Các câu chuyện trong Black Jack hầu hết là độc lập nhưng dường như có mối liên hệ mật thiết giữa các nhân vật, nếu như bạn đọc bất kỳ câu chuyện bạn cũng hiểu tuy nhiên mạch truyện sẽ bị ''gãy''. <ref>Các phiên bản tại Viêt Nam xuất bản không có bản quyền đều bị xáo trộn các câu chuyện và không theo mạch truyện vốn có </ref>.
Kết thúc câu chuyện của Black Jack theo hướng mở và độc giả có thể hiểu theo trí tưởng tượng của mình. Kết thúc truyện là bácBlack sĩJack đang đi trên một chuyến bay màvà nằmanh có một giấc mơ củathấy Blackmình Jackđang thìcó đimột hành trình vô tận trên một chuyến tàu lửa mà độc giả không hề biết điểm đến. Hầu như tất cả các nhân vật đều xuất hiện trong chuyến tàu này bao gồm cả các nhân vật đã chết như sư phụ Black Jack "Honma Jotaro". Chính những câu nói của sư phụ Black Jack khiến anh phải suy nghĩ "Đừng cho là bác sĩ là người nắm giữ cuộc sống con người" Kisaragi Kei cũng xuất hiện trên chuyến tàu, cô ta đã hỏi bác sĩ rằng: "Tại sao anh chưa có người yêu". [[Kiriko]] thì xuất hiện với bệnh nhân kéo dài tuổi thọ mong muốn được ra đi êm ái. Câu nói cuối cùng của nhân vật này "Y học có sự giới hạn của nó". Còn Pinoko xuất hiện trong thân hình người lớn theo ước nguyện của cô và cô là nhân vật sẽ cùng bác sĩ chữa bệnh và là người đi cùng bác sĩ với vai trò vừa là người vợ vừa là trợ lý đắc lực. <ref>Xem tập cuối "Kịp theo chuyến cuối" - tên chính thức của phiên bản NXB Trẻ ấn hành </ref>
Kết thúc chuyện là câu nói của bác sĩ cũng như là kết cục của truyện "Nghe nói trước khi chết, con người thường thấy những việc đã qua, mình đã đi trên một chuyến xe lửa không có điểm đến và không bao giờ quay lại, không biết là điềm gì đây".
