Đến 9 năm sau, ngày 27 tháng 12 năm 2005, Phó Chủ tịch UBND Thành phố Hồ Chí Minh [[Nguyễn Văn Đua]] đã ký QĐ 6565 thay thế QĐ 367 của Thủ tướng phê duyệt điều chỉnh quy hoạch chung xây dựng khu trung tâm đô thị mới Thủ Thiêm. Theo đó, quy hoạch chung của KĐT mới Thủ Thiêm được thay đổi khá nhiều so với QĐ phê duyệt ban đầu của Thủ tướng.<ref name=plo11/>
===Lo ngại===
Các nhà quy hoạch đô thị thời Pháp thuộc tránh phát triển thành phố Sài Gòn về hướng Nam, Đông Nam - khu vực sẽ xây đô thị Thủ Thiêm - vì vùng đất này thấp, xây dựng hạ tầng tốn kém và chịu nhiều rủi ro như sạt lở, lún đất; họ cũng cho rằng cần lấy đất từ đồi núi của 3 tỉnh [[Ninh Thuận]], [[Bình Thuận]] và [[Lâm Đồng]] về đắp để tránh ngập cho khu vực này. Sau này, kiến trúc sư [[Ngô Viết Thụ]], kỹ sư [[Trần Lê Quang]], nhà quy hoạch đô thị người Mỹ [[Doxiadis]] đều cho rằng hướng phát triển chính của thành phố là hướng Bắc, Đông Bắc gồm [[Thuận An (định hướng)|Thuận An]], Dĩ An, Tân Uyên (tỉnh [[Bình Dương]]) và thành phố [[Biên Hòa|Biên Hoà]] (tỉnh [[Đồng Nai]]) và hướng Tây Bắc ở khu vực [[Củ Chi]]. Tuy nhiên viên chức Sở Quy hoạch - kiến trúc của chính quyền Thành phố Hồ Chí Minh cho rằng các nhà thiết kế dự án đã nghiên cứu để hiểu rõ quy luật sông nước, văn hóa đặc trưng Nam Bộ, khai thác tối đa lợi thế kênh rạch, và việc quản lý tốt sau này sẽ giúp tránh ngập.<ref>[http://www.vnexpress.net/GL/Xa-hoi/2006/04/3B9E8B85/ Khu đô thị mới Thủ Thiêm sẽ ngập trong nước], [[VnExpress]] ngày 15/4/2006</ref>
===Bản đồ gốc và văn bản 367 thất lạc===
Ngày 02 tháng 5 năm 2018, ông [[Võ Văn Hoan]], Chánh Văn phòng kiêm người phát ngôn của UBND Thành phố Hồ Chí Minh, xác nhận thất lạc bản đồ quy hoạch khu đô thị mới Thủ Thiêm tỷ lệ 1/5.000 kèm theo Quyết định số 367/QĐ-TTg ngày 4.6.1996 của Thủ tướng Chính phủ. Đây là văn bản pháp lý về quy hoạch dự án.<ref>[https://thanhnien.vn/thoi-su/ban-do-goc-khu-do-thi-moi-thu-thiem-duoc-lap-the-nao-958829.html Bản đồ gốc khu đô thị mới Thủ Thiêm được lập thế nào?], thanhnien.vn, 3/5/2018</ref>
