Ngày [[1 tháng 12]] năm [[2003]], tách 2 xã: Tiên Nguyên, Xuân Minh để thành lập huyện [[Quang Bình]]. Huyện Hoàng Su Phì còn lại 1 thị trấn và 24 xã.
Ngày [[171 tháng 121]] năm [[20192020]], xã Bản Péo được sáp nhập vào xã Nậm Dịch.<ref name="NQ827">[http{{Chú thích web|url=https://vanban.chinhphuthuvienphapluat.vn/portalvan-ban/pageBo-may-hanh-chinh/portal/chinhphu/hethongvanbanNghi-quyet-827-NQ-UBTVQH14-2019-sap-xep-don-vi-hanh-chinh-cap-xa-thuoc-tinh-Ha-Giang-432097.aspx?class_idtab=2&_page7|tựa đề=1&mode=detail&document_id=198676 Nghị quyết số 827/NQ-UBTVQH14] năm 2019 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Hà Giang|tác giả=|họ=|tên=|ngày=|website=|url lưu trữ=|ngày lưu trữ=|url hỏng=|ngày truy cập=}}</ref>
Huyện Hoàng Su Phì có 1 thị trấn và 23 xã như hiện nay.
