Acidobacteria
Acidobacteria là một ngành vi khuẩn mới được đề xuất gần đây, với các thành viên của nó là đa dạng về mặt sinh lý học và có mặt ở nhiều nơi, đặc biệt là trong đất, nhưng lại chưa có đủ đại diện trong nuôi cấy.[3][4][5]
| Acidobacteria | |
|---|---|
 Acidobacterium | |
| Phân loại khoa học | |
| Vực (domain) | Bacteria |
| Ngành (phylum) | Acidobacteria Thrash & Coates 2012[1][2] |
| Các lớp và bộ | |
| |
Các thành viên của ngành này là đa dạng về mặt sinh lý học, một số loài là ái acid, và lần đầu tiên được công nhận như là một nhóm riêng lần đầu tiên năm 1997.[6] Loài đầu tiên của ngành này, Acidobacterium capsulatum, được phát hiện năm 1991.[7] Các loài đáng chú ý khác có Holophaga foetida,[8] Geothrix fermentans,[9] Acanthopleuribacter pedis[10] và Bryobacter aggregatus.[11] Do mới được phát hiện gần đây và phần lớn vẫn chưa được nuôi cấy nên sinh thái học và trao đổi chất của các loài vi khuẩn này vẫn chưa được hiểu rõ.[4] Tuy nhiên, các vi khuẩn này có thể là các sinh vật có đóng góp quan trọng cho các hệ sinh thái, do chúng rất phổ biến trong các loại đất.[12]
Cũng do môi trường sống là đất tự nhiên của chúng, nhóm chưa phân loại II của Acidobacteria đã từng bị nhận dạng như là tác nhân gây ô nhiễm các thuốc thử của bộ công cụ tách chiết ADN, điều có thể dẫn tới sự xuất hiện có sai sót của chúng trong các bộ dữ liệu quần thể vi sinh vật (microbiodidea) hay bộ gen học tổng thể (metagenomics).[13]
Phát sinh chủng loài sửa
Phân loại hiện tại được chấp nhận dựa theo Danh sách các tên gọi sinh vật nhân sơ với vị trí hiện tại trong danh pháp (LPSN)[14][15] và phát sinh chủng loài lấy theo LTP phiên bản 123 dựa trên ARN 16S ribosome của Dự án cây sự sống muôn loài.[16]
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Lưu ý:
♠ Các chủng tìm thấy tại NCBI nhưng không được liệt kê trong Danh sách các tên gọi sinh vật nhân sơ với vị trí hiện tại trong danh pháp (LSPN)
Phân loại sửa
- Chi ?Thermoanaerobaculum Losey et al. 2013
- Loài Thermoanaerobaculum aquaticum Losey et al. 2013
- Chi ?"Thermotomaculum" ♠ Izumi et al. 2012
- Loài "Thermotomaculum hydrothermale" ♠ Izumi et al. 2012
- Lớp Blastocatellia ♠ Pascual et al. 2015
- Chi Chloracidobacterium Tank & Bryant 2015 [Candidatus Chloracidobacterium Bryant et al. 2007]
- Loài Chloracidobacterium thermophilum Tank & Bryant 2015 [Candidatus Chloracidobacterium thermophilum Bryant et al. 2007]
- Chi Pyrinomonas Crowe et al. 2014
- Loài Pyrinomonas methylaliphatogenes Crowe et al. 2014
- Bộ "Blastocatellales" ♠ Pascual et al. 2015
- Họ "Blastocatellaceae" ♠ Pascual et al. 2015
- Chi Blastocatella Foesel et al. 2013 emend. Pascual et al. 2015
- Loài Blastocatella fastidiosa Foesel et al. 2013 emend. Pascual et al. 2015
- Chi Aridibacter Huber et al. 2014
- Loài A. famidurans Huber et al. 2014
- Loài A. kavangonensis Huber et al. 2014
- Chi "Stenotrophobacter" ♠ Pascual et al. 2015
