Tuy nhiên, cuối cùng thì Chayanov lại là người đúng về những vấn đề đối với việc kế hoạch hóa nền nông nghiệp Xô viết.
Năm 1930 Chayanov bị bắt giữ trong "Vụ án Đảng Nông dân Lao động" do [[Bộ Dân ủy Nội vụ Liên bang Nga]] (NKVD) ngụy tạo. Tên gọi của đảng này được lấy từ cuốn sách [[khoa học viễn tưởng]] do Chayanov viết trong thập niên 1920, và ông bị cáo buộc là một thủ lĩnh của đảng này<ref>{{citechú bookthích sách|author=Robert C. Tucker|title=Stalin in power: the revolution from above, 1928-1941|pages=167|url=http://books.google.com/books?id=L9pcTIEP1OQC&pg=PA167&dq=Chayanov+peasant+party&hl=en&ei=Eq8XTayeNsqr8Abll_C9Dg&sa=X&oi=book_result&ct=result&resnum=7&ved=0CEIQ6AEwBjgK#v=onepage&q=Chayanov%20peasant%20party&f=false|publisher=W. W. Norton & Company|year=1992}}</ref><ref>{{citechú thích booksách|title=Aleksandr Chayanov and Russian Berlin|author=Aleksandr Vasilievich Chayanov, Frank Bourgholtzer hiệu đính|url=http://books.google.com/books?id=84APjWTXnzIC&pg=PA50&dq=Chayanov+peasant+party&hl=en&ei=-K0XTeTtK8GB8gaK97j_DQ&sa=X&oi=book_result&ct=result&resnum=1&ved=0CCcQ6AEwAA#v=snippet&q=labour%20peasant%20party&f=false|pages=36|publisher=Taylor & Francis|year=1999}}</ref>. Việc tố tụng xét xử có dự định là mang tính chất [[xét xử hình thức]], nhưng đã thất bại do ý chí mạnh mẽ của các bị cáo. Tuy nhiên, trong phiên [[xét xử kín]] năm 1932 Chayanov đã phải chịu hình phạt [[lao động cải tạo]] 5 năm tại [[Kazakhstan]]. Ngày 3 tháng 10 năm 1937 Chayanov lại bị bắt giữ một lần nữa để đem ra xét xử và bị bắn trong cùng một ngày.
Vợ ông cũng bị trấn áp và phải lao động cải tạo 18 năm. Chayanov đã được phục hồi danh dự vào năm 1987.
