sussman|1998}}</ref>

: Virus có thể đã tiến hóa từ các phân tử protein và DNA phức tạp cùng lúc với tế bào sơ khai xuất hiện trên Trái Đất. Virus và tế bào sống có sự phụ thuộc lẫn nhau trong nhiều triệu năm. <ref name="Wessner">{{Chú thích tạp chí|last=Wessner DR|year=2010|title=The Origins of Viruses|url=|journal=Nature Education|volume=3|issue=9|page=37}}</ref>

Các giả thuyết nên trên đều có mặt hạn chế. '''Giả thuyết thoái hóa''' không đưa ra được lý do tại sao khi đối chiếu theo bất kỳ cách nào, ngay cả những ký sinh trùng nội bào nhỏ nhất cũng chẳng có cấu trúc giống với virus. '''Giả thuyết nguồn gốc từ tế bào''' không giải thích được tại sao virus có nhiều cấu trúc độc nhất nhưng những cấu trúc này không tồn tại trong tế bào. '''Giả thuyết đồng tiến hóa''' mâu thuẫn với định nghĩa về virus, vì virus luôn phụ thuộc vào tế bào chủ. <ref name="Wessner">{{Chú thích tạp chí|last=Wessner DR|year=2010|title=The Origins of Viruses|url=|journal=Nature Education|volume=3|issue=9|page=37}}</ref> <ref name="Nasir">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Nasir A, Kim KM, Caetano-Anollés G|year=2012|title=Viral evolution: Primordial cellular origins and late adaptation to parasitism|journal=Mobile Genetic Elements|volume=2|issue=5|pages=247–52|doi=10.4161/mge.22797|pmc=3575434|pmid=23550145}}</ref> Ngoài ra, virus được công nhận có từ thời cổ đại và có nguồn gốc từ trước khi sự sống phân chia thành [[hệ thống ba vực]]. Khám phá này đã khiến các nhà virus học hiện đại xem xét và đánh giá lại ba giả thuyết cổ điển trên. <ref name="NRM_Krupovic2019">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Krupovic M, Dooja W, Koonin EV|date=2019|title=Origin of viruses: primordial replicators recruiting capsids from hosts.|url=https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-02557191/file/Krupovic_NRMICRO-19-022_MS_v3_clean.pdf|journal=Nature Reviews Microbiology|volume=17|issue=7|pages=449–58|doi=10.1038/s41579-019-0205-6|pmid=31142823}}</ref> <ref name="Mahy Gen 28">{{Vcite book|title=Desk Encyclopedia of General Virology|isbn=0-12-375146-2}}</ref>

[[Virus|Virion]] là một hạt virus có câu trúc hoàn chỉnh. Bộ gen virus là sợi acid nucleic (DNA hoặc RNA), được bao quanh là một lớp vỏ protein bảo vệ tên là [[Vỏ bọc|capsid]].<ref name="Topley-and-Wilson33-55">{{Harvard citation no brackets|Collier|Balows|Sussman|1998}}</ref> Capsid được tạo thành từ nhiều phân tử protein nhỏ hơn, giống hệt nhau tên là [[capsomere]]. Sự sắp xếp capsomere theo hình dạng nhất định: [[nhị thập diện]] (20 mặt), [[Xoắn ốc helix|xoắn ốc]] hoặc hình thù phức tạp hơn. Một lớp vỏ bên trong, bọc xung quanh acid nucleic được gọi là [[Vỏ bọc|nucleocapsid]], có bản chất là protein. Một số virus còn được bao bọc bởi lớp [[lipid]] (chất béo) được gọi là [[Màng bọc virus|màng bọc]] (envelop), dễ bị phá hủy bởi xà phòng và rượu. <ref name="pmid11759024">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Rotter ML|date=August 2001|title=Arguments for alcoholic hand disinfection|url=|journal=The Journal of Hospital Infection|volume=48 Suppl A|issue=|pages=S4–S8|doi=10.1016/s0195-6701(01)90004-0|pmid=11759024}}</ref>

Virus là một trong những tác nhân lây bệnh nhỏ nhất. Chúng quá nhỏ đến nỗi chỉ có thể được nhìn thấy bằng [[kính hiển vi điện tử]]. Kích thước dao động từ 20 đến 300 &nbsp; [[Nanômét|nanomet]]. Để dễ hình dung, phải xếp 30.000 đến 500.000 virus cạnh nhau thì mới tạo ra chuỗi kéo dài {{Convert|1|cm|1}}. <ref name="Topley-and-Wilson33-55">{{Harvard citation no brackets|Collier|Balows|Sussman|1998}}</ref> Trong khi đó đường kính vi khuẩn khoảng 1000 nanomet (1 micromet); đường kinh tế bào chủ sinh vật bậc cao thì khoảng vài chục [[Micrômét|micromet]] . Một số virus như [[Megavirus chilensis|megavirus]] và [[pandoravirus]] là những virus tương đối lớn, kích cỡ hoảng 1000 nanomet. Đây là những virus sống ký sinh trong [[amip]], lần lượt được phát hiện vào năm 2003 và 2013. <ref>{{Chú thích tạp chí|vauthors=Abergel C, Legendre M, Claverie JM|date=November 2015|title=The rapidly expanding universe of giant viruses: Mimivirus, Pandoravirus, Pithovirus and Mollivirus|journal=FEMS Microbiol. Rev.|volume=39|issue=6|pages=779–96|doi=10.1093/femsre/fuv037|pmid=26391910}}</ref> <ref>{{Chú thích tạp chí|vauthors=Philippe N, Legendre M, Doutre G, Couté Y, Poirot O, Lescot M, Arslan D, Seltzer V, Bertaux L, Bruley C, Garin J, Claverie JM, Abergel C|date=July 2013|title=Pandoraviruses: amoeba viruses with genomes up to 2.5 Mb reaching that of parasitic eukaryotes|url=https://hal-cea.archives-ouvertes.fr/cea-00862677/file/phi.pdf|journal=Science|volume=341|issue=6143|pages=281–86|bibcode=2013Sci...341..281P|doi=10.1126/science.1239181|pmid=23869018}}</ref> Hai loài virus trên có đường kính gấp khoảng mười lần (và do đó có thể tích lớn hơn hàng nghìn lần) so với [[Orthomyxoviridae|virus cúm]] và việc phát hiện ra những virus "khổng lồ" này đã khiến các nhà khoa học kinh ngạc. <ref name="Zimmer">{{Chú thích báo|url=https://www.nytimes.com/2013/07/18/science/changing-view-on-viruses-not-so-small-after-all.html|title=Changing View on Viruses: Not So Small After All|last=Zimmer C|date=18 July 2013|work=The New York Times|access-date=20 December 2014}}</ref>