- Loài "S. namibiensis" ♠ Pascual et al. 2015
- Loài "S. roseus" ♠ Pascual et al. 2015
- Loài "S. terrae" ♠ Pascual et al. 2015
- Chi "Tellurimicrobium" ♠ Pascual et al. 2015
- Loài "Tellurimicrobium multivorans" ♠ Pascual et al. 2015
- Chi Blastocatella Foesel et al. 2013 emend. Pascual et al. 2015
- Họ "Blastocatellaceae" ♠ Pascual et al. 2015
- Chi Chloracidobacterium Tank & Bryant 2015 [Candidatus Chloracidobacterium Bryant et al. 2007]
- Lớp Holophagae Fukunaga et al. 2008
- Bộ Acanthopleuribacterales Fukunaga et al. 2008
- Họ Acanthopleuribacteraceae Fukunaga et al. 2008
- Chi Acanthopleuribacter Fukunaga et al. 2008
- Loài Acanthopleuribacter pedis Fukunaga et al. 2008
- Chi Acanthopleuribacter Fukunaga et al. 2008
- Họ Acanthopleuribacteraceae Fukunaga et al. 2008
- Bộ Holophagales Fukunaga et al. 2008
- Họ Holophagaceae Fukunaga et al. 2008
- Chi Geothrix Coates et al. 1999
- Loài Geothrix fermentans Coates et al. 1999
- Chi Holophaga Liesack et al. 1995
- Loài Holophaga foetida Liesack et al. 1995
- Chi Geothrix Coates et al. 1999
- Họ Holophagaceae Fukunaga et al. 2008
- Bộ Acanthopleuribacterales Fukunaga et al. 2008
- Lớp Solibacteres
- Chi Bryobacter Kulichevskaya et al. 2010
- Loài Bryobacter aggregatus Kulichevskaya et al. 2010
- Chi Paludibaculum Kulichevskaya et al. 2014
- Loài Paludibaculum fermentans Kulichevskaya et al. 2014
- Bộ "Solibacterales"
- Họ "Solibacteraceae"
- Chi "Candidatus Solibacter" Ward et al. 2009
- Loài "Candidatus Solibacter usitatus" Ward et al. 2009
- Chi "Candidatus Solibacter" Ward et al. 2009
- Họ "Solibacteraceae"
- Chi Bryobacter Kulichevskaya et al. 2010
- Lớp Acidobacteria Cavalier-Smith 2002
- Bộ Acidobacteriales Cavalier-Smith 2002
- Họ Acidobacteriaceae
- Chi Acidicapsa Kulichevskaya et al. 2012
- Loài A. borealis Kulichevskaya et al. 2012 (loài điển hình)
- Loài A. ligni Kulichevskaya et al. 2012
- Chi Acidobacterium Kishimoto et al. 1991
- Loài Acidobacterium capsulatum Kishimoto et al. 1991
- Chi Acidopila Okamura et al. 2015 ["Acidopila" Okamura et al. 2011]
- Loài A. rosea Okamura et al. 2015 ["Acidopila rosea" Okamura et al. 2011]
- Loài A. dinghuensis Jiang et al. 2016
- Chi Bryocella Dedysh et al. 2012
- Loài Bryocella elongata Dedysh et al. 2012
- Chi Edaphobacter Koch et al. 2008
- Loài E. aggregans Koch et al. 2008 emend. Dedysh et al. 2012
- Loài E. dinghuensis Jiang et al. 2016
- Loài E. modestus Koch et al. 2008 (loài điển hình)
- Chi "Candidatus Koribacter" Ward et al. 2009
- Loài "Candidatus Koribacter versatilis" Ward et al. 2009
- Chi Occallatibacter Foesel et al. 2015
- Loài "O. riparius" ♠
- Loài O. savannae Foesel et al. 2015
- Chi "Silvibacterium bohemicum" ♠ Llado et al. 2016
- Loài "Silvibacterium bohemicum" ♠ Llado et al. 2016
- Chi "Terracidiphilus" ♠ Garcia-Fraile et al. 2016
- Loài "Terracidiphilus gabretensis" ♠ Garcia-Fraile et al. 2016
- Chi Terriglobus Eichorst et al. 2007
