Một số khí có hiệu ứng bức xạ gián tiếp (cho dù bản thân chúng có phải là khí nhà kính hay không). Điều này xảy ra theo hai cách chính. Một là khi chúng phân hủy trong khí quyển, tạo ra một khí nhà kính khác. Ví dụ, metanmethan và carbon monoxide (CO) bị oxy hóa để tạo ra carbon dioxide (và quá trình oxy hóa metanmethan cũng tạo ra hơi nước). Quá trình oxy hóa CO thành CO<sub>2</sub> trực tiếp tạo ra sự gia tăng lực [[bức xạ]] rõ ràng mặc dù lý do là rất nhỏ. Đỉnh của [[bức xạ nhiệt]] IR từ bề mặt Trái đất rất gần với dải hấp thụ dao động mạnh của CO<sub>2</sub> ([[bước sóng]] 15 micron, hoặc [[số sóng]] 667 cm<sup>−1</sup>) Mặt khác, dải dao động CO đơn lẻ chỉ hấp thụ IR ở các bước sóng ngắn hơn nhiều (4,7 micrômét, hay 2145 cm<sup>−1</sup>), nơi phát ra năng lượng bức xạ từ bề mặt Trái đất thấp hơn ít nhất một hệ số. Quá trình oxy hóa metanmethan thành CO<sub>2</sub>, yêu cầu phản ứng với gốc OH, tạo ra sự giảm ngay lập tức sự hấp thụ và phát xạ bức xạ vì CO<sub>2</sub> là khí nhà kính yếu hơn metanmethan. Tuy nhiên, sự oxy hóa CO và CH<sub>4</sub> được quấn vào nhau vì cả hai đều tiêu thụ các gốc OH. Trong mọi trường hợp, việc tính toán tổng hiệu ứng bức xạ bao gồm cả trực tiếp và gián tiếp một cách ép buộc.
Loại hiệu ứng gián tiếp thứ hai xảy ra khi các phản ứng hóa học trong khí quyển liên quan đến các khí này làm thay đổi nồng độ của các khí nhà kính. Ví dụ, sự phá hủy các hợp chất hữu cơ bay hơi không methan (NMVOC) trong khí quyển có thể tạo ra ôzôn. Kích thước của hiệu ứng gián tiếp có thể phụ thuộc mạnh mẽ vào vị trí và thời điểm phát ra khí.<ref name=":1">Forster, P.; et al. (2007). "2.10.3 Indirect GWPs". ''[https://www.ipcc.ch/report/ar4/wg1/changes-in-atmospheric-constituents-and-radiative-forcing/ Changes in Atmospheric Constituents and in Radiative Forcing]''. Contribution of Working Group I to the Fourth Assessment Report of the Intergovernmental Panel on Climate Change. Cambridge University Press. Truy cập ngày 2 tháng 12 năm 2012.</ref>
Methan có tác dụng gián tiếp ngoài việc tạo thành CO<sub>2</sub>. Hóa chất chính phản ứng với metanmethan trong khí quyển là gốc [[Hiđroxide|hydroxyl]] (OH), do đó càng nhiều metanmethan có nghĩa là nồng độ OH giảm xuống. Một cách hiệu quả, methan làm tăng thời gian tồn tại trong khí quyển của chính nó và do đó tác dụng bức xạ tổng thể của nó. Quá trình oxy hóa methan có thể tạo ra cả ôzôn và nước; và là nguồn hơi nước chính trong tầng bình lưu thường khô. CO và NMVOC tạo ra CO<sub>2</sub> khi chúng bị oxy hóa. Chúng loại bỏ OH khỏi khí quyển, dẫn đến nồng độ khí methan cao hơn. Đáng ngạc nhiên của điều này là khả năng nóng lên toàn cầu của CO gấp ba lần so với CO<sub>2</sub><ref>MacCarty, N. [https://web.archive.org/web/20131111144703/http://www.scscertified.com/lcs/docs/Global_warming_full_9-6-07.pdf "Laboratory Comparison of the Global-Warming Potential of Six Categories of Biomass Cooking Stoves"] (PDF). Approvecho Research Center. Archived from the original (PDF) on ngày 11 tháng 11 năm 2013.</ref> Quá trình chuyển đổi NMVOCs thành carbon dioxide tương tự cũng có thể dẫn đến sự hình thành [[Ôzôn|ozone]] [[tầng đối lưu]]. [[Halocarbon]] có ảnh hưởng gián tiếp vì chúng phá hủy ôzôn ở [[tầng bình lưu]]. Cuối cùng, hydro có thể dẫn đến sản xuất ozone và CH<sub>4</sub> tăng cũng như tạo ra hơi nước ở tầng bình lưu.<ref name=":1" />
=== Sự đóng góp của mây vào hiệu ứng nhà kính của Trái đất ===