Bộ gen của virus là các sợi DNA (acid deoxyribonucleic) và, trong nhiều loại virus còn dưới dạng RNA (acid ribonucleic). Thông tin sinh học được [[Mã di truyền|mã hóa]] trong DNA hoặc RNA của nó. Các sinh vật bậc thấp và bậc cao đều sử dụng DNA làm mã di truyền, nhưng [[Virus RNA|nhiều loại virus]] có lõi RNA. Bộ gen virus là một chuỗi đơn hoặc một chuỗi xoắn kép. <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref>

Virus có khả năng sinh sản nhanh chóng vì có tương đối ít gen. Ví dụ, virus cúm chỉ có 8 gen và [[Virus rota|rotavirus]] có 11 gen, trong khi đó con người có 20.000–25.000. Một số bộ gen virus chứa mã di truyền quy định các protein cấu trúc tạo thành hạt virus. Gen tạo ra protein phi cấu trúc chỉ được tìm thấy trong tế bào mà virus lây nhiễm. <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref> <ref>{{Chú thích tạp chí|last=International Human|first=Genome Sequencing Consortium|year=2004|title=Finishing the euchromatic sequence of the human genome|journal=Nature|volume=431|issue=7011|pages=931–45|bibcode=2004Natur.431..931H|doi=10.1038/nature03001|pmid=15496913}}</ref>

Tất cả các tế bào và nhiều loại virus tạo ra [[Enzym|enzyme]], một loại protein có chức năng xúc tác, điều khiển các phản ứng hóa học. Enzyme [[DNA polymerase]] và [[RNA polymerase]] điều khiển quá trình tạo ra các bản sao mới của DNA và RNA. Các enzyme polymerase của virus tạo ra DNA và RNA với tốc độ nhanh hơn nhiều so với các enzyme của tế bào chủ, <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref> nhưng enzyme RNA polymerase của virus rất dễ gặp lỗi khi sao chép, khiến virus RNA nhanh chóng đột biến và hình thành các chủng mới. <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref>

Ở một số loài virus RNA, các gen không nằm trên một phân tử RNA liên tục mà được tách ra riêng rẽ. Ví dụ, virus cúm có 8 gen riêng biệt được tạo thành từ RNA. Khi hai chủng virus cúm khác nhau lây nhiễm vào cùng một tế bào, các gen này trộn lẫn, sắp xếp lại và tạo ra nhiều chủng virus mới trong một quy trình gọi là [[tái sắp xếp]] . <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref>

[[Tập tin:Cell_with_Virus.png|nhỏ| Sơ đồ của một tế bào [[Sinh vật nhân thực|nhân chuẩn]] điển hình. Các [[bào quan]] được chú thích trong hình: (1) [[nhân con]] (2) [[Nhân tế bào|nhân]] (3) [[ribosome]] (4) [[Túi (sinh học và hóa học)|túi]] (5) [[mạng lưới nội chất]] hạt (ER) (6) [[Bộ máy Golgi|bộ Golgi]] (7) [[bộ xương tế bào]] (8) [[mạng lưới nội chất]] nhẵn (10) [[ty thể]] (10) [[không bào]] 11) [[tế bào chất]] (12) [[Tiêu thể|lysosome]] - tiêu thể (13) [[trung tử]] trong [[trung thể]] (14) kích thước virus so sánh gần đúng với kích thước tế bào ]]

Protein rất cần thiết cho sự sống. Tế bào tạo ra phân tử protein mới từ các đơn phân [[Axit amin|acid amin]] dựa trên thông tin mã hóa trong chuỗi DNA. Mỗi loại protein thường chỉ thực hiện một chức năng đặc hiệu, vì vậy nếu một tế bào cần thực hiện một chức năng mới thì phải tạo ra một loại protein mới hoàn toàn. Chính vì lẽ đó một khi tế bào bị xâm nhập, virus sẽ ép buộc tế bào tạo ra các protein mới mà tế bào không cần, nhưng phục vụ qua quá trình sao chép virus. [[Sinh tổng hợp protein]] trải hai bước chính: [[phiên mã]] và [[dịch mã]] . <ref name="pmid25648499">{{Chú thích tạp chí|vauthors=de Klerk E, 't Hoen PA|date=March 2015|title=Alternative mRNA transcription, processing, and translation: insights from RNA sequencing|url=|journal=Trends in Genetics|volume=31|issue=3|pages=128–39|doi=10.1016/j.tig.2015.01.001|pmid=25648499}}</ref>

Phiên mã là quá trình sử dụng thông tin trong chuỗi DNA (được gọi là [[mã di truyền]]) để tạo ra các bản sao RNA được gọi là [[ARN thông tin|RNA thông tin]] (mRNA). chuỗi mRNA ra khỏi nhân và đi đến [[ribosome]], thực hiện quá trình dịch mã để tạo protein. Do vậy cấu trúc và trình tự acid amin của protein được chuỗi mRNA quy định. Như vậy thông qua phiên mã và dịch mã, thông tin từ "ngôn ngữ" acid nucleic chuyển sang "ngôn ngữ" của acid amin. <ref name="pmid25648499">{{Chú thích tạp chí|vauthors=de Klerk E, 't Hoen PA|date=March 2015|title=Alternative mRNA transcription, processing, and translation: insights from RNA sequencing|url=|journal=Trends in Genetics|volume=31|issue=3|pages=128–39|doi=10.1016/j.tig.2015.01.001|pmid=25648499}}</ref>

Một số acid nucleic của virus RNA hoạt động trực tiếp với tư cách như là mRNA mà không cần biến đổi gì thêm. Vì lý do đó, những virus này được gọi là ''virus RNA dương tính''. <ref>{{Harvard citation no brackets|Collier|Balows|Sussman|1998}}</ref> Ở một số virus RNA khác, virus cần tạo ra thêm bản sao RNA bổ sung của mRNA, từ đó dựa vào enzyme tế bào hoặc của chính virus để tạo ra mRNA có thể phiên mã. Chúng được gọi là ''virus RNA âm tính''. Đôi với các virus DNA, việc phiên mã trở thành mRNA khá giống hoạt động sinh trưởng tế bào. Tuy nhiên, [[retrovirus]] có cách thức hoạt động hoàn toàn khác: virus có RNA, nhưng bên trong tế bào chủ, một bản sao DNA của RNA được tạo ra với sự trợ giúp của [[enzyme phiên mã ngược]]. DNA này sau đó hòa vào DNA của chính vật chủ, và được phiên mã vào mRNA theo quá trình sinh trưởng thông thường của tế bào. <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref>

Khi virus xâm nhập vào tế bào, virus sẽ nhân lên thành hàng nghìn virus mới. Để sinh sản, virus ép buộc tế bào vật chủ sao chép DNA hoặc RNA của virus, tạo ra protein của virus, sau đó lắp ráp tạo thành nhiều hạt virus mới. <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref>

* '''Giải phóng''' xảy ra khi virus được giải phóng khỏi tế bào. Phần lớn trường hợp, tế bào sẽ bị vỡ ra ([[ly giải]]) . Một số virus như HIV giải phóng một cách nhẹ nhàng hơn nhờ quá trình [[Nảy chồi (virus)|nảy chồi]].

