Ngày 20/05/2010, GS.TS. Mai Trọng Nhuận (Nguyên giám đốc ĐHQGHN) đã ký Quyết định số 1507/QĐ-TCCB thành lập khoa Y Dược - ĐHQG Hà Nội trên cơ sở kế thừa truyền thống và tiếp nối lịch sử phát triển của Viện Đại học Đông Dương – tiền thân của ĐHQG Hà Nội.[1]
Trường Đại học Y Dược là trường Đại học thành viên của ĐHQGHN được Thủ Tướng Chính Phủ thành lập theo quyết định 1666/QĐ-TTg ngày 27 tháng 10 năm 2020 trên cơ sở kế thừa Khoa Y Dược, được Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội (ĐHQGHN) thành lập theo Quyết định số 1507/QĐ-TCCB ngày 20/5/2010, trên cơ sở truyền thống và tiếp nối lịch sử phát triển của Viện Đại học Đông Dương – tiền thân của Đại học Quốc gia Hà Nội, trong đó có Trường Cao đẳng Y khoa (Ecole supérieure de Médecine - 1906) cũng như để đáp ứng yêu cầu phát triển của ĐHQGHN thành trung tâm đại học đa ngành, đa lĩnh vực theo xu thế hội nhập quốc tế của đất nước.[2][3]
Ngày 23/12/2022, Trường Đại học Y Dược - Đại học Quốc gia Hà Nội đã tổ chức Lễ công bố quyết định thành lập Khoa Răng Hàm Mặt.[4]
Ngày 24/5/2023, Trường Đại học Y Dược - Đại học Quốc gia Hà Nội đã tổ chức Lễ công bố quyết định thành lập Khoa Dược.[4]
Ngày 15/11/2023, Hiệu trưởng Trường Đại học Y Dược, ĐHQGHN GS. TS. Lê Ngọc Thành ký quyết định thành lập Khoa Y và kiện toàn bộ máy nhân sự lâm thời, bổ nhiệm PGS. TS. Nguyễn Viết Nhung - Nguyên Giám đốc Bệnh viện Phổi TW làm Chủ nhiệm Khoa Y. Khoa Y là một đơn vị đào tạo trực thuộc Trường Đại học Y Dược - ĐHQGHN với 41 bộ môn trực thuộc.
Ngày 20/11/2023, Trường Đại học Y Dược - Đại học Quốc gia Hà Nội đã tổ chức Lễ công bố quyết định thành lập Khoa Y. Tổ chức Lễ kỷ niệm 41 năm Ngày nhà giáo Việt Nam, Ra mắt Ban Giám hiệu Trường Đại học Y Dược. Trao quyết định Số 4368/QĐ - ĐHQGHN của Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội bổ nhiệm PGS. TS. Đào Xuân Cơ - Giám đốc Bệnh viện Bạch Mai kiêm nhiệm chức vụ Phó hiệu trưởng Trường Đại học Y Dược, ĐHQGHN.
Ngày 24/2/2025, Trường Đại học Y Dược - Đại học Quốc gia Hà Nội đã tổ chức Lễ công bố quyết định thành lập Khoa Y tế công cộng và Khoa Y Dược học cơ sở. Bổ nhiệm PGS.TS Nguyễn Tuấn Tùng, Phó Giám đốc Bệnh viện Bạch Mai kiêm giữ chức vụ Trưởng Khoa Y dược học cơ sở, kiêm Trưởng bộ môn Mô - Phôi thai học và Kỹ thuật huyết học của trường. Đồng thời, bổ nhiệm GS.TS Trần Xuân Bách, Phó trưởng bộ môn Y dược cộng đồng và Y dự phòng giữ chức vụ Trưởng Khoa Y tế công cộng, Viện trưởng Viện Nghiên cứu và Đào tạo quốc tế.
Hiện nay về cơ cấu tổ chức, Trường Đại học Y Dược - Đại học Quốc gia Hà Nội có 05 khoa trực thuộc (Khoa Y, Khoa Dược, Khoa Răng Hàm Mặt, Khoa Y tế công cộng, Khoa Y Dược học cơ sở); 04 đơn vị trực thuộc gồm: 02 Trung tâm (Trung tâm Đào tạo theo nhu cầu xã hội, Trung tâm Y khoa Đại học); Viện Nghiên cứu và Đào tạo quốc tế và Bệnh viện Đại học Y Dược.
Chủ trương đến 2025, nhà trường thành lập nốt 02 khoa để có đủ 07 khoa, bao gồm 05 Khoa đã thành lập: Khoa Răng hàm mặt, Khoa Dược, Khoa Y, Khoa Y tế công cộng, Khoa Y Dược học cơ sở. Thêm 02 khoa: Khoa Y học cổ truyền, Khoa Điều dưỡng.
Bên cạnh Bệnh viện Đại học Y Dược - Đại học Quốc gia Hà Nội; Trường Đại học Y Dược, Đại học Quốc gia Hà Nội ký kết đào tạo với các bệnh viện trên địa bàn Thành phố Hà Nội để giảng dạy và đào tạo lâm sàng. Nhiều lãnh đạo khoa, phòng và cán bộ của bệnh viện thực hành được bổ nhiệm đứng bộ môn của nhà trường. Sinh viên y khoa và học viên sau đại học được thực tập lâm sàng của họ tại các bệnh viện sau:
Cơ sở 1 của Bệnh viện Đại học Y Dược, Đại học Quốc gia Hà Nội tại Phường Thanh Xuân Bắc, Thanh Xuân, Hà Nội
Tòa nhà Y1 của Trường Đại học Y Dược, Đại học Quốc gia Hà Nội
Phòng khám Răng Hàm Mặt chất lượng cao của Trường Đại học Y Dược, Đại học Quốc gia Hà Nội
Phòng Khám Đa Khoa 182 Lương Thế Vinh – Bệnh Viện Đại Học Quốc Gia Hà Nội
