Năm [[1646]] (Thuận Trị thứ 3), TrịnhChiTrịnh Chi Long cảm thấy tình hình bất lợi, quyết định không tiếp tục hỗ trợ cho chính quyền vua Long Vũ nhà Nam Minh, phái người sang đàm phán với [[nhà Thanh]] về việc đầu hàng, sau đó cùng bọn thuộc hạ tâm phúc ở phía bắc sang đầu hàng nhà Thanh, vợ và con trai Trịnh Chi Long là Trịnh Thành Công đã cố găng ngăn cản việc đầu hàng của cha nhưng không thành công, bèn tới [[miếu Khổng Tử]] khóc lớn, rồi cho đốt áo nhà nho, dẫn toàn bộ gia tướng và binh lính vượt biển , tiếp tục công cuộc chống Thanh. Cùng năm, quân Thanh chiếm được Phúc Kiến, bắt sống vua Long Vũ Chu Duật Kiện, Long Vũ quyết không chịu nhục bèn tuẫn quốc, chính quyền Long Vũ diệt vong. [[Dương Phụng Bao]] nói "''Phúc Kinh thất thủ, lỗi đều do Trịnh Chi Long mà ra''"<ref>''[[Nam Cương dịch sử]]'', bạt tứ</ref>.
Tuy Trịnh Chi Long đã đầu hàng nhà Thanh, nhưng lại từ chối cùng [[Bối Lặc]] [[Bác Lạc]] nam chinh theo như thỏa thuận, nên bị chuyển đến kinh sư và nhập vào biên chế [[Hán quân chính hồng kỳ]], tháng 8 năm [[1648]] (năm Thuận Trị thứ 5), vì có công quy thuận nên được phong là [[Tinh Kỳ Ni Cáp Phiên]].