Virus gây nên một loạt các hiệu ứng cấu trúc và hóa sinh lên tế bào chủ, <ref>{{Harvard citation no brackets|Collier|Balows|Sussman|1998}}</ref> được gọi là ''[[hiệu quả gây bệnh cho tế bào]]'' (''cytopathic ẹffect - CPE''). <ref>{{Harvard citation no brackets|Collier|Balows|Sussman|1998}}</ref>{{Sfn|Bộ Y Tế|2007|p=65-66}} Hầu hết các trường hợp nhiễm virus đều khiến tế bào chủ bị chết, nguyên nhân là dó sự ly giải tế bào (tế bào vỡ), thay đổi màng tế bào và thay đổi chương trình [[chết rụng tế bào]] (tế bào "tự sát"). <ref name="pmid28846635">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Okamoto T, Suzuki T, Kusakabe S, Tokunaga M, Hirano J, Miyata Y, Matsuura Y|year=2017|title=Regulation of Apoptosis during Flavivirus Infection|journal=Viruses|volume=9|issue=9|pages=243|doi=10.3390/v9090243|pmc=5618009|pmid=28846635}}</ref> Thông thường tế bào chết là do protein do virus tạo ra làm rối loạn hoạt động tế bào. <ref name="pmid18637511">{{Chú thích sách|title=Modulation of host cell stress responses by human cytomegalovirus|vauthors=Alwine JC|date=2008|work=Curr. Top. Microbiol. Immunol.|isbn=978-3-540-77348-1|series=Current Topics in Microbiology and Immunology|volume=325|pages=263–79|doi=10.1007/978-3-540-77349-8_15|pmid=18637511|issue=}}</ref>

Một số virus không gây ra sự thay đổi đáng kể đối với tế bào bị nhiễm bệnh. Các tế bào nhiễm [[virus tiềm ẩn]] (virus không hoạt động) có rất ít biểu hiện bị nhiễm trùng và hoạt động vẫn bình thường, gây nên các triệu chứng nhiễm trùng dai dẳng.<ref name="pmid18164651">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Sinclair J|date=March 2008|title=Human cytomegalovirus: Latency and reactivation in the myeloid lineage|journal=J. Clin. Virol.|volume=41|issue=3|pages=180–85|doi=10.1016/j.jcv.2007.11.014|pmid=18164651}}</ref> [[Herpes đơn dạng|Virus herpes]] là một ví dụ. <ref name="pmid6326635">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Jordan MC, Jordan GW, Stevens JG, Miller G|date=June 1984|title=Latent herpesviruses of humans|journal=Ann. Intern. Med.|volume=100|issue=6|pages=866–80|doi=10.7326/0003-4819-100-6-866|pmid=6326635}}</ref> <ref name="pmid12076064">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Sissons JG, Bain M, Wills MR|date=February 2002|title=Latency and reactivation of human cytomegalovirus|url=http://pdfs.semanticscholar.org/3c8d/108edcd6f47eed7dd3d2c15ba9ad72d6894d.pdf|journal=J. Infect.|volume=44|issue=2|pages=73–77|doi=10.1053/jinf.2001.0948|pmid=12076064}}</ref>

Một số virus (ví dụ: virus [[Virus Epstein–Barr|Epstein-Barr]]) thường khiến tế bào tăng sinh mà không gây ra [[bệnh ác tính]] ; <ref name="pmid18035323">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Barozzi P, Potenza L, Riva G, Vallerini D, Quadrelli C, Bosco R, Forghieri F, Torelli G, Luppi M|date=December 2007|title=B cells and herpesviruses: a model of lymphoproliferation|journal=Autoimmun Rev|volume=7|issue=2|pages=132–36|doi=10.1016/j.autrev.2007.02.018|pmid=18035323}}</ref> nhưng một số loại virus khác (chẳng hạn như [[Papillomaviridae|papillomavirus]]) là nguyên nhân gây bệnh ung thư.<ref name="pmid28798073">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Graham SV|year=2017|title=The human papillomavirus replication cycle, and its links to cancer progression: a comprehensive review|journal=Clinical Science|volume=131|issue=17|pages=2201–21|doi=10.1042/CS20160786|pmid=28798073}}</ref> Khi DNA của tế bào chủ bị tổn thương khiến tế bào không thể tự sửa chữa, gây ra hiện tượng chết rụng tế bào. Một trong những kết quả của chết rụng tế bào là sự tự phá hủy DNA tổn thương. Một số virus có cơ chế hạn chế chết rụng tế bào để tế bào vật chủ không chết trước giai đoạn tổng hợp virus, ví dụ như [[HIV]]. <ref name="pmid10547702">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Roulston A, Marcellus RC, Branton PE|date=1999|title=Viruses and apoptosis|journal=Annu. Rev. Microbiol.|volume=53|issue=|pages=577–628|doi=10.1146/annurev.micro.53.1.577|pmid=10547702}}</ref>

Có nhiều cách để virus lây lan từ vật chủ này sang vật chủ kia. Nhiều loại virus gây bệnh cho thực vật được một số [[sinh vật]] mang theo và reo rắc mầm bệnh; những sinh vật như vậy được gọi là [[Vật trung gian truyền bệnh|vector]] (vật chủ trung gian truyền bệnh). Một số virus lây nhiễm cho động vật, con người, cũng có hình thức lây lan qua vectơ (thường là côn trùng hút máu), nhưng hình thức lây truyền trực tiếp phổ biến hơn. Một số bệnh nhiễm virus chẳng hạn như [[norovirus]] và [[Virus rota|rotavirus]] lây lan qua thực phẩm bẩn, nước bị ô nhiễm, qua tay, vật dùng chung, và qua tiếp xúc gần với người bị nhiễm bệnh khác. Một số virus lây truyền qua không khí (virus cúm). Các loại virus như HIV, [[Viêm gan siêu vi B|viêm gan B]] và [[Viêm gan siêu vi C|viêm gan C]] thường lây truyền qua quan hệ tình dục không an toàn hoặc [[kim tiêm dưới da]] dùng đi dùng lại nhiều lần. Để ngăn ngừa nhiễm trùng và bệnh tật, yếu tố tiên quyết là phải biết hình thức lây truyền của mỗi loại virus. <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref>