- Loài T. albidus Pascual et al. 2015
- Loài T. aquaticus Baik et al. 2013
- Loài T. roseus Eichorst et al. 2007 (loài điển hình)
- Loài T. saanensis Männistö et al. 2011
- Loài T. tenax Whang et al. 2014
- Chi Granulicella Pankratov& Dedysh 2010 emend. Männistö et al. 2012
- Loài G. arctica Männistö et al. 2012
- Loài G. cerasi Yamada et al. 2014
- Loài G. mallensis Männistö et al. 2012
- Loài G. sapmiensis Männistö et al. 2012
- Loài G. tundricola Männistö et al. 2012
- Loài G. paludicola Pankratov & Dedysh 2010 (loài điển hình)
- Loài G. pectinivorans Pankratov & Dedysh 2010
- Loài G. aggregans Pankratov & Dedysh 2010
- Loài G. rosea Pankratov & Dedysh 2010
- Chi Telmatobacter Pankratov & Dedysh 2012
- Loài Telmatobacter bradus Pankratov & Dedysh 2012
- Chi Acidicapsa Kulichevskaya et al. 2012
- Họ Acidobacteriaceae
- Bộ Acidobacteriales Cavalier-Smith 2002
Tham khảo sửa
- ^ Thrash J. C. & Coates J. D. (2011). Phylum XVII. Acidobacteria phyl. nov. trong Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, ấn bản lần 2, quyển 4, tr. 725. N. R. Krieg, J. T. Staley, D. R. Brown, B. P. Hedlund, B. J. Paster, N. L. Ward, W. Ludwig & W. B. Whitman biên tập. New York: Springer.
- ^ Validation List no. 143. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2012, 62, 1-4.
- ^ Barns SM; Cain EC; Sommerville L; Kuske CR (2007). “Acidobacteria phylum sequences in uranium-contaminated subsurface sediments greatly expand the known diversity within the phylum”. Appl. Environ. Microbiol. 73 (9): 3113–6. doi:10.1128/AEM.02012-06. PMC 1892891. PMID 17337544.
- ^ a b Quaiser A; Ochsenreiter T; Lanz C; và đồng nghiệp (2003). “Acidobacteria form a coherent but highly diverse group within the bacterial domain: evidence from environmental genomics”. Mol. Microbiol. 50 (2): 563–75. doi:10.1046/j.1365-2958.2003.03707.x. PMID 14617179.
- ^ Rappe, M. S.; Giovannoni, S. J. (2003). “The Uncultured Microbial Majority”. Annual Review of Microbiology. 57: 369–394. doi:10.1146/annurev.micro.57.030502.090759. PMID 14527284.
- ^ Kuske CR; Barns SM; Busch JD (ngày 1 tháng 9 năm 1997). “Diverse uncultivated bacterial groups from soils of the arid southwestern United States that are present in many geographic regions”. Appl. Environ. Microbiol. 63 (9): 3614–21. PMC 168668. PMID 9293013.
- ^ Kishimoto, Noriaki; Kosako, Yoshimasa; Tano, Tatsuo (ngày 31 tháng 12 năm 1990). “Acidobacterium capsulatum gen. nov., sp. nov.: An acidophilic chemoorganotrophic bacterium containing menaquinone from acidic mineral environment”. Current Microbiology. 22 (1): 1–7. doi:10.1007/BF02106205.
- ^ Liesack, Werner; Bak, Friedhelm; Kreft, Jan-Ulrich; Stackebrandt, E. (ngày 30 tháng 6 năm 1994). “Holophaga foetida gen. nov., sp. nov., a new, homoacetogenic bacterium degrading methoxylated aromatic compounds”. Archives of Microbiology. 162 (1–2): 85–90. doi:10.1007/BF00264378. PMID 8085918.
