John Gotti sinh ra tại South Bronx vào ngày 27 tháng 10 năm 1940. Trong khi cha mẹ của anh đều sinh ra ở Mỹ, tổ tiên của ông đến từ San Giuseppe Vesuviano, thuộc tỉnh Naples[[Napoli]].<ref name="NYTobit">{{chú thích báo |title= John Gotti Dies in Prison at 61; Mafia Boss Relished the Spotlight|author= Selwyn Raab|url= http://query.nytimes.com/gst/fullpage.html?res=9E03E4DC1E3DF932A25755C0A9649C8B63|newspaper= The New York Times|date= ngày 11 tháng 6 năm 2002|accessdate=ngày 14 tháng 2 năm 2011}}</ref>. Ông là người thứ năm trong số mười ba con của John Joseph Gotti, Sr. và vợ, John Sr. Philomena (gọi tắt là Fannie),<ref name="NYTobit"/><ref name="RnF 25-26">Capeci, Mustain (1996), pp. 25–26</ref> và là một trong năm anh em, trở thành thành viên gia đình Gambino:<ref name=five>{{chú thích báo|last=Rashbaum|first=William|title=U.S. Indicts Gottis, Saying They Operated Dock Rackets|url=http://www.nytimes.com/2002/06/05/nyregion/us-indicts-gottis-saying-they-operated-dock-rackets.html?src=pm|accessdate=ngày 4 tháng 10 năm 2011|newspaper=The New York Times|date=ngày 5 tháng 6 năm 2002}}</ref> Eugene "Gene" Gotti bắt đầu trước John do John bị tống giam,<ref name="Davis185">Davis, p. 185</ref> Peter Gotti tham gia dưới sự lãnh đạo của John vào năm 1988,<ref>{{chú thích web|title=Gotti's Family|url=http://www.newsday.com/news/new-york/gotti-s-family-1.203105|work=Newsday|accessdate=ngày 13 tháng 1 năm 2012}}</ref> và Richard V. Gotti đã được xác định là một trưởng nhóm (capo) vào năm 2002.<ref name=five/> Người thứ năm, Vincent, bắt đầu vào năm 2002.<ref>{{chú thích báo|last=Hinckley|first=David|title=Banned thug Vincent Gotti finally made it to crime time, then feds nabbed him|url=http://articles.nydailynews.com/2008-03-23/news/17892973_1_john-gotti-gene-gotti-gotti-family|accessdate=ngày 4 tháng 10 năm 2011|newspaper=New York Daily News|date=ngày 23 tháng 3 năm 2008}}</ref>
Gotti lớn lên trong nghèo đói. Cha ông làm việc không thường xuyên, đi làm như một người lao động kiếm việc mỗi ngày và đam mê cờ bạc. Khi trưởng thành, John Gotti oán giận cha mình vì đã không thể nuôi sống gia đình ông.<ref name="RnF 25-26"/> Ở trường, Gotti đã có thành tích trốn học và bắt nạt các học sinh khác, và cuối cùng đã bỏ học ở tuổi 16.<ref name="RnF 27-29">Capeci, Mustain (1996), pp. 27–29</ref><ref name="Gotti running">{{chú thích báo |title= JOHN GOTTI RUNNING THE MOB|author= Selwyn Raab|url= http://query.nytimes.com/gst/fullpage.html?res=950DE2D8153DF931A35757C0A96F948260&scp=1&sq=John&pagewanted=1|newspaper= The New York Times|date= ngày 2 tháng 4 năm 1989|accessdate=ngày 19 tháng 2 năm 2011}}</ref>