Một số bệnh thông thường ở người do virus gây ra gồm [[cảm lạnh]], [[cúm]], [[thủy đậu]] và [[mụn rộp]]. Các bệnh nghiêm trọng như [[Bệnh do virus Ebola|Ebola]] và [[HIV/AIDS|AIDS]] cũng do virus gây ra. <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref> Cũng có nhiều loại virus gây ra ít hoặc không có bệnh, được gọi là virus "lành tính". Đối với virus gây hại thì được mô tả bằng thuật ngữ [[Độc lực (vi sinh học)|độc]] lực . <ref>{{Chú thích tạp chí|vauthors=Berngruber TW, Froissart R, Choisy M, Gandon S|year=2013|title=Evolution of Virulence in Emerging Epidemics|journal=PLOS Pathogens|volume=9(3): e1003209|issue=3|pages=e1003209|doi=10.1371/journal.ppat.1003209|pmc=3597519|pmid=23516359}}</ref> Virus gây ra các bệnh khác nhau tùy thuộc vào loại tế bào mà chúng lây nhiễm. Một số virus có thể gây nhiễm trùng suốt đời, gây [[bệnh mạn tính]], tức là virus luôn sinh sản trong cơ thể dù đã có cơ chế phòng vệ của vật chủ. <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref> Đây là hiện tượng phổ biến khi nhiễm virus viêm gan B, viêm gan C. Những người bị nhiễm virus mạn tính gọi là người mang mầm bệnh, là ổ chứa virus. <ref name="pmid31364248">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Tanaka J, Akita T, Ko K, Miura Y, Satake M|date=September 2019|title=Countermeasures against viral hepatitis B and C in Japan: An epidemiological point of view|url=|journal=Hepatology Research|volume=49|issue=9|pages=990–1002|doi=10.1111/hepr.13417|pmc=6852166|pmid=31364248}}</ref> <ref name="pmid32173241">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Lai CC, Liu YH, Wang CY, Wang YH, Hsueh SC, Yen MY, Ko WC, Hsueh PR|date=March 2020|title=Asymptomatic carrier state, acute respiratory disease, and pneumonia due to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2): Facts and myths|url=|journal=Journal of Microbiology, Immunology, and Infection = Wei Mian Yu Gan Ran Za Zhi|volume=53|issue=3|pages=404–412|doi=10.1016/j.jmii.2020.02.012|pmc=7128959|pmid=32173241}}</ref>

==== Bệnh địa phương ====

Nếu tỷ lệ người mang mầm bệnh trong một dân số nhất định đạt đến một ngưỡng nhất định, căn bệnh đó trở thành [[bệnh địa phương]] . <ref>{{Harvard citation no brackets|Collier|Balows|Sussman|1998}}</ref> Ở các nước có khí hậu ôn hòa, các bệnh do virus thường diễn biến theo mùa. [[Bại liệt|Viêm đa cơ]] do [[poliovirus]] (virus bại liệt) thường xảy ra trong những tháng mùa hè. <ref name="pmid29961515">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Strand LK|date=July 2018|title=The Terrible Summer of 1952 … When Polio Struck Our Family|url=|journal=Seminars in Pediatric Neurology|volume=26|issue=|pages=39–44|doi=10.1016/j.spen.2017.04.001|pmid=29961515}}</ref> Ngược lại, cảm lạnh, nhiễm cúm và rotavirus thường hay gặp vào mùa đông. <ref name="pmid22958213">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Moorthy M, Castronovo D, Abraham A, Bhattacharyya S, Gradus S, Gorski J, Naumov YN, Fefferman NH, Naumova EN|date=October 2012|title=Deviations in influenza seasonality: odd coincidence or obscure consequence?|url=|journal=Clinical Microbiology and Infection|volume=18|issue=10|pages=955–62|doi=10.1111/j.1469-0691.2012.03959.x|pmc=3442949|pmid=22958213}}</ref> <ref name="pmid25777068">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Barril PA, Fumian TM, Prez VE, Gil PI, Martínez LC, Giordano MO, Masachessi G, Isa MB, Ferreyra LJ, Ré VE, Miagostovich M, Pavan JV, Nates SV|date=April 2015|title=Rotavirus seasonality in urban sewage from Argentina: effect of meteorological variables on the viral load and the genetic diversity|url=|journal=Environmental Research|volume=138|issue=|pages=409–15|bibcode=2015ER....138..409B|doi=10.1016/j.envres.2015.03.004|pmid=25777068}}</ref> Các loại virus khác, chẳng hạn như virus sởi, gây ra dịch bệnh cứ 3 năm một lần. <ref name="pmid25444814">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Durrheim DN, Crowcroft NS, Strebel PM|date=December 2014|title=Measles – The epidemiology of elimination|url=|journal=Vaccine|volume=32|issue=51|pages=6880–83|doi=10.1016/j.vaccine.2014.10.061|pmid=25444814}}</ref> Ở các nước đang phát triển, virus gây nhiễm trùng đường hô hấp và đường ruột khá thường gặp. Virus có vector côn trùng là nguyên nhân phổ biến gây bệnh ở những nơi này. Ví dụ, virus [[Sốt Zika|Zika]] và [[Virus Dengue|virus sốt xuất huyết]] ký sinh trong muỗi cái Aedes. Muỗi này đốt người và gây nên dịch, đặc biệt trong mùa sinh sản của muỗi. <ref name="pmid32103776">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Mbanzulu KM, Mboera LE, Luzolo FK, Wumba R, Misinzo G, Kimera SI|date=February 2020|title=Mosquito-borne viral diseases in the Democratic Republic of the Congo: a review|url=|journal=Parasites & Vectors|volume=13|issue=1|pages=103|doi=10.1186/s13071-020-3985-7|pmc=7045448|pmid=32103776}}</ref>

