Năm Kỷ Sửu 1491649, ngày 26 tháng 8 vua băng, không có con nối dõi. Vua ở ngôi 7 năm thọ 20 tuổi. Rước thần chủ ở Thái miếu, miếu hiệu Chân Tông, táng tại Hoa Phố lăng<ref>Hoa Phố lăng được lập tại thôn Phú Cốc, xã Bố Vệ, huyện Đông Sơn nên còn được gọi là Phú Cốc lăng. Tấm bia đá được dựng vào thời Minh Mạng nhà Nguyễn có khắc dòng chữ "Hoa Phố lăng". (花浦陵在東山縣布衞社富穀村，又稱“富穀陵”，阮朝明命年間所立石碑稱為“華浦陵”。)</ref>. Lê Chân Tông băng hà, không có con nối. [[Trịnh Tráng|Chúa Trịnh Tráng]] ép [[Lê Thần Tông|Thượng hoàng Thần Tông]], cha ông ra làm vua lần 2 thay cho ông.
