[[Tập tin:wiki varano.jpg|nhỏ|phải|Hình ảnh ghi nhiệt của [[kỳ đà]].]]
Phần lớn các loài bò sát có hệ tuần hoàn thông qua [[tim]] ba ngăn, bao gồm 2 [[tâm nhĩ]] và 1 [[tâm thất]] được phân chia một cách thay đổi. Thông thường có một cặp động mạch chủ. Mặc dù điều đó, nhưng do động lực học chất lỏng của luồng máu thông qua tim, nên đã có rất ít sự pha trộn của máu giàu [[ôxyoxy]] và máu nghèo ôxyoxy trong tim ba ngăn. Ngoài ra, luồng máu có thể bị ngăn lại để đổi hướng hoặc là máu nghèo ôxyoxy tới các cơ quan khác trong cơ thể hoặc là máu giàu ôxyoxy tới phổi, điều này giúp cho bò sát khả năng kiểm soát cao hơn đối với luồng chảy của máu của chúng, cho phép chúng có sự điều chỉnh thân nhiệt có hiệu quả hơn cũng như tăng thời gian lặn dưới nước lâu hơn đối với các loài sinh sống dưới nước. Tuy nhiên, ở đây có một vài ngoại lệ thú vị đối với bò sát. Ví dụ, các loài [[cá sấu]] có tim bốn ngăn phức tạp một cách đáng ngạc nhiên nhưng có khả năng hoạt động như là tim ba ngăn khi chúng lặn dưới nước. Ngoài ra, người ta cũng phát hiện ra rằng một số loài rắn và thằn lằn (chẳng hạn kỳ đà và trăn) có tim ba ngăn nhưng có thể hoạt động tựa như tim bốn ngăn khi co bóp. Điều này là có thể được là do dải cơ phân chia tâm thất trong kỳ [[chu kỳ tim|tâm trương]] và phân chia hoàn toàn nó trong kỳ [[tâm thu]]. Do dải cơ này, một số bò sát trong nhóm Squamata này có thể tạo ra các chênh lệch áp suất tâm thất tương tự như ở tim của chim và động vật có vú.