[[Tập tin:SIV_primates.jpg|phải|nhỏ|400x400px| Trái sang phải: ''[[Chlorocebus]]'', ổ chưa [[SIV]]; [[khỉ xồm bồ hóng]], ổ chứa HIV-2; và [[tinh tinh thông thường]], ổ chứa HIV-1 ]]

Mặc dù [[đại dịch]] do virus gây nên khá là hiếm gặp, tuy nhiên HIV tiến hóa từ virus tìm thấy ở khỉ và tinh tinh trở thành đại dịch kể từ những năm 1980. <ref name="pmid29460740">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Eisinger RW, Fauci AS|date=March 2018|title=Ending the HIV/AIDS Pandemic1|url=|journal=Emerging Infectious Diseases|volume=24|issue=3|pages=413–16|doi=10.3201/eid2403.171797|pmc=5823353|pmid=29460740}}</ref> Trong thế kỷ 20, có 4 đại dịch do virus cúm gây ra, nghiêm trọng nhất vào các năm 1918, 1957 và 1968. <ref name="pmid30180422">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Qin Y, Zhao MJ, Tan YY, Li XQ, Zheng JD, Peng ZB, Feng LZ|date=August 2018|title=[History of influenza pandemics in China during the past century]|url=|journal=Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi = Zhonghua Liuxingbingxue Zazhi|language=Chinese|volume=39|issue=8|pages=1028–31|doi=10.3760/cma.j.issn.0254-6450.2018.08.003|pmid=30180422}}</ref> Trước khi xóa sổ, bệnh đậu mùa đeo đẳng loài người, gây nên đại dịch trong hơn 3000 năm. <ref name="pmid26060873">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Nishiyama Y, Matsukuma S, Matsumura T, Kanatani Y, Saito T|date=April 2015|title=Preparedness for a smallpox pandemic in Japan: public health perspectives|url=|journal=Disaster Medicine and Public Health Preparedness|volume=9|issue=2|pages=220–23|doi=10.1017/dmp.2014.157|pmid=26060873}}</ref> Trong suốt chiều dài lịch sử, quá trình di cư của con người đã hỗ trợ sự lây lan của đại dịch qua đường biển đường hàng không. <ref name="pmid30878442">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Houghton F|date=2019|title=Geography, global pandemics & air travel: Faster, fuller, further & more frequent|url=|journal=Journal of Infection and Public Health|volume=12|issue=3|pages=448–49|doi=10.1016/j.jiph.2019.02.020|pmc=7129534|pmid=30878442}}</ref>

Ngoại trừ bệnh đậu mùa, hầu hết các đại dịch đều do virus mới tiến hóa gây nên. Những virus [[Virus mới nổi|"mới nổi"]] này thường là chủng đột biến của những virus ít gây hại hơn vốn đã lưu hành trước đó ở người hoặc động vật. <ref>{{Chú thích web|url=https://virologyj.biomedcentral.com/articles/sections/emerging-viruses|tựa đề=Virology Journal|website=Virology Journal}}</ref>

[[Hội chứng hô hấp cấp tính nặng]] (SARS) và [[hội chứng hô hấp Trung Đông]] (MERS) là do các chủng mới của [[coronavirus]]. Các loại coronavirus khác chỉ gây nhiễm trùng nhẹ ở người. <ref name="pmid22094080">{{Chú thích sách|title=Coronavirus pathogenesis|vauthors=Weiss SR, Leibowitz JL|year=2011|isbn=978-0-12-385885-6|series=Advances in Virus Research|volume=81|pages=85–164|doi=10.1016/B978-0-12-385885-6.00009-2|pmc=7149603|pmid=22094080}}</ref> Độc lực và sự lây lan nhanh chóng của SARS đã gây ra khoảng 8000 ca dương tính, 800 ca tử vong (cho đến tháng 7 năm 2003). <ref name="pmid28475794">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Wong AT, Chen H, Liu SH, Hsu EK, Luk KS, Lai CK, Chan RF, Tsang OT, Choi KW, Kwan YW, Tong AY, Cheng VC, Tsang DC|date=May 2017|title=From SARS to Avian Influenza Preparedness in Hong Kong|url=|journal=Clinical Infectious Diseases|volume=64|issue=suppl_2|pages=S98–S104|doi=10.1093/cid/cix123|pmid=28475794}}</ref>

Một loại coronavirus xuất hiện ở [[Vũ Hán]], Trung Quốc vào tháng 11 năm 2019. Chủng này lây lan nhanh chóng trên khắp thế giới. Chủng [[SARS-CoV-2|coronavirus gây hội chứng hô hấp cấp tính nặng 2]] (SARS-CoV-2) được cho là có nguồn gốc từ dơi, gây ra căn bệnh có tên [[Bệnh virus corona 2019|COVID-19]], gây mức độ nhẹ đến chết,<ref name="WHOReport24Feb20202">{{cite report|title=Report of the WHO-China Joint Mission on Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)|date=16–24 February 2020|url=https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/who-china-joint-mission-on-covid-19-final-report.pdf|publisher=[[World Health Organization]] (WHO)|access-date=21 March 2020}}</ref> và gây nên [[Đại dịch COVID-19|đại dịch vào năm 2020]].<ref name="pmid32143502">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Ashour HM, Elkhatib WF, Rahman MM, Elshabrawy HA |title=Insights into the Recent 2019 Novel Coronavirus (SARS-CoV-2) in Light of Past Human Coronavirus Outbreaks |journal=Pathogens (Basel, Switzerland) |volume=9 |issue=3 |pages= 186|date=March 2020 |pmid=32143502 |doi=10.3390/pathogens9030186 |pmc=7157630 |url=}}</ref><ref name="pmid32093211">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Deng SQ, Peng HJ|date=February 2020|title=Characteristics of and Public Health Responses to the Coronavirus Disease 2019 Outbreak in China|url=|journal=Journal of Clinical Medicine|volume=9|issue=2|pages=575|doi=10.3390/jcm9020575|pmc=7074453|pmid=32093211}}</ref><ref name="pmid32109444">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Han Q, Lin Q, Jin S, You L|date=February 2020|title=Coronavirus 2019-nCoV: A brief perspective from the front line|url=|journal=The Journal of Infection|volume=80|issue=4|pages=373–77|doi=10.1016/j.jinf.2020.02.010|pmc=7102581|pmid=32109444}}</ref> Những hạn chế đối với du lịch quốc tế được áp đặt, hiện tượng chưa từng có tiền lệ trong thời bình. <ref>{{Chú thích báo|url=https://www.nytimes.com/article/coronavirus-travel-restrictions.html|title=Coronavirus Travel Restrictions, Across the Globe|last=Londoño E, Ortiz A|date=16 March 2020|via=NYTimes.com}}</ref> Các [[lệnh giới nghiêm]], lệnh [[Cách ly xã hội (dịch bệnh)|cách ly xã hội]] có hiệu lực ở nhiều thành phố lớn trên toàn thế giới. <ref>{{Chú thích web|url=http://www.cidrap.umn.edu/news-perspective/2020/03/us-takes-more-big-pandemic-response-steps-europe-covid-19-cases-soar|tựa đề=US takes more big pandemic response steps; Europe COVID-19 cases soar|website=CIDRAP}}</ref>

