Việc dựa quá nhiều vào thanh công cụ làm kết quả thống kê bị sai lệch. Alexa cũng bị chỉ trích về quyền riêng tư khi cung cấp các địa chỉ web mà người dùng truy cập để xếp hạng. Thanh công cụ Alexa Toolbar bị hãng diệt virus Symantec liệt vào danh sách Spyware[[spyware]].<ref>{{chú thích web|url=http://www.symantec.com/security_response/writeup.jsp?docid=2004-062410-3624-99|title=Trackware. Alexa — Symantec.com|date=ngày 13 tháng 2 năm 2007|accessdate=ngày 5 tháng 7 năm 2008}}</ref> McAfee thì cảnh báo người dùng thanh công cụ Alexa có nguy cơ bị [[phần mềm quảng cáo|adware]], phần mềm gián điệp, [[virus]] hoặc các chương trình không mong muốn vào 2005.<ref>{{chú thích web|url=http://vil.nai.com/vil/content/v_131087.htm|title=Adware-Alexa|accessdate=ngày 5 tháng 7 năm 2008|date=ngày 23 tháng 2 năm 2005|url-status=dead|archiveurl=https://web.archive.org/web/20081101084206/http://vil.nai.com/vil/content/v_131087.htm|archivedate=ngày 1 tháng 11 năm 2008|df=mdy-all}}</ref> Nhiều nhà cung cấp an ninh khác cũng phát hiện và loại bỏ phần mềm Alexa.
