Tiền thân của báo Hà Nội Mới là báo "Thủ đô" ra đời 2-3 ngày sau ngày [[toàn quốc kháng chiến]] và gián đoạn khi lực lượng [[Quân đội Nhân dân Việt Nam|Vệ quốc quân]] [[Trận Hà Nội 1946#Rút khỏi Hà Nội|rút khỏi Hà Nội]].<ref>[http://hanoimoi.com.vn/Ban-in/Chinh-tri/63094/t7915%3B-t7901%3B-bao-tr432%3B7899%3Bc-luc-ra-273%3Bi-273%3B7871%3Bn-t7901%3B-bao-luc-tr7903%3B-v7873%3B Từ tờ báo trước lúc ra đi đến tờ báo lúc trở về] ANHTHU, Hanoimoi Chủ Nhật 7:46 23/10/2005</ref> Ngày 24 tháng 10 năm 1957, báo Thủ đô xuất bản số hàng ngày đầu tiên với tiêu đề "Sau 3 năm giải phóng". Trải qua quá trình sáp nhập với báo Hà Nội hàng ngày trở thành báo Thủ đô Hà Nội, rồi sau đó sáp nhập với báo Thời Mới thành báo Hà Nội Mới như hiện tại.
Báo Hà Nôi Mới đã trải qua nhiều thời kỳ lãnh đạo là những nhà báo có tên tuổi trong làng báo chí làm Tổng Biên tập đã đưa tờ báo trở thành tiếng nói quan trọng của Thủ đô cũng như đất nước. Tuy nhiên từ tháng 1/2016 đến nay, đồng chí Nguyễn Hoàng Long, nguyên Phó Bí thư thường trực Quận uỷ Hoàn Kiếm về làm Tổng Biên tập thì tờ báo đã đi xuống cả về nội dung và hình thức. Báo Hà Nội Mới giờ chủ yếu thực hiện các tin bào với mục tiêu không có lỗi chính tả, không quan trọng nội dung ra sao; hoạt động nội vụ chủ yếu áp dụng quy định, quy chế (từ tháng 1/2016 đến nay đã ban hành hơn 80 quy định quy chế, với số biên chế được Thành uỷ Hà Nội giao thì bình quân mỗi biên chế hưởng 1 quy định/quy chế). Ngoài ra hiện từ 1/2016 đến nay người lao động trong tờ báo bị mất đoàn kết, niềm tin quan trọng (không ai tin ai vì ai cũng có thể là người nói xấu, lan truyền thông tin thất thiệt, bất lợi đến tai Tổng Biên tập - đây có lẽ cũng là chủ ý của người đứng đầu, chia rẽ để trị).
Hiện Uỷ ban kiểm tra Thành uỷ Hà Nội đang điều tra xem xét vi phạm đối với đồng chí Nguyễn Hoàng Long, mong rằng sự thật được sáng tỏ, để Thành uỷ Hà Nội biết về nhân sự do họ đang quản lý và đưa ra các biên pháp nhằm cứu, vực dậy tờ báo Đảng của Thủ đô.