[[Tập tin:Pepper_mild_mottle_virus.png|nhỏ|125x125px| [[Chi Ớt|Ớt]] bị nhiễm virus đốm lá ]]

Có nhiều loại [[virus thực vật]], nhưng thường chỉ làm giảm [[Hoa lợi|năng suất]]. Virus thực vật thường lây lan từ cây này sang cây khác bởi các sinh vật gọi là "[[Vật trung gian truyền bệnh|vector]]". Vector lây truyền là côn trùng bình thường, nhưng cũng có thể là [[nấm]], [[Ngành Giun tròn|giun tròn]] và [[Động vật nguyên sinh|sinh vật đơn bào]]. Khi kiểm soát nhiễm virus thực vật, cần tập trung vào việc tiêu diệt các vector và loại bỏ các vật chủ thay thế, chẳng hạn như cỏ dại. <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref> Virus thực vật vô hại với con người và động vật vì chúng chỉ có thể sinh sản và tổng hợp trong tế bào thực vật còn sống. <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref>

[[Tập tin:PhageExterior.svg|nhỏ| Cấu trúc của một thể thực khuẩn điển hình ]]

Thể thực khuẩn (''Bacteriophage'') là vi rút ký sinh trong vi khuẩn và [[vi khuẩn cổ]] . <ref>{{Vcite book|isbn=978-0-12-375146-1}}</ref> Thể thực khuẩn rất quan trọng trong [[hệ sinh thái biển]] : chúng lây nhiễm và tiêu diệt vi khuẩn trong các cộng đồng vi sinh dưới nước, làm nên cơ chế quan trọng nhất trong [[Chu trình cacbon|sự tái chế carbon]] ở môi trường đại dương. Những phân tử hữu cơ được giải phóng ra khỏi tế bào vi khuẩn sẽ kích thích sự phát triển mới của vi khuẩn và [[tảo]].<ref>Shors tr. 593</ref> Thể thực khuẩn rất hữu ích trong nghiên cứu khoa học vì chúng vô hại với con người và nghiên cứu dễ dàng. Một số bệnh nhiễm trùng do vi khuẩn ngày càng trở nên khó kiểm soát do sự [[Kháng thuốc kháng sinh|kháng kháng sinh]], do đó xu hướng nghiên cứu mới là sử dụng thể thực khuẩn để điều trị nhiễm khuẩn ở người. <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref>

Người và động vật có nhiều "hệ thống phòng thủ" tự nhiên chống lại virus. Một số "hệ thống" không đặc hiệu, giúp chống lại nhiều loại virus. Khả năng miễn dịch bẩm sinh này không được cải thiện khi tiếp xúc nhiều lần với virus và không được lưu giữ trong "trí nhớ miễn dịch". Da của động vật, đặc biệt là lớp biểu bì, được cấu tạo từ lớp tế bào chết ngăn chặn nhiều loại virus lây nhiễm vào vật chủ. Tính axit của dịch dạ dày phá hủy nhiều loại virus nếu vật chủ nuốt phải. Khi virus vượt qua các hàng rào này và xâm nhập vào vật chủ, các biện pháp phòng vệ bẩm sinh khác sẽ ngăn chặn sự lây lan của nhiễm trùng trong cơ thể. Một loại hormone đặc biệt gọi là [[interferon]] được cơ thể sản xuất khi có virus, ngăn chặn virus sinh sản bằng cách tiêu diệt các tế bào bị nhiễm bệnh và mô xung quanh. Bên trong tế bào có enzyme phá hủy RNA của virus. Hiện tượng này được gọi là [[Can thiệp ARN|can thiệp RNA]] . Một số tế bào máu còn có khả năng [[Thực bào|"ăn"]] và tiêu diệt tế bào bị nhiễm virus. <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref>

[[Tập tin:Rotavirus_with_antibody.jpg|trái|nhỏ| Hai hạt rotavirus: hạt virus bên phải khoác trên mình lớp áo chứa kháng thể nhằm ngăn chặn sự gắn kết với các tế bào và lây nhiễm ]]

Miễn dịch đặc hiện đối với virus phát triển theo thời gian trưởng thành và tế bào [[Bạch huyết bào|bạch cầu]], đặc biệt là [[Bạch huyết bào|tế bào lympho]] đóng vai trò trung tâm. Tế bào lympho giữ lại một "trí nhớ" về lịch sử nhiễm virus, tạo ra nhiều phân tử đặc biệt gọi là [[kháng thể]] . Những kháng thể này gắn vào virus và ngăn chặn virus lây nhiễm vào tế bào. Kháng thể có tính chọn lọc cao và chỉ tấn công một loại virus. Cơ thể tạo ra nhiều kháng thể khác nhau, đặc biệt là trong giai đoạn nhiễm trùng ban đầu. Sau khi tình trạng nhiễm trùng giảm, một số kháng thể vẫn còn tồn tại và tiếp tục được sản xuất, thường mang lại cho vật chủ khả năng miễn dịch suốt đời đối với chủng virus đó. <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref>

Thực vật có cơ chế bảo vệ hiệu quả chống lại virus. Một trong những tính hiệu quả nhất là sự hiện diện của gen được gọi là gen kháng (R) . Mỗi gen R có khả năng kháng một loại virus cụ thể bằng cách kích hoạt các khu vực chết tế bào cục bộ xung quanh tế bào bị nhiễm bệnh, thường có thể được nhìn thấy bằng mắt không có mắt như những đốm lớn. Điều này ngăn chặn sự lây nhiễm. <ref name="pmid30201857">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Garcia-Ruiz H|year=2018|title=Susceptibility Genes to Plant Viruses|journal=Viruses|volume=10|issue=9|pages=484|doi=10.3390/v10090484|pmc=6164914|pmid=30201857}}</ref> Cn thiệp RNA cũng là một biện pháp bảo vệ hiệu quả ở thực vật. <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref> Khi bị nhiễm bệnh, thực vật thường sản xuất các chất khử trùng tự nhiên tiêu diệt virus, như [[axit salicylic]], [[Nitơ monooxit|nitơ monoxit]] và chất oxy hóa . <ref>{{Chú thích tạp chí|vauthors=Soosaar JL, Burch-Smith TM, Dinesh-Kumar SP|year=2005|title=Mechanisms of plant resistance to viruses|url=|journal=Nature Reviews Microbiology|volume=3|issue=10|pages=789–98|doi=10.1038/nrmicro1239|pmid=16132037}}</ref>

Cách chủ yếu để vi khuẩn tự bảo vệ mình khỏi thể thực khuẩn là sản xuất các enzyme phá hủy DNA ngoại lai. Những enzyme này, được gọi là [[Enzym giới hạn|endonuclease giới hạn]] (một loại enzyme cắt giới hạn), cắt đứt DNA của virus khi thể thực khuẩn "tiêm" vào tế bào vi khuẩn. <ref name="pmid20056882">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Horvath P, Barrangou R|date=January 2010|title=CRISPR/Cas, the immune system of bacteria and archaea|url=http://pdfs.semanticscholar.org/68e2/3e8e0dc19983b1f81b4be706587d0406ce36.pdf|journal=Science|volume=327|issue=5962|pages=167–70|bibcode=2010Sci...327..167H|doi=10.1126/science.1179555|pmid=20056882}}</ref>

[[Tập tin:DNA_chemical_structure.svg|nhỏ| Cấu trúc của DNA cho thấy vị trí [[nucleoside]] và nguyên tử photpho tạo thành "xương sống" (''backbone'') của phân tử ]]

Vắc-xin là hình thức mô phỏng nhiễm trùng tự nhiên và đáp ứng miễn dịch liên quan nhưng không gây bệnh. Sử dụng vắc-xin đã xóa sổ hoàn toàn [[Đậu mùa|bệnh đậu mùa]] và giảm đáng kể mức độ và số ca tử vong do các bệnh nhiễm trùng như [[bại liệt]], [[sởi]], [[quai bị]] và [[Sởi Đức|rubella]]. <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref> Vắc-xin ngăn ngừa hơn 14 bệnh nhiễm virus ở người <ref name="pmid22003377">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Small JC, Ertl HC|year=2011|title=Viruses – from pathogens to vaccine carriers|url=|journal=Current Opinion in Virology|volume=1|issue=4|pages=241–45|doi=10.1016/j.coviro.2011.07.009|pmc=3190199|pmid=22003377}}</ref> và nhiều bệnh nhiễm virus ở động vật. <ref name="pmid28618246">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Burakova Y, Madera R, McVey S, Schlup JR, Shi J|year=2018|title=Adjuvants for Animal Vaccines|journal=Viral Immunology|volume=31|issue=1|pages=11–22|doi=10.1089/vim.2017.0049|pmid=28618246}}</ref> Vắc-xin có thể chứa virus sống hoặc bị giết. <ref name="auto">{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref> Vắc-xin sống chứa virus yếu, có thể gây nguy hiểm khi tiêm cho [[Suy giảm miễn dịch|những người bị suy giảm miễn dịch]]. <ref>{{Chú thích tạp chí|vauthors=Thomssen R|year=1975|title=Live attenuated versus killed virus vaccines|url=|journal=Monographs in Allergy|volume=9|issue=|pages=155–76|pmid=1090805}}</ref> Công nghệ sinh học và kỹ thuật di truyền được sử dụng để sản xuất vắc-xin "thiết kế" chỉ có thành phần protein capsid của virus. Vắc-xin viêm gan B là một ví dụ. <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref> Những loại vắc-xin này an toàn hơn vì không bao giờ có khả năng gây bệnh.

[[Tập tin:Guanosine-acyclovir-comparison.png|nhỏ| Cấu trúc của [[Guanôzin|guanosine]] (base trong DNA) và [[aciclovir]] (trong thuốc kháng virus) ]]

Từ giữa những năm 1980, sự phát triển của [[thuốc kháng virus]] đã tăng lên nhanh chóng, chủ yếu do đại dịch AIDS. Thuốc kháng virus thường là các [[chất tương tự nucleoside]], là các chất nhân tạo thay thế [[nucleoside]] DNA. Khi sự sao chép DNA của virus bắt đầu, một số đơn phân là "chất tương tự" trong thuốc được sử dụng, giúp ngăn cản sự sao chép DNA vì các "chất tương tự" không có khả năng hình thành chuỗi DNA. Khi quá trình sản xuất DNA dừng lại, virus không thể lắp ráp các mảnh vào được. <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref> Một số ví dụ về "Chất tương tự" nucleoside: [[aciclovir]] dùng để chữa [[virus herpes]]; [[lamivudine]] dùng để chữa virus HIV và [[Virus viêm gan siêu vi B|viêm gan B.]] Aciclovir là một trong những loại thuốc kháng virus lâu đời nhất và sử dụng lâu đời nhất. <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref>

Các loại thuốc chống virus khác nhắm vào các giai đoạn khác nhau của vòng đời virus. HIV phụ thuộc vào một loại enzyme gọi là [[ Protease HIV-1 |HIV-1 protease]] để virus lây nhiễm. Có một nhóm thuốc gọi là [[chất ức chế protease]], liên kết với enzyme này và ngăn enzyme hoạt động. <ref name="{{harvnb|Shors|2017|p=463}}">{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref>

Viêm gan C do virus RNA gây ra. Trong 80% những người mắc bệnh, căn bệnh này trở thành [[Bệnh mạn tính|mãn tính]] và người mang mầm bệnh vẫn có khả năng truyền nhiễm cho đến hết đời trừ khi được điều trị. Có một phương pháp điều trị hiệu quả là sử dụng thuốc [[ribavirin]] là chất tương tự nucleoside. <ref name="pmid29778264">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Applegate TL, Fajardo E, Sacks JA|date=June 2018|title=Hepatitis C Virus Diagnosis and the Holy Grail|url=https://fieldresearch.msf.org/bitstream/10144/619174/1/Applegate%20et%20al%20-%202018%20-%20Hepatitis%20C%20Virus%20Diagnosis%20and%20the%20Holy%20Grail.pdf|journal=Infectious Disease Clinics of North America|volume=32|issue=2|pages=425–45|doi=10.1016/j.idc.2018.02.010|pmid=29778264}}</ref> Phương pháp điều trị cho những người mang virus viêm gan B mãn tính cũng tuân theo chiến lược tương tự, sử dụng lamivudine và một số loại thuốc chống vi rút khác. Trong cả hai bệnh kể trên, thuốc ngăn chặn sự sinh sôi của virus và interferon giết chết mọi tế bào bị nhiễm bệnh. <ref name="pmid21654909">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Paul N, Han SH|date=June 2011|title=Combination Therapy for Chronic Hepatitis B: Current Indications|journal=Curr Hepat Rep|volume=10|issue=2|pages=98–105|doi=10.1007/s11901-011-0095-1|pmc=3085106|pmid=21654909}}</ref>

