Năm [[1850]], Tòa Thánh lại chia địa phận Tây Đàng Trong thành hai: Tây Đàng Trong (các tỉnh [[Biên Hòa]], [[Gia Định]], [[Định Tường]], [[Vĩnh Long]]) do Giám mục Lefèbvre cai quản và [[Phnôm Pênh|Nam Vang]] (phần đất các tỉnh phía nam Hậu Giang của Việt Nam và cả nước Cao Miên) do Giám mục J.C. Miche Mịch cai quản. Giáo phận Đông Đàng Trong cũng chia thành hai: Bắc Đàng Trong là Huế (gồm Nam [[Quảng Bình]], [[Quảng Trị]], và [[Thừa Thiên Huế]]) do Giám mục F.M. Pellerin Phan cai quản và Đông Đàng Trong gồm các tỉnh từ [[Quảng Nam]] vào đến [[Bình Thuận]] và các tỉnh Tây Nguyên do Giám mục Cuénot Thể cai quản.
===;Giai đoạn Pháp xâm chiếm Đại Nam===
{{trungPOV lậpsection}}
Năm [[1856]], chiến thuyền ''[[Catinat]]'' vào cửa Đà Nẵng rồi cho người đem thư lên trách triều đình Việt Nam về việc giết giáo sĩ [[Giáo hội Công giáo Rôma|Công giáo]]. Không được trả lời, quân Pháp bắn phá các đồn lũy rồi bỏ đi. Có Giám mục Pellerin trốn được lên tàu, về Pháp thuật lại cho triều đình [[Pháp]] cảnh tượng các giáo sĩ Công giáo bị đàn áp dã man ở Việt Nam. Pellerin nói rằng chỉ cần có loạn là các tín đồ Công giáo sẽ nổi lên đánh giúp. Cùng sự tác động của Hoàng hậu Pháp Eugénie, một người rất sùng đạo, Hoàng đế Pháp [[Napoléon III]] (1808 - 1873) quyết ý đánh Việt Nam.<ref>{{Chú thích web|url=http://www.gio-o.com/NgoBacHenryMcAleavy.html|tiêu đề=CUỘC TẤN CÔNG QUÂN SỰ ĐẦU TIÊN CỦA PHÁP VÀO VIỆT NAM|ngày truy cập=ngày 19 tháng 5 năm 2012|archive-date=2012-03-04|archive-url=https://web.archive.org/web/20120304141705/http://www.gio-o.com/NgoBacHenryMcAleavy.html|url-status=dead}}</ref> Năm 1857, giám mục Pellerin và linh mục Huc đến Paris và được Napoleon tiếp kiến.<ref name=ts554>Thừa Sai Công giáo Pháp và các chính sách của đế quốc tại Việt Nam 1857-1914, trang 554</ref> Napoleon III giao nhiệm vụ cụ thể cho đô đốc Rigoult de Genouilly để thực hiện cuộc bảo hộ của Pháp trên Việt Nam.<ref name=ts57>Thừa Sai Công giáo Pháp và các chính sách của đế quốc tại Việt Nam 1857-1914, trang 57 - 61</ref> Tháng 9 năm [[1858]], Pháp tấn công Đà Nẵng, không có một giáo dân nào tới trợ lực quân Pháp như Giám mục Pellerin đã hứa. Tướng Genouilly muốn bắt giam Pellerin vì nói láo. Đây là lần duy nhất có sự tham dự của giáo sĩ Công giáo vận động Pháp chiếm Việt Nam, cho thấy giáo dân dù bị chính quyền tàn sát nhưng không quay lưng lại với đất nước.<ref>{{chú thích web|url=http://www.vietcatholic.net/News/Html/53069.htm|title=Hoàn cảnh lịch sử của việc xây Nhà thờ Lớn Hà Nội|author1=Phong Uyên|tên=|date=2008|website=|url lưu trữ=|ngày lưu trữ=|url hỏng=|ngày truy cập=}}</ref> Tuy vậy, những người trong triều đình và giới Văn Thân với đầu óc kỳ thị tôn giáo và quan niệm sai lạc đã không hiểu biết về tư tưởng trung quân, ái quốc của người Công giáo.<ref name=TQA2015>Trần Quốc Anh (2015). [https://hdgmvietnam.com/chi-tiet/giao-ly-tam-phu-va-dao-hieu-40872 "Giáo lý Tam Phụ và Đạo Hiếu"]</ref>
Theo hòa ước với Pháp năm 1862, nhà Nguyễn bỏ việc cấm đạo Công giáo. Năm 1864, để phản ứng lại âm mưu giết hại người Công giáo của giới Văn Thân ở Huế, vua [[Tự Đức]] hạ dụ:<ref>Phan Phát Huồn (1965). ''Việt Nam Giáo Sử – Quyển I'' (in lần thứ hai). Tr. 510–512.</ref>
