[[File:Chram sv Mikulase interier oltar od vchodu.jpg|thumb|180px|[[Nhà thờ Thánh Nicholas (Malá Strana) |Nhà thờ Thánh Nicholas]] kiểu [[Baroque]] ở [[Malá Strana]], được xây dựng từ năm 1704 đến năm 1755]]
Năm 1648, Chiến tranh Ba mươi năm cuối cùng kết thúc với [[Hòa ước Westfalen]]. Ferdinand III tiếp tục chính sách tái công giáo hóa và tập trung hóa của cha mình. Sau khi qua đời vào năm 1657, ông được kế vị bởi người con trai duy nhất còn sống là [[Leopold I của Thánh chế La Mã | Leopold I]]. Trong [[Chiến tranh Áo-Thổ Nhĩ Kỳ (1663–1664) | chiến tranh Áo-Thổ lần thứ tư]]] vào năm 1663, quân đội Thổ Nhĩ Kỳ xâm lược Morava trước khi bị chặn đứng trong [[trận Thánh Gotthard (1664) | trận Thánh Gotthard]].<ref>Krejčíř 1996, p. 59</ref> Leopold tiếp tục gây chiến với Ottoman và Pháp trong suốt thời gian dài cai trị của mình. Ông đã tăng [[sưu dịch]] lên ba ngày một tuần, gây ra [[cuộc nổi dậy của nông dân năm 1680]].<ref>Pánek 2009, pp. 244-245</ref> [[Các cuộc xét xử phù thủy Bắc Morava | Các cuộc xét xử phù thủy ở điền trang Losiny]] khét tiếng diễn ra từ năm 1678 đến năm 1696 đã khiến gần 100 người chết.<ref>{{cite web|url=http://www.rozhlas.cz/toulky/vysila_praha/_zprava/141284|title=Hon na čarodějnice (Toulky Českou minulostí - Příspěvek)|last=Veselý|work=[[Czech Radio]]|language=cs|access-date=15 August 2010}}</ref> Nhiều cuộc biểu tình chống việc tăng sưu dịch đã xảy ra nhưng tất cả đều vô ích. Năm 1705, quyền cai trị của Ferdinand III chấm dứt và con trai [[Joseph I của Thánh chế La Mã | Joseph I]] kế vị ông. Joseph I đã lên kế hoạch ban hành nhiều cải cách hành chính, hầu hết trong số đó ông không có cơ hội hoàn thành do mất sớm vì [[bệnh đậu mùa]]. Một năm trước khi qua đời, ông đã ra lệnh rằng tất cả người Romani ở Vùng đất Vương miện Bohemia phải cắt một bên tai. Nếu họ trở lại sau khi bị trục xuất, tất cả đàn ông Romani sẽ bị treo cổ mà không cần xét xử. Các lệnh tương tự đã được ban hành ở các vùng lãnh thổ khác do ông cai quản và dẫn đến những vụ giết người Romani hàng loạt.<ref name="crowe">David Crowe (2004): A History of the Gypsies of Eastern Europe and Russia (Palgrave Macmillan) {{ISBN|0-312-08691-1}} p.XI p.36-37</ref> Sau khi Joseph I chết vào năm 1711, ngai vàng Áo được trao cho em trai ông, [[Karl VI của Thánh chế La Mã | Karl VI]].<br>
[[File:Clementinum library2.jpg|thumb|left|230px|Thư viện [[Clementinum]], một trường Cao đẳng Dòng Tên trước đây, được xây dựng vào năm 1722]]