Nhiễm HIV thường được điều trị bằng việc kết hợp nhiều loại thuốc kháng virus, mỗi loại nhắm vào một giai đoạn khác nhau trong vòng đời. Có những loại thuốc ngăn chặn virus hấp phụ vào tế bào, là chất tương tự nucleoside và một số chất độc ngăn cản enzyme cần thiết để virus sinh sản. Thành công trong lĩnh vực chữa trị virus bằng thuốc chính là bằng chứng về tầm quan trọng của việc hiểu biết cách thức sinh sản của virus. <ref name="{{harvnb|Shors|2017|p=463}}">{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref>

Virus là thực thể sinh học phong phú nhất trong môi trường nước; <ref name="pmid16984643">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Koonin EV, Senkevich TG, Dolja VV|date=September 2006|title=The ancient Virus World and evolution of cells|journal=Biol. Direct|volume=1|issue=|page=29|doi=10.1186/1745-6150-1-29|pmc=1594570|pmid=16984643}}</ref> một muỗng cà phê nước biển chứa khoảng mười triệu virus, <ref name="pmid31749771">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Dávila-Ramos S, Castelán-Sánchez HG, Martínez-Ávila L, Sánchez-Carbente MD, Peralta R, Hernández-Mendoza A, Dobson AD, Gonzalez RA, Pastor N, Batista-García RA|date=2019|title=A Review on Viral Metagenomics in Extreme Environments|url=|journal=Frontiers in Microbiology|volume=10|issue=|pages=2403|doi=10.3389/fmicb.2019.02403|pmc=6842933|pmid=31749771}}</ref> và chúng rất cần thiết cho sự điều tiết của hệ sinh thái nước mặn và nước ngọt. <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref> Hầu hết là thể thực khuẩn vốn vô hại đối với thực vật và động vật.<ref name="pmid29867096">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Breitbart M, Bonnain C, Malki K, Sawaya NA|date=July 2018|title=Phage puppet masters of the marine microbial realm|url=|journal=Nature Microbiology|volume=3|issue=7|pages=754–66|doi=10.1038/s41564-018-0166-y|pmid=29867096}}</ref> Chúng lây nhiễm và tiêu diệt vi khuẩn trong quần xã vi sinh vật dưới nước và đây là cơ chế tái chế carbon quan trọng nhất trong môi trường biển. Các phân tử hữu cơ được giải phóng từ các tế bào vi khuẩn kích thích sự phát triển của tảo tươi. <ref>{{Harvard citation no brackets|Shors|2017}}</ref>

Vi sinh vật chiếm hơn 90% sinh khối ở biển. Người ta ước tính rằng virus giết chết khoảng 20% sinh khối mỗi ngày và trong các đại dương, số lượng virus gấp 15 lần so với số lượng vi khuẩn và vi khuẩn cổ. Virus chủ yếu chịu trách nhiệm cho việc ngăn chặn [[Nước nở hoa|hiện tượng nước nở hoa]], <ref name="pmid16163346">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Suttle CA|date=September 2005|title=Viruses in the sea|journal=Nature|volume=437|issue=7057|pages=356–61|bibcode=2005Natur.437..356S|doi=10.1038/nature04160|pmid=16163346}}</ref> một hiện tượng thường gây hại nghiêm trọng cho các sinh vật biển khác.<ref>{{Chú thích web|url=https://www.cdc.gov/hab/redtide/|tựa đề=Harmful Algal Blooms: Red Tide: Home &#124; CDC HSB|nhà xuất bản=www.cdc.gov|ngày truy cập=23 August 2009}}</ref> Số lượng virus trong các đại dương giảm dần khi ra ngoài khơi và theo độ sâu của mực nước, nơi có ít vật chủ hơn. <ref name="pmid17853907">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Suttle CA|date=October 2007|title=Marine viruses – major players in the global ecosystem|journal=Nat. Rev. Microbiol.|volume=5|issue=10|pages=801–12|doi=10.1038/nrmicro1750|pmid=17853907}}</ref>

Ảnh hưởng của virus rất to lớn. Bằng cách tăng hô hấp đại dương, virus có trách nhiệm gián tiếp làm giảm lượng khí [[Cacbon điôxít|carbon dioxide]] trong khí quyển khoảng 3 [[Tấn|tỷ tấn]] carbon mỗi năm. <ref name="pmid17853907">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Suttle CA|date=October 2007|title=Marine viruses – major players in the global ecosystem|journal=Nat. Rev. Microbiol.|volume=5|issue=10|pages=801–12|doi=10.1038/nrmicro1750|pmid=17853907}}</ref>

Động vật có vú dưới biển cũng dễ bị nhiễm virus. Vào năm 1988 và 2002, hàng ngàn con hải cẩu bị tử vong ở châu Âu do Phocine morbillivirus . <ref>{{Chú thích tạp chí|vauthors=Hall A, Jepson P, Goodman S, Harkonen T|year=2006|title=Phocine distemper virus in the North and European Seas&nbsp;– Data and models, nature and nurture|journal=Biological Conservation|volume=131|issue=2|pages=221–29|doi=10.1016/j.biocon.2006.04.008}}</ref> Nhiều loại virus khác như calicillin, herpesvirus, adenovirus và parvovirus, tồn tại trong quần thể động vật có vú ở biển. <ref name="pmid17853907">{{Chú thích tạp chí|vauthors=Suttle CA|date=October 2007|title=Marine viruses – major players in the global ecosystem|journal=Nat. Rev. Microbiol.|volume=5|issue=10|pages=801–12|doi=10.1038/nrmicro1750|pmid=17853907}}</ref>

* [[Chủ đề: Y học]]

{{Tham khảo|30em3}}

* [http://www.fludb.org/brc/home.spg?decorator=influenza Cơ sở dữ liệu nghiên cứu dịch cúm] {{snd}} Genomic và dữ liệu nghiên cứu khác về virus cúm