- ^ Coates, J. D.; Ellis, D. J.; Gaw, C. V.; Lovley, D. R. (ngày 1 tháng 10 năm 1999). “Geothrix fermentans gen. nov., sp. nov., a novel Fe(III)-reducing bacterium from a hydrocarbon-contaminated aquifer”. International Journal of Systematic Bacteriology. 49 (4): 1615–1622. doi:10.1099/00207713-49-4-1615. PMID 10555343.
- ^ Fukunaga, Y; Kurahashi, M; Yanagi, K; Yokota, A; Harayama, S (tháng 11 năm 2008). “Acanthopleuribacter pedis gen. nov., sp. nov., a marine bacterium isolated from a chiton, and description of Acanthopleuribacteraceae fam. nov., Acanthopleuribacterales ord. nov., Holophagaceae fam. nov., Holophagales ord. nov. and Holophagae classis nov. in the phylum 'Acidobacteria'”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 58 (Pt 11): 2597–2601. doi:10.1099/ijs.0.65589-0. PMID 18984699.
- ^ Kulichevskaya, IS; Suzina, NE; Liesack, W; Dedysh, SN (tháng 2 năm 2010). “Bryobacter aggregatus gen. nov., sp. nov., a peat-inhabiting, aerobic chemo-organotroph from subdivision 3 of the Acidobacteria”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 60 (Pt 2): 301–6. doi:10.1099/ijs.0.013250-0. PMID 19651730.
- ^ Eichorst S. A.; Breznak J. A.; Schmidt T. M. (2007). “Isolation and characterization of soil bacteria that define Terriglobus gen. nov., in the phylum Acidobacteria”. Appl. Environ. Microbiol. 73 (8): 2708–17. doi:10.1128/AEM.02140-06. PMC 1855589. PMID 17293520.
- ^ Salter, S; Cox, M; Turek, E; Calus, S; Cookson, W; Moffatt, M; Turner, P; Parkhill, J; Loman, N; Walker, A (2014). “Reagent contamination can critically impact sequence-based microbiome analyses”. bioRxiv. doi:10.1101/007187.
- ^ Xem Danh sách các tên gọi sinh vật nhân sơ với vị trí hiện tại trong danh pháp. Dữ liệu lấy từ J.P. Euzéby. “Acidobacteria”. Bản gốc lưu trữ ngày 27 tháng 1 năm 2013. Truy cập ngày 26 tháng 10 năm 2016.
- ^ Xem trang web về Chlorobi của NCBI. Dữ liệu trích xuất từ Sayers; và đồng nghiệp. “NCBI Taxonomy Browser”. NCBI. Truy cập ngày 26 tháng 10 năm 2016.
- ^ Xem Dự án cây sự sống muôn loài [1]. Dữ liệu lấy từ “16S rRNA-based LTP release 123 (full tree)” (PDF). Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. Bản gốc (PDF) lưu trữ ngày 7 tháng 6 năm 2019. Truy cập ngày 26 tháng 10 năm 2016.
- Pankratov, T. A.; Dedysh S.N. (tháng 12 năm 2010). “Granulicella paludicola gen. nov., sp. nov., Granulicella pectinivorans sp. nov., Granulicella aggregans sp. nov. and Granulicella rosea sp. nov., acidophilic, polymer-degrading acidobacteria from Sphagnum peat bogs”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 60 (Pt 12): 2951–9. doi:10.1099/ijs.0.021824-0. PMID 20118293.
- Pankratov, T. A.; Kirsanova L. A.; Kaparullina E. N.; Kevbrin V. V.; Dedysh S. N. (ngày 1 tháng 4 năm 2011). “Telmatobacter bradus gen. nov., sp. nov., a cellulolytic facultative anaerobe from subdivision 1 of the Acidobacteria, and emended description of Acidobacterium capsulatum Kishimoto et al. 1993”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 62 (2): 430–437. doi:10.1099/ijs.0.029629-0